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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-5-19 10:07:44 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于自旋极化单重态结构,如果想要利用orca计算单点能,我先用高斯“#p UHF cc-pVTZ guess=mix stable=opt nosymm ”构造初猜波函数,然后将chk依次转化为gbw文件,再用orca“! UHF CCSD(T) cc-pVTZ ”读取gbw是不是可以了呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2023-5-19 16:21:01 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-19 03:07
请教各位老师,对于自旋极化单重态结构,如果想要利用orca计算单点能,我先用高斯“#p UHF cc-pVTZ guess=m ...

可以是可以,但是建议直接在orca里准备初猜。orca实现了TRAH算法以后,高斯收敛得到正确的稳定波函数的概率未必比orca高了,如果没有确切证据证明对于你的体系orca确实会收敛到错误解、而高斯能收敛到正确解的话,最好只用orca,可以节省高斯、orca之间波函数转换格式的人力开销。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2023-5-19 16:22:24 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-19 01:59
请教各位老师,如图所示的IRC曲线端点结构是双自由基结构,输出文件= 0.9728,但是取该端点结构进行优化, ...

你先说为什么你认为结果不应该是这样的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-5-19 16:41:42 | 只看该作者 Only view this author

与IRC相关的常见问题

各位老师好!我想请教一下,在做IRC扫描后,出来的能量图是这样的,接下来我该怎么调整参数优化一下呢?两端的结构符合预期

3a9e8a570199bb2a50108fe88e64d0b.png (84.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 19:55:06 | 只看该作者 Only view this author
abcd401 发表于 2023-5-19 16:41
各位老师好!我想请教一下,在做IRC扫描后,出来的能量图是这样的,接下来我该怎么调整参数优化一下呢?两 ...

仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

IRC是IRC,扫描是扫描
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-5-19 20:57:08 | 只看该作者 Only view this author
想请教一下各位老师,计算某个分子激发态的还原电势(Ered)应该用什么软件以及怎么样的方式来计算呢?

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发表于 Post on 2023-5-19 23:33:43 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-5-19 13:57
想请教一下各位老师,计算某个分子激发态的还原电势(Ered)应该用什么软件以及怎么样的方式来计算呢?

随便查一下最常见的几种光催化剂([Ru(bpy)3]2+、Ir(ppy)3等)的激发态还原电势计算的文献,就知道了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-5-20 19:45:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-19 23:33
随便查一下最常见的几种光催化剂([Ru(bpy)3]2+、Ir(ppy)3等)的激发态还原电势计算的文献,就知道了

谢谢老师!我查了一篇计算Ered的综述文章,理解的方法就是:计算半反应的溶解吉布斯自由能+体系吉布斯自由能,然后将此值除以nF,最后去减SHE(4.28 V, 可不考虑电子自由能)。请问老师我这个理解正确吗?

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发表于 Post on 2023-5-21 00:04:39 | 只看该作者 Only view this author

请问如何更改初始结构才能得到想要的结果,

图一是我的初始结构,我希望得到苯甲酸中羧基与氮氧化物的氢键键能,但是每次计算的结果都变成了图二,试了三次了大概,都是得到与图二差不多的结果,希望大家能指点我一下。

LC4S%T`0L]1BCBKK2I9L67S.png (73.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图一

图一

1U)3WS%H3]HUI%4S@X$WL1T.png (56.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图二

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-21 03:45:32 | 只看该作者 Only view this author
DILIGENT 发表于 2023-5-21 00:04
图一是我的初始结构,我希望得到苯甲酸中羧基与氮氧化物的氢键键能,但是每次计算的结果都变成了图二,试了 ...

本来由于pi-pi堆积就该变成图2那样
不想那样就做限制性优化保持比如N-O-O-C二面角不变
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html
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发表于 Post on 2023-5-21 05:31:11 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-5-20 12:45
谢谢老师!我查了一篇计算Ered的综述文章,理解的方法就是:计算半反应的溶解吉布斯自由能+体系吉布斯自 ...

对,其中尤其注意理论级别不要太低,建议当分子不太大时,基态用DLPNO-CCSD(T),激发能用DLPNO-STEOM-CCSD
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-5-21 12:25:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-21 05:31
对,其中尤其注意理论级别不要太低,建议当分子不太大时,基态用DLPNO-CCSD(T),激发能用DLPNO-STEOM-CCS ...

谢谢老师答疑!还有个关于ORCA的问题想请教老师,我想用ORCA计算Kisc,需要用到T1和S1的.HESS文件,但因为orca是装在个人电脑上,所以算频率耗时太长。是否可以用Gaussian16对T1和S1做OPT+FREQ得到的.fchk文件来制备ORCA能用的.hess文件呢?如果可以的话应该如何操作呢

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发表于 Post on 2023-5-21 16:03:27 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-5-21 05:25
谢谢老师答疑!还有个关于ORCA的问题想请教老师,我想用ORCA计算Kisc,需要用到T1和S1的.HESS文件,但因 ...

论坛上有人写过这么做的脚本,可以搜一下。另外在集群上装一下orca也不是难事,orca本身甚至不需要root权限,只是装orca需要先装openmpi,openmpi需要root权限,但openmpi是一个很基础的库,你让集群管理员帮你装,一般都会同意
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-5-22 11:01:30 | 只看该作者 Only view this author

结构优化出现L502

在结构优化时,不加scrf可以完成优化,但在此基础之上加scrf就出现L502错误,请问我要怎么解决

管理员注:回复见1470L


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发表于 Post on 2023-5-22 14:20:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sxh3231796 于 2023-5-22 14:22 编辑

还是想请教下各位老师,还是每太弄明白高斯怎么计算casscd带比例的组态系数,如果换用orca的话是可以直接拿到吗?使用casscf的关键词就可以吗?还是需要一些特殊的关键词呢?

202305221421469058..png (54.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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