编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

sigma-jlu · 发表于 Post on 2023-8-9 14:15:52

mettlyz 发表于 2023-2-1 16:46
网页给一下结果：
结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
http://47.98.217.61/#/detail/85558

这个网页打不开，请看能否更新下地址？

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-9 22:22:46

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-9 22:32 编辑

sigma-jlu 发表于 2023-8-9 14:15
这个网页打不开，请看能否更新下地址？

地址更新如下：
结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 369856862d379f6d024

结构优化+单点能ωB97x-D3/def2-SVP+PWPB95/def2-TZVPP:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 5688985b57a74ce5670

fd7 · 发表于 Post on 2023-8-10 09:03:35

HATRE 发表于 2023-8-2 11:05
断键是62 63，63 64，成键原子对是1 63 对么

老师，重新修改了自旋多重态，是否可以尝试找到过渡态呢？

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-10 09:11:43

fd7 发表于 2023-8-10 09:03
老师，重新修改了自旋多重态，是否可以尝试找到过渡态呢？

反应过程还是一样的吧

fd7 · 发表于 Post on 2023-8-10 09:14:39

HATRE 发表于 2023-8-10 09:11
反应过程还是一样的吧

老师，是一样的。断键是62 63，63 64，成键原子对是1 63。不知道是否是之前自旋设置的问题导致寻找过渡态出现问题呢

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-10 09:19:20

fd7 发表于 2023-8-10 09:14
老师，是一样的。断键是62 63，63 64，成键原子对是1 63。不知道是否是之前自旋设置的问题导致寻找过渡态 ...

好的，我再提交试试看

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-18 08:23:09

fd7 发表于 2023-8-10 09:03
老师，重新修改了自旋多重态，是否可以尝试找到过渡态呢？

计算结果可以参考一下
计算使用级别：WB97M-V/MA-DEF2-TZVP//xtb2
自旋为3的结果见链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... cdaa5787cae15f82fba

自旋为1的结果见链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 98988ffa4218d9a3d01

fd7 · 发表于 Post on 2023-8-18 14:32:17

HATRE 发表于 2023-8-18 08:23
计算结果可以参考一下
计算使用级别：WB97M-V/MA-DEF2-TZVP//xtb2
自旋为3的结果见链接：

谢谢老师，老师我还有2个问题想请教您，自旋为1是跑不出来2步反应的，对吗？还有我发现下面的石墨烯平面上的铁他有在动，正常我是不是应该把下面的石墨烯平面固定住呢？

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-18 15:16:17

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-18 15:18 编辑

fd7 发表于 2023-8-18 14:32
谢谢老师，老师我还有2个问题想请教您，自旋为1是跑不出来2步反应的，对吗？还有我发现下面的石墨烯平面 ...

目前自旋为1只跑出来一步；应该是需要固定的，我们的程序暂时不支持限制性优化，正在持续开发中

fd7 · 发表于 Post on 2023-8-18 15:38:24

HATRE 发表于 2023-8-18 15:16
目前自旋为1只跑出来一步；应该是需要固定的，我们的程序暂时不支持限制性优化，正在持续开发中

好的，谢谢您

KYGFC · 发表于 Post on 2023-8-31 10:03:33

我想找一下这个反应的过渡态，反应物和产物都放在文件中了

HATRE · 发表于 Post on 2023-9-7 10:09:34

KYGFC 发表于 2023-8-31 10:03
我想找一下这个反应的过渡态，反应物和产物都放在文件中了

wudiazhu · 发表于 Post on 2023-9-7 10:48:20

您好，我想找一下这个过渡金属离子吸附过程的过渡态，成键原子是36Pb，17N，断键是36Pb和周围任意一个水分子，电荷和自旋多重度是1 1，大致画了一下过渡态结构，谢谢您。

ts_MO_N_Pb.gjf (4.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

吴双 · 发表于 Post on 2023-9-7 14:36:48

本帖最后由吴双于 2024-7-11 21:01 编辑

老师您好，能帮我找一下这个过程的TS么，反应物，生成物坐标在压缩包里，图片是我预期的TS结构，涉及一个四元环的过渡态，一直没拿到TS的结构，麻烦您啦。

吴双 · 发表于 Post on 2023-9-8 14:26:43

本帖最后由吴双于 2023-9-8 15:39 编辑

老师一步反应设计四根键的成断键过程可以找到么。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子