表面吸附问题求指导

yuenanshuyao

这个是另一个算完后的CONTCAR文件，简直乱成一团。。
试过真空层设大或小都会出现这种情况

yuenanshuyao

liu_tiao 发表于 2016-6-22 16:43
正常的MoS2（001）面是楼上那样的。表面全部是S原子，可能不会和碱性氮分子作用，所以吸附无法进行。但是 ...

啊。。原来是这样，那我找找你说的文献看下，这样子的话我这篇文章岂不是不能这么写啦

一直走

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 16:52
啊。。原来是这样，那我找找你说的文献看下，这样子的话我这篇文章岂不是不能这么写啦

你师姐用一层算出来了？也是吸附？

yuenanshuyao

一直走 发表于 2016-6-22 17:01
你师姐用一层算出来了？也是吸附？

对呀，所以我觉得不合理呢

一直走

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 17:24
对呀，所以我觉得不合理呢

你先重复一下你师姐的实验，完全重复，看看到底是哪里有问题~

yuenanshuyao

一直走 发表于 2016-6-22 17:30
你先重复一下你师姐的实验，完全重复，看看到底是哪里有问题~

嗯嗯，我也找了些文献准备看看，再试试，谢谢你们

卡开发发

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 17:34
嗯嗯，我也找了些文献准备看看，再试试，谢谢你们

表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是Mo在上面， 否则切出来的表面会表面能相当大，应该是不稳定的，如果真空再小一点，整个吸附的分子确实有可能会被两个表面扯开。

我倒是建议取做S朝上的，如果做不出应该找一下原因，电子步难收敛或是离子步难收敛。个人觉得很大可能性是离子步没收敛，vasp就算电子步没收敛也会算下去，有可能是电子步没首先导致错误的能量变化和力，从而导致离子步难收敛，这样的情况纯表面可能很少出现，但对于吸附体系可能很容易呈现。另外我不知道你是否考虑DFT-D或者vdW-DF。

不妨连INCAR也一块传了。

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 18:52
表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是 ...

如果在吸附之前，底层未固定时优化一下表面（当然，可能优化不出来，也可能优化完之后结构变化特别大），然后以优化后的表面作为衬底，固定下面几层，上面进行吸附，会不会成功的几率会大点呢？

卡开发发

一直走 发表于 2016-6-22 19:52
如果在吸附之前，底层未固定时优化一下表面（当然，可能优化不出来，也可能优化完之后结构变化特别大）， ...

弄不清固定下表面有啥物理意义，做了固定也维持不了晶体内的那种状态，搞得SCF还很难收敛，根本起不到计算加速的作用，不如不做固定。有不少人认为固定了一部分能加速计算，这是以讹传讹的说法。

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 20:08
弄不清固定下表面有啥物理意义，做了固定也维持不了晶体内的那种状态，搞得SCF还很难收敛，根本起不到计 ...

固定底层，应该不是为了加速计算吧，而且就算固定了，并不会减少计算量，但是如果不固定，在吸附的过程中，晶格结构就会发生变化，甚至偏离之前的真空层，这样就算正常结束，我们能单纯利用吸附能或者其它判别手段判断是否能吸附吗？毕竟吸附后的衬底与之前的相差可能会很大~

卡开发发

一直走 发表于 2016-6-22 20:24
固定底层，应该不是为了加速计算吧，而且就算固定了，并不会减少计算量，但是如果不固定，在吸附的过程中 ...

晶格结构就会发生变化，甚至偏离之前的真空层

那只能说明层高未经过测试或者采用的方法不对，层高足够高的情况中心区域会慢慢呈现固体的性质，而该考虑色散修正的场合不考虑也会导致结构发生问题。

我们能单纯利用吸附能或者其它判别手段判断是否能吸附吗

吸附能只是一种热力学上的判断，严格来说考虑自由能才有参考价值。

毕竟吸附后的衬底与之前的相差可能会很大~

吸附之后吸附的分子和表面都有可能重构，这是很正常的。如果上表层的吸附会明显影响到下表层的性质，说明层高还是不充分的。

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 20:34
那只能说明层高未经过测试或者采用的方法不对，层高足够高的情况中心区域会慢慢呈现固体的性质，而该考虑 ...

我明白了，如果衬底层数足够的话，上表面的吸附一般不会影响到底层原子，但是如果底层的原子在吸附的过程变化较大，就需要考虑是否为层数不够造成的，这时候最好做个层数测试，但是我看关于吸附的文章，无论衬底层数多少，都会固定1/2到2/3的厚度，貌似也就约定俗成了~非常感谢老师的耐心解答，每次都非常受益~

卡开发发

一直走 发表于 2016-6-22 21:39
我明白了，如果衬底层数足够的话，上表面的吸附一般不会影响到底层原子，但是如果底层的原子在吸附的过程 ...

是啊，当然，层高充分的情况，固定与否可能不那么重要，层高不充分的情况，就算固定结果也不会好，何况固定会引进一些非物理因素进来，慎重使用为妙。

yuenanshuyao

卡开发发 发表于 2016-6-22 18:52
表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是 ...

我也试图把层数加多一些，但是原子数太多学校的计算机算不动，S在上的时候还没开始算就停止了，k点Gamma 3*3*1

卡开发发

yuenanshuyao 发表于 2016-6-23 16:56
我也试图把层数加多一些，但是原子数太多学校的计算机算不动，S在上的时候还没开始算就停止了，k点Gamma  ...

你没明白我的意思，你的重构是因为你找了个不稳定的面，而不是层高不够导致的。

我可能没说清楚，建议你把当时计算S朝上的表面计算的结果打包来看看，停止必然是有原因的，来找找这个原因。