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楼主 Author: 15whyhq
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[新手求助] ONIOM怎么对L层指定原子电荷

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-6 18:02:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-3 23:47
UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

老师,输入文件里面关键词如果写b3pw91/6-31g(d,p):uff=QEq
是不是不用再给所有的原子指定电荷了?uff=QEq是说明已经指定所有的原子电荷还是只指定Low层的原子电荷?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-6 18:26:05 | 只看该作者 Only view this author
在GaussView里面要点use electric embedding这个吗?点不点有区别吗?
输入文件的关键词是GaussView里面显示的关键词吗?
比如我要算过渡态,是这样写吗
#p opt=(calcfc,quadmac,ts,noeigentest) freq oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff=QEq) geom=connectivity  

ONIOM.png (21.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 105)

ONIOM.png

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发表于 Post on 2016-8-6 19:49:54 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-8-6 17:20
老师,我没有明白您这句话得意思?对当前结构,怎么有四个值?

当前结构分为model和real两种,理论方法又有DFT和UFF,2*2=4
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 16:40:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-3 23:48
你这么写,对当前结构,model和real都分别用DFT和UFF算,总共算四个值

老师,低层用HF/3-21G 是不是不用指定原子电荷?

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发表于 Post on 2016-9-21 18:08:09 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-21 16:40
老师,低层用HF/3-21G 是不是不用指定原子电荷?

不用指定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 19:43:22 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!
我还想问问高斯说明书里的这句话:oniom计算时是怎么使用电子嵌入的?是在输入文件里关键词加上什么还是在GV怎么设置?

EmbedCharge.png (17.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 112)

EmbedCharge.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 20:45:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-3 23:47
UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

老师您说的UFF=QEq 意思是UFF力场时用QEq电荷
那是不是在输入文件的关键词里面写完UFF=QEq 就不用再指定原子电荷了?
还有在输入文件里面一定要写这个 geom=connectivity 关键词吗?定义连接关系是什么意思?

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发表于 Post on 2016-9-22 01:11:53 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-21 19:43
谢谢老师!
我还想问问高斯说明书里的这句话:oniom计算时是怎么使用电子嵌入的?是在输入文件里关键词 ...

按图中蓝字写上就完了
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发表于 Post on 2016-9-22 01:13:34 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-21 20:45
老师您说的UFF=QEq 意思是UFF力场时用QEq电荷
那是不是在输入文件的关键词里面写完UFF=QEq 就不用再指定 ...

是。但是QEq电荷对静电相互作用描述得算不上理想

用分子力场当然得定义连接关系,即定义原子间怎么成键的,这是基本常识,看看分子力学的基本资料
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-22 08:08:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-22 01:13
是。但是QEq电荷对静电相互作用描述得算不上理想

用分子力场当然得定义连接关系,即定义原子间怎么成 ...

谢谢 老师!
但我现在不明白指定原子电荷与电子嵌入的关系?
当低层用UFF时得指定原子电荷,指定原子电荷直接在输入文件里面加上关键词oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=uff  那还需要写ONIOM=EmbedCharge 考虑电子嵌入吗?

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发表于 Post on 2016-9-22 12:09:30 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-22 08:08
谢谢 老师!
但我现在不明白指定原子电荷与电子嵌入的关系?
当低层用UFF时得指定原子电荷,指定原子电 ...

电子嵌入和原子电荷是两码事
用原子电荷是指力场计算时通过原子电荷方式考虑静电相互作用
电子嵌入是指纯MM层的原子能够极化QM层,相当于给QM层哈密顿增加了外势项
如果还搞不懂,先看点基本资料,比如Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)第2章。否则没有基础知识,算就是瞎算,尤其是用ONIOM这么恶心的东西的时候。

根本就不是...)=UFF,而是uff写成uff=QEq
=EmbedCharge是在)后面写的。
设定了原子电荷的情况下,用电子嵌入才有意义。
不设原子电荷,用不用电子嵌入都一样。
用电子嵌入会增加很多计算时间。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-22 15:56:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-22 12:09
电子嵌入和原子电荷是两码事
用原子电荷是指力场计算时通过原子电荷方式考虑静电相互作用
电子嵌入是指 ...

谢谢 老师!
那在GV里面画图时QEq Charges: 那一项选哪个?
Use electron  是不是也得勾上?

QEq Charges.png (39.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 107)

QEq Charges.png

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发表于 Post on 2016-9-22 21:04:26 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-22 15:56
谢谢 老师!
那在GV里面画图时QEq Charges: 那一项选哪个?
Use electron  是不是也得勾上?


不用管use electrons
如果你自己完全不打算手动设原子电荷,all atoms就完了
这些事你一看手册就知道
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-23 08:24:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2016-9-23 08:26 编辑
sobereva 发表于 2016-9-22 21:04
不用管use electrons
如果你自己完全不打算手动设原子电荷,all atoms就完了
这些事你一看手册就知道 ...

恩 谢谢 老师!
您说的手册是高斯说明书么? 高斯英文说明书我都没有看到这些。。
还有我想问:像低层用HF/3-21G 不用指定原子原子电荷 那也就不用使用电子嵌入了?
如果不用使用电子嵌入,我不明白为什么低层用力场的时候要指定原子电荷还得使用电子嵌入;低层用量子力学方法时就不用指定原子电荷不用使用电子嵌入?

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发表于 Post on 2016-9-23 10:10:51 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-23 08:24
恩 谢谢 老师!
您说的手册是高斯说明书么? 高斯英文说明书我都没有看到这些。。
还有我想问:像低层 ...

gv里选相应选项,就会显示出相应的关键词,关键词手册里当然有啊!手册里不写人家哪知道关键词怎么用
手册=说明书
低层用HF/3-21G是蠢爆的做法,靠混合基组比用ONIOM这么干精度不知高哪里去了。电子嵌入是对低层是MM而言的,你多看点基础资料就自然理解了,要不然怎么解释你也不明白本质原因
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