简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2023-5-26 04:54
对应当前任务的rwf文件不能删，删了任务就完蛋了
其它的可以删
如果拿不准，最好等任务算完了之后再删 ...

谢谢社长，因为我在计算中没有指明%.rwf文件，在临时目录下我就没分清楚，就没敢乱删。但是我发现计算任务算完成的作业的.rwf文件就没有了，只剩下还在继续算的作业，这是合理的吗？谢谢

糖糖糖豆9988

请教各位老师，社长在教程里有讲过“在Gaussian计算时，只要点群识别对了，在freq任务输出文件中看到的Rotational symmetry number就是指的这个转动对称数”，怎么从opt+freq任务的out文件看点群是否识别正确了呢，是将out文件在gview打开，然后tools-point group，之后图片所示的界面查看吗？图片显示当前点群为C2，输出文件在附件中，显示的转动对称数是1，但是TCA文章中C2对应的转动对称数是2，这是哪里有问题呢？。谢谢老师

cokie

想请教一下各位老师，当分子homo为pi的成键轨道，lumo完全由杂原子的pi反键轨道组成，这种情况homo-lumo的激发过程，实验测试结果是吸收随极性增大蓝移，这种pi-pi*的跃迁为什么会使得吸收蓝移呢？我的理解是n-pi*跃迁激发过程才会因为溶剂极性增大而蓝移，但实验重复过好几次了，并且用gaussian16/m06-2x/def2tzvp做激发和实验结果以及趋势吻合的很好。该怎么解释这种激发过程是pi-pi*跃迁，所对应的吸收峰却随着溶剂极性变大而蓝移呢？

wzkchem5

cokie 发表于 2023-5-26 11:08
想请教一下各位老师，当分子homo为pi的成键轨道，lumo完全由杂原子的pi反键轨道组成，这种情况homo-lumo的 ...

“pi-pi*激发随溶剂极性增大而红移”只是经验规则，本来就不总是成立。更可靠的判据是基态和激发态极性哪个大。极性越大，和溶剂的作用越强，能量就越低；如果基态能量降低得比激发态多，就是蓝移，反之就是红移。
之所以pi-pi*激发随溶剂极性增大而红移，是因为pi-pi*激发态的电子云分布比较弥散，容易被溶剂极化，尤其当基态相对比较非极性、且pi-pi*激发态有一定CT成分的时候，激发态会有比较大的偶极矩，因此激发态极性较大。而n-pi*激发一般是从N、O等原子激发一个电子到C=N、C=O键的pi*轨道上，相当于从带负电的原子上面拿了一个电子放在别处，这一般会导致分子里带明显电荷的原子数减少、分子极性较基态更低，从而随着溶剂极性增加而蓝移。
由此可以看出，什么时候pi-pi*激发随溶剂极性增大而蓝移：当pi-pi*激发将电子从带负电的区域激发到带正电的区域时，分子极性随着激发而减小，因此吸收峰随溶剂极性增大而蓝移。其他某些情况下也可能出现pi-pi*激发随溶剂极性增大而蓝移，我就不一一列举了，知道原理自然能自己想到

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-26 16:44
谢谢社长，因为我在计算中没有指明%.rwf文件，在临时目录下我就没分清楚，就没敢乱删。但是我发现计算任 ...

任务正常方式完成后rwf文件自动就会删掉，除非你用%rwf刻意指定产生并保留在哪

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-26 16:48
请教各位老师，社长在教程里有讲过“在Gaussian计算时，只要点群识别对了，在freq任务输出文件中看到的Rota ...

输出文件里搜point group
Gaussian默认的点群判据较严，用symm=loose放宽判断阈值

cokie

wzkchem5 发表于 2023-5-26 19:34
“pi-pi*激发随溶剂极性增大而红移”只是经验规则，本来就不总是成立。更可靠的判据是基态和激发态极性哪 ...

感谢老师您的解答，这里想结合您的讲解，简单做个分析问题思路的小总结，请您看看是否合理：

关于吸收峰红移/蓝移：通过DFT优化S0结构，用TDDFT优化激发态结构（这里假定对应的吸收峰是s0→s1），然后分析这两个结构的极性大小（比如用偶极矩或者用sob老师提出的MPI指数），若GS结构极性更大，则极性溶剂使之蓝移，反之则红移。

发射峰红移/蓝移：分析思路同吸收（选择对应的Sn→S0）。

还请老师指教，非常感谢！！

wzkchem5

cokie 发表于 2023-5-27 09:47
感谢老师您的解答，这里想结合您的讲解，简单做个分析问题思路的小总结，请您看看是否合理：

关于吸收 ...

可以，但是最好还能解释为什么极性有这个差别，而不是只满足于计算出来极性的大小

wanghaoyu

请问老师：
因课题需要，我目前计划优化几百个小分子的构型。但是初始只有SMILES、InChI这种信息，因为我不可能一个一个的去画初始结构，肯定是要用到其他软件来获取。目前感觉能提供该功能的有RDKit和OpenBabel，我不太知道该选哪个好。
我想请教这两个软件的分子生成有什么区别吗？看目前似乎无人讨论。

感谢老师百忙中回复！
谢谢！

sobereva

wanghaoyu 发表于 2023-5-27 20:17
请问老师：
因课题需要，我目前计划优化几百个小分子的构型。但是初始只有SMILES、InChI这种信息，因为我 ...

反正OpenBabel不会有什么问题，很成熟的程序

498746012

各位老师好，细胞膜带正电还是负电呀？它带的电荷与细胞膜中的胆碱（正电荷）和磷酸（负电荷）有没有关系呀？

sobereva

498746012 发表于 2023-5-29 10:01
各位老师好，细胞膜带正电还是负电呀？它带的电荷与细胞膜中的胆碱（正电荷）和磷酸（负电荷）有没有关系呀 ...

当前问题和量子化学没直接关系，别在此帖里问

18208408959

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Rotational constants (GHZ):           1.0785940           0.2826711           0.2545256
General basis read from cards:  (5D, 7F)
End of file reading basis center.
Error termination via Lnk1e in /opt/g16/l301.exe at Mon May 29 10:26:33 2023.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.5 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     17 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      2
这种情况是不是原子坐标出错了呀

sobereva

18208408959 发表于 2023-5-29 10:48
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Rotational constants (GHZ): ...

格式不对
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糖糖糖豆9988

请教各位老师，我在计算一个双自由基发生的分子内氢迁移反应时，反应物→TS的H(0)势垒为负值-0.47 kcal/mol，而反应物→TS的G(T)能垒为正值0.95 kcal/mol。由于MESS计算时使用的是H(0)，正向负能垒输入会报错；如图所示是不是利用社长的excel表格，使用近似的Skodje-Truhlar方法或winger方法可以计算高压极限速率常数？另外对于完整的Skodje-Truhlar方法-0.47是允许的输入吗？或者对于这个反应，到底如何计算速率常数呢？谢谢老师