计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: 15whyhq
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] ONIOM怎么对L层指定原子电荷

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

46#
发表于 Post on 2016-7-6 03:32:13 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-5 16:49
如果要算低级别的S值,是不是把用oniom优化好的高层及低层里面的高层固定了,只算低层的S值?然后用这个公 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

47#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-7 09:26:22 | 只看该作者 Only view this author
恩,我明白这个意思,那就只需要比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值,不用比较high级别的反应物与产物的S-value的差值,这样行吗?
只考虑△S(low)的大小?△S(low)=S-反应物(low) -  S-产物(low) 这样理解对吗?

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

48#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-7 10:15:01 | 只看该作者 Only view this author
我不理解高斯说明书里的这一段话是什么意思麻烦老师帮忙解释下,真的非常感谢您!
△S怎么直接等于S(high)-S(low)
公式里的{Ehigh(R)–Ehigh(SM)}是不是反应物的S(high)减去产物的S(high)?

图.png (11.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 94)

图.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

49#
发表于 Post on 2016-7-7 11:19:57 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-7 09:26
恩,我明白这个意思,那就只需要比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值,不用比较high级别的反应物与 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

50#
发表于 Post on 2016-7-7 11:23:04 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-7 10:15
我不理解高斯说明书里的这一段话是什么意思麻烦老师帮忙解释下,真的非常感谢您!
△S怎么直接等于S(high) ...


就甭管这个了
s-value不同地方用的方式不一样,有些地方描述不清楚,甚至根本就不对
图中他想表达的是,这个值越小,说明使用ONIOM造成的近似越小,但这种表示方式就根本没意义!R - SM就相当于整体(real)当中扣除model部分区域的能量,用high和low级别算这部能量求差,显然注定不可能接近于0,根本都不是一个数量级的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

51#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-7 12:50:16 | 只看该作者 Only view this author

那这个△S(low)的大小怎么确定?一定要为0才能说明划分合理吗?这个值是个什么数量级就能说明问题?

139

帖子

1

威望

1430

eV
积分
1589

Level 5 (御坂)

52#
发表于 Post on 2016-7-7 13:34:23 | 只看该作者 Only view this author
有不停问的时间,多去看看oniom的资料;而且sob说了你这个体系不太有意义,也不适合用oniom,不要因为导师一句话就死磕进去几个月,最后吃亏的还是自己。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

53#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-11 19:38:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-4 02:31
这根本就不是一般过程
S值测试根本没什么用,稍微有点理论化学直觉的人就不需要干这个。要自己动脑想 ...

老师,算团簇单体的原子电荷,用什么方法计算呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

54#
发表于 Post on 2016-7-11 21:09:54 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-11 19:38
老师,算团簇单体的原子电荷,用什么方法计算呢?

关键看你算原子电荷干什么用,对比看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

55#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-3 21:18:15 | 只看该作者 Only view this author

老师,您这里面的关键词UFF=QEq,geom=connectivity是什么意思?

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

56#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-3 21:32:34 | 只看该作者 Only view this author

只比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值,那计算这种S值得输入文件的关键词是什么?还可以用
#p oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=SValue   这个吗?  
按照高斯说明书里的意思是UFF:UFF高层及低层都用UFF计算吗?这个意思是在高斯里面高层及低层都用UFF计算,那S-值怎么计算,关键词是什么呀?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

57#
发表于 Post on 2016-8-3 23:47:19 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-8-3 21:18
老师,您这里面的关键词UFF=QEq,geom=connectivity是什么意思?

UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

这些手册里都写着
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

58#
发表于 Post on 2016-8-3 23:48:33 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-8-3 21:32
只比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值,那计算这种S值得输入文件的关键词是什么?还可以用
#p  ...

你这么写,对当前结构,model和real都分别用DFT和UFF算,总共算四个值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

59#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-6 17:20:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-3 23:48
你这么写,对当前结构,model和real都分别用DFT和UFF算,总共算四个值

老师,我没有明白您这句话得意思?对当前结构,怎么有四个值?

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

60#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-6 18:02:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-3 23:47
UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

老师,输入文件里面关键词如果写b3pw91/6-31g(d,p):uff=QEq
是不是不用再给所有的原子指定电荷了?uff=QEq是说明已经指定所有的原子电荷还是只指定Low层的原子电荷?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 17:24 , Processed in 0.163682 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list