编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-13 17:02:44

HATRE 发表于 2023-6-13 09:41
氨基和羰基是共平面的。

页面上显示的产物结构是这样的，氮和H12倒是勉强在酰胺平面内，但是H11几乎垂直于酰胺平面了

HATRE · 发表于 Post on 2023-6-14 10:33:43

wzkchem5 发表于 2023-6-13 17:02
页面上显示的产物结构是这样的，氮和H12倒是勉强在酰胺平面内，但是H11几乎垂直于酰胺平面了

您发的图片中的产物结构是初始结构中页面中的产物，这个是最初给出的反应物、过渡态、产物的初猜，计算完成的数据和结构在结果文件中（分别对应反应物、过渡态1、产物1），结果文件中的产物1是符合您说的产物结果特征的。

HATRE · 发表于 Post on 2023-6-14 10:36:23

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-16 13:31 编辑

past 发表于 2023-6-13 16:46
麻烦找一下这个反应的过渡态

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-14 14:17:44

HATRE 发表于 2023-6-14 03:33
您发的图片中的产物结构是初始结构中页面中的产物，这个是最初给出的反应物、过渡态、产物的初猜，计算完 ...

明白了，我没有看到左上角写了初始结构。谢谢

Betsy6 · 发表于 Post on 2023-6-19 11:49:46

可以找一下这个反应的过渡态吗

HATRE · 发表于 Post on 2023-6-25 09:26:29

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-16 13:32 编辑

Betsy6 发表于 2023-6-19 11:49
可以找一下这个反应的过渡态吗

nelia · 发表于 Post on 2023-6-26 17:39:03

找一下这个反应的过渡态

HATRE · 发表于 Post on 2023-6-27 16:56:31

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-15 10:36 编辑

nelia 发表于 2023-6-26 17:39
找一下这个反应的过渡态

墨鱼豆丁 · 发表于 Post on 2023-7-5 17:44:58

帮忙找一下这个反应的过渡态，可能不是基元反应

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-6 14:14:32

墨鱼豆丁发表于 2023-7-5 17:44
帮忙找一下这个反应的过渡态，可能不是基元反应

LIEL · 发表于 Post on 2023-7-10 22:03:19

2N0——N2+O2，这种双自由基反应可以吗，我每次找的过渡态做IRC，产物的N-N和O-O的键长都比理论长

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-12 14:19:46

LIEL 发表于 2023-7-10 22:03
2N0——N2+O2，这种双自由基反应可以吗，我每次找的过渡态做IRC，产物的N-N和O-O的键长都比理论长

优化级别：B3LYP/6-31G(D,P)
单点计算：PWPB95/DEF2-TZVPP
结果见链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 0eb880fe2924af8611f

余香 · 发表于 Post on 2023-7-19 09:38:39

看能不能找到这个反应的过渡态,结构放在附件中了

kimariyb · 发表于 Post on 2023-7-19 10:16:33

楼主，如果只是给出反应物和生成物，但是这个反应不是基元反应（不止一个过渡态），这个脚本能自动检测出来吗

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-20 10:20:39

kimariyb 发表于 2023-7-19 10:16
楼主，如果只是给出反应物和生成物，但是这个反应不是基元反应（不止一个过渡态），这个脚本能自动检测出来 ...

有部分概率是可以找到多个过渡态的

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子