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楼主 Author: 15whyhq
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[新手求助] ONIOM怎么对L层指定原子电荷

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发表于 Post on 2016-9-23 10:43:49 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-23 10:33
谢谢 老师不厌其烦地教我!
是这样的 我在看ONIOM的相关资料,就是看英文的时候看的特别费劲,量化基础 ...

先学明白量化基础
诸如levine的quantum chemistry
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-23 19:50:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-23 10:43
先学明白量化基础
诸如levine的quantum chemistry

谢谢 老师!
这段话是高斯说明书里的一段话,其大概意思是
对能量最小结构和过渡状态结构计算,通常比较有效率的方式是先用力学内嵌做优选计算,然后从所得结构用电子内嵌再做第二阶段的优选计算(而非一开始就用电子内嵌方式做优选计算)。

我不明白力学内嵌与电子内嵌的区别?不明白这句话说的找过渡态的时候先用力学内嵌做优选计算后用电子内嵌具体是怎么做的?

ts.png (11.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 88)

ts.png

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发表于 Post on 2016-9-23 20:35:08 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-23 19:50
谢谢 老师!
这段话是高斯说明书里的一段话,其大概意思是
对能量最小结构和过渡状态结构计算,通常比 ...

明显没看我推荐的Jensen那书,里面都写了
你仔细读读基础的资料,就能少问许多问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-26 20:50:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-23 20:35
明显没看我推荐的Jensen那书,里面都写了
你仔细读读基础的资料,就能少问许多问题

老师,我想知道为什么低层用分子力学的时候需要指定原子电荷而低层用HF时不用指定原子电荷?主要不明白的是低层用HF时为什么不用指定原子电荷?谢谢!

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发表于 Post on 2016-9-27 00:20:12 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-26 20:50
老师,我想知道为什么低层用分子力学的时候需要指定原子电荷而低层用HF时不用指定原子电荷?主要不明白的 ...

都用量化层面描述了,还用原子电荷干嘛
分子力场才是靠原子电荷描述静电相互作用,量化层面靠的是核互斥势+电子积分来描述静电相互作用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-8 21:16:17 | 只看该作者 Only view this author
Last state="ONIOM2" TCursr=60139 LCursr=   88
Error termination via Lnk1e in /public/software/Gaussian09/g09/l1.exe
请问这个错误怎么解决?谢谢
输入及输出文件见上传的

po-7-2.gjf

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po-7-2.gjf.log

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发表于 Post on 2016-10-9 00:32:50 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-10-8 21:16
Last state="ONIOM2" TCursr=60139 LCursr=   88
Error termination via Lnk1e in /public/software/Gaus ...


low层写清楚用的理论方法
noraman、noeigentest纯属多余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 08:37:20 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师!但是改好输入文件以后还是出错。 Opt=QuadMac only for ONIOM(MO:MM) and ONIOM(MO:MO:MM)
Error termination via Lnk1e in /public/software/Gaussian09/g09/l1.exe

这个意思是把关键词QuadMac去掉对吗?然后我有个问题是opt=(calcfc,quadmac,maxcycle=1000) 里面的calcfc,maxcycle=1000是不是都不要了?直接写关键词
#p opt freq oniom(b3pw91/6-31g(d,p):hf/3-21g)   还是怎么写关键词?

po-7-2.gjf

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po-7-2.gjf.log

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发表于 Post on 2016-10-9 12:41:44 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-10-9 08:37
谢谢老师!但是改好输入文件以后还是出错。 Opt=QuadMac only for ONIOM(MO:MM) and ONIOM(MO:MO:MM)
Erro ...

去掉quadmac
其它可以留
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 21:16:00 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,老师!
去掉quadmac关键词后,算了没多久作业停了也没有报错,这是什么原因?
输出文件见上传的。

po-7-2.log

212.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

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发表于 Post on 2016-10-9 23:02:41 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-10-9 21:16
谢谢,老师!
去掉quadmac关键词后,算了没多久作业停了也没有报错,这是什么原因?
输出文件见上传的。

程序bug或机子不稳定或软件环境有问题
重算一遍再试,还不行换版本再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-18 21:00:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2016-10-18 21:06 编辑

低层用UFF方法时并考虑静电嵌入出现如下错误是什么情况?输入及输出文件见上传的
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l1.exe         谢谢!

po-7-uff-QEq-1.gjf

14.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

po-7-uff-QEq-1.log

4.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-19 09:09:19 | 只看该作者 Only view this author
为什么低层用UFF时没有使用QEq与使用QEq优化完后构型相差那么多,用QEq后环氧化物与离子液体相距那么远,环氧化物直接从离子液体中间跑到边上去了还隔那么远。两个作业都正常结束。谢谢!

po-7-uff-1.zip

1.44 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

po-7-uff-QEq-1.zip

1.57 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-19 09:51:07 | 只看该作者 Only view this author
还有个问题低层用Dreiding方法时,所有的输入文件是不是跟低层用UFF方法时的一样?低层用Dreiding方法得指定原子电荷,是不是也是用QEq电荷?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-25 17:18:37 | 只看该作者 Only view this author
当有化学反应发生时,QM 区电荷分布会发生变化,在处理静电相互作用中,用固定原子点电荷描述是不准确的。
我想知道固定原子点电荷是什么意思?怎么做的?
谢谢!

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