编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

mettlyz · 发表于 Post on 2023-1-30 13:57:30

编写了一个过渡态寻找的脚本，想测试一下，大家有例子可以发来看看。给一下坐标和反应信息。

函数与激情 · 发表于 Post on 2023-1-30 14:59:49

1,4丁二烯与乙烯的环加成反应

Voidmio · 发表于 Post on 2023-1-30 17:33:03

前段时间做的两个烯丙基化的例子，Roush的体系大点，两个结构都是优化好的过渡态，可以玩玩。

mettlyz · 发表于 Post on 2023-1-30 18:45:32

收到，试试看看

mettlyz · 发表于 Post on 2023-1-30 18:53:39

本帖最后由 mettlyz 于 2023-1-30 18:55 编辑

Voidmio 发表于 2023-1-30 17:33
前段时间做的两个烯丙基化的例子，Roush的体系大点，两个结构都是优化好的过渡态，可以玩玩。

这是找C-B键断裂和C-C键形成的过渡态吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-30 20:42:08

可以看一下Baker测试集（Journal of Computational Chemistry, Vol. 17, No. 7, 888-904 (1996)），这是一个标准的测试集，很多优化算法都拿这个测试集测过

Voidmio · 发表于 Post on 2023-1-30 21:25:13

mettlyz 发表于 2023-1-30 18:53
这是找C-B键断裂和C-C键形成的过渡态吗？

对

mettlyz · 发表于 Post on 2023-1-30 22:18:32

wzkchem5 发表于 2023-1-30 20:42
可以看一下Baker测试集（Journal of Computational Chemistry, Vol. 17, No. 7, 888-904 (1996)），这是一 ...

感谢！

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-1 16:46:39

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 10:54 编辑

函数与激情发表于 2023-1-30 14:59
1,4丁二烯与乙烯的环加成反应

网页给一下结果：

结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 369856862d379f6d024

结构优化+单点能ωB97x-D3/def2-SVP+PWPB95/def2-TZVPP:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 5688985b57a74ce5670

函数与激情 · 发表于 Post on 2023-2-1 17:14:49

mettlyz 发表于 2023-2-1 16:46
网页给一下结果：
结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
http://47.98.217.61/#/detail/85558

这个网页好酷啊怎么搞的

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-1 20:53:44

函数与激情发表于 2023-2-1 17:14
这个网页好酷啊怎么搞的

花了点时间做的。用网页交流比较方便和直观，后面会把振动加进去，可以在线看负频。多多交流。

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-2-1 23:54:26

需要给什么坐标，反应物和产物吗？

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-2 07:57:54

mfdsrax2 发表于 2023-2-1 23:54
需要给什么坐标，反应物和产物吗？

给反应物的坐标，电荷，自旋和反应成断键的涉及到原子编号

阿瞳 · 发表于 Post on 2023-2-2 10:13:10

mettlyz 发表于 2023-2-2 07:57
给反应物的坐标，电荷，自旋和反应成断键的涉及到原子编号

问下这个寻找过渡态的原理和高斯寻找过渡态的原理是一样的吗？

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-2 10:26:37

本帖最后由 mettlyz 于 2023-2-2 11:43 编辑

阿瞳发表于 2023-2-2 10:13
问下这个寻找过渡态的原理和高斯寻找过渡态的原理是一样的吗？

NEB，基本原理是一样的。

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