编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

fd7 · 发表于 Post on 2023-9-9 15:35:27

wzkchem5 发表于 2023-3-23 22:31
这个确定是单分子解离出单线态氧？不是走以下这种的双分子途径？
[HOOSO3]- --> [OOSO3H]- (质子转移)
...

老师，您好，我想请问这几个反应方程式的k值是可以提供的吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-10 16:03:17

fd7 发表于 2023-9-9 08:35
老师，您好，我想请问这几个反应方程式的k值是可以提供的吗？

什么叫可以提供？

jsczfx · 发表于 Post on 2023-9-11 10:24:47

老师您好，请问能帮忙找下以下反应过渡态吗？
成31 32
断32 33
溶剂：二氯甲烷

HATRE · 发表于 Post on 2023-9-25 10:13:20

jsczfx 发表于 2023-9-11 10:24
老师您好，请问能帮忙找下以下反应过渡态吗？
成31 32
断32 33

这个反应尝试了多种计算方法，最终没有找到合适的过渡态，您有该反应的相关文献可以发一下看看，另外您确认一下这个过程是否合理呢

Sui1999 · 发表于 Post on 2023-9-26 20:26:26

可以帮忙找一下这个水解反应在基态和S1态的过渡态吗，非常感谢

HATRE · 发表于 Post on 2023-10-11 09:54:30

Sui1999 发表于 2023-9-26 20:26
可以帮忙找一下这个水解反应在基态和S1态的过渡态吗，非常感谢

KLKL · 发表于 Post on 2023-10-17 13:27:34

能帮忙找一下这个反应的过渡态吗，谢谢
断键：26 27，成键22 26，27 30

HATRE · 发表于 Post on 2023-10-18 13:53:26

KLKL 发表于 2023-10-17 13:27
能帮忙找一下这个反应的过渡态吗，谢谢
断键：26 27，成键22 26，27 30

Sui1999 · 发表于 Post on 2023-10-18 16:53:21

HATRE 发表于 2023-10-11 09:54
计算结果见链接：
基态计算结果：
step1（注意反应物与产物的位置）：

非常感谢老师，在第一步中断裂的CO键和文献报道的有出入，文献显示首先断裂的应该是噁唑环中的CO键，即12-13，看能不能再算一下，或者我参照这个的坐标算一下。在此感谢老师

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-10-21 21:30:14

您好我是一个消除反应的过渡态，用水分子辅助算了好多次也没算出来。能否用你的程序帮我看下有没有过渡态。

HATRE · 发表于 Post on 2023-10-27 16:46:09

jaywang7 发表于 2023-10-21 21:30
您好我是一个消除反应的过渡态，用水分子辅助算了好多次也没算出来。能否用你的程序帮我看下有没有过渡态 ...

计算方法：PWPB95/DEF2-TZVPP//WB97X-D3/DEF2-SVP
结果链接如下：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 9bfb76cd9ec75aba827

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-10-29 16:26:19

HATRE 发表于 2023-10-27 16:46
计算方法：PWPB95/DEF2-TZVPP//WB97X-D3/DEF2-SVP
结果链接如下：
https://alphacat.deepchem.cn/share ...

谢谢！您可以把源文件分享一下嘛？

dnlx · 发表于 Post on 2023-10-29 20:48:03

jaywang7 发表于 2023-10-29 16:26
谢谢！您可以把源文件分享一下嘛？

你可以用ORCA的NEB-TS，过程和结果应该相似。

或者Gaussian的QTS2，这个我不了解。
http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-10-29 22:46:56

dnlx 发表于 2023-10-29 20:48
你可以用ORCA的NEB-TS，过程和结果应该相似。

或者Gaussian的QTS2，这个我不了解。

好的谢谢

HATRE · 发表于 Post on 2023-10-31 13:28:30

Sui1999 发表于 2023-10-18 16:53
非常感谢老师，在第一步中断裂的CO键和文献报道的有出入，文献显示首先断裂的应该是噁唑环中的CO键，即12 ...

尝试算了一下，结果如下：
单点：M062X/DEF2-TZVP//结构优化：B3LYP/6-31G(D,P)
step1:
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... d0fb38c3e3dde0d1703
step2：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... c118b161a71dfdf7c9b

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