ONIOM怎么对L层指定原子电荷

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-29 10:07:28

15whyhq 发表于 2016-6-29 09:38
老师，您说的让我很揪心啊！
您觉得用oniom做这个团簇离子液体催化行不行呀？问题在哪呢？
如果用oniom ...

都不是ONIOM不ONIOM的事，即便DFT能算得动整体，当前这个问题也没什么可算的，从idea和物理意义上我就不看好，原因前面已经说过了。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-29 10:14:53

sobereva 发表于 2016-6-29 03:09
这我也没办法。如今许多导师对某些问题知之甚少，甚至一窍不通就让学生做，做起来遇到困难也不指导（因 ...

您说的“像这个团簇催化，外面加一堆离子液体分子，离反应位点较远根本都对反应位点起不到什么直接影响”
我导师是想用oniom已经离子液体之间分子间的作用对催化的影响，她不是想说明对反应位点所起的作用，您觉得这个行得通吗？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-29 10:49:55

老师，您觉得这个想法行不行? 就是离子液体形成了团簇，然后这个离子液体团簇在表面进攻环氧化物，这样来研究离子液体团簇对催化的影响，您觉得这个想法对不对？非常感谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-29 16:23:01

sobereva 发表于 2016-6-29 10:07
都不是ONIOM不ONIOM的事，即便DFT能算得动整体，当前这个问题也没什么可算的，从idea和物理意义上我就 ...

老师，您知道谁在做oniom吗？可以给我他们的名字吗?

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-29 21:55:25

15whyhq 发表于 2016-6-29 10:49
老师，您觉得这个想法行不行? 就是离子液体形成了团簇，然后这个离子液体团簇在表面进攻环氧化物，这样来研 ...

你的体系你最清楚，反正我觉得没什么戏...总之你一定要从化学直觉上考虑，不能盲目算下去。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-1 21:50:39

sobereva 发表于 2016-6-29 21:55
你的体系你最清楚，反正我觉得没什么戏...总之你一定要从化学直觉上考虑，不能盲目算下去。

老师，oniom输出文件的能量的单位是什么？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-2 00:52:28

15whyhq 发表于 2016-7-1 21:50
老师，oniom输出文件的能量的单位是什么？

量化程序里凡是没有注明的，一律都是原子单位，即能量是hartree

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-2 19:53:56

老师，您觉得可以用oniom这种方法优化好构型然后再算原子电荷，算完原子电荷后再指定原子电荷又用oniom算，这样指定原子电荷行吗？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-2 20:06:00

sobereva 发表于 2016-7-2 00:52
量化程序里凡是没有注明的，一律都是原子单位，即能量是hartree

△S值的单位是以hartree为单位还是以kal/mol为单位？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-3 01:23:44

15whyhq 发表于 2016-7-2 20:06
△S值的单位是以hartree为单位还是以kal/mol为单位？

没注明的一律是hartree

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-3 01:25:03

15whyhq 发表于 2016-7-2 19:53
老师，您觉得可以用oniom这种方法优化好构型然后再算原子电荷，算完原子电荷后再指定原子电荷又用oniom算， ...

要看你具体算什么，不见得有什么意义。
如果是团簇体系，通常应当是对每个分子单独计算原子电荷，而不是计算整体的电荷然后再在ONIOM里用。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-3 17:42:42

老师，可不可以给我一篇里面有详细介绍怎么指定原子电荷的文献吗？我一篇一篇看也并不能看到人家怎么指定原子电荷，谢谢

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-3 17:48:22

谁那有用oniom方法然后具体怎么指定原子电荷的文献？
发给我看看吧，非常感谢！
oniom计算的一般过程是：优化好构型指定原子电荷用oniom计算分好层得到构型再用S值测试，判断分层是否合理
这个过程对吗？
我一直卡在用什么方法优化构型，怎么指定原子电荷

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-4 02:31:08

15whyhq 发表于 2016-7-3 17:48
谁那有用oniom方法然后具体怎么指定原子电荷的文献？
发给我看看吧，非常感谢！
oniom计算的一般过程是： ...

这根本就不是一般过程
S值测试根本没什么用，稍微有点理论化学直觉的人就不需要干这个。要自己动脑想怎么设定合理。
指定原子电荷之前也根本没有什么优化好整体构型的过程，也就是优化团簇或者聚合物中的单体然后算原子电荷就完了。一定要搞清楚，算团簇/聚合物的时候，获得原子电荷是依次计算每个单体的电荷，然后再给整体赋上，而不是直接拿整个体系来算原子电荷，否则很不雅！

这里有个算分子团簇的设定电荷的例子
乱谈外重组能的计算
http://sobereva.com/333

没有任何文献会把这点细节掰开了揉碎去说，因为是简单到不值得一提的过程，也就是网上搜一些教程没准才会说一下。
与其找什么文献，不如先把思路理清楚，仔细想明白然后直接去做。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-4 10:32:11

sobereva 发表于 2016-7-4 02:31
这根本就不是一般过程
S值测试根本没什么用，稍微有点理论化学直觉的人就不需要干这个。要自己动脑想 ...

按照老师您的意思，我的体系那就是应该这样，用DFT优化单独的一分子的离子液体，然后计算它的原子电荷，因为我的都是离子液体，那这样就是高层及低层的离子液体都要指定原子电荷，用的就是一分子算出来的原子电荷，都给它指定到高层及低层，如果是这样的话，没有考虑到多个离子液体在一起所引起的电荷变化呀？

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[新手求助] ONIOM怎么对L层指定原子电荷

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