cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时，结构发生严重变形

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-8 09:47:48

sobereva 发表于 2023-7-8 09:33
博文明确说了，考虑k点时没法产生molden文件

不好意思，谢谢sob老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-8 11:15:50

本帖最后由 NGC626 于 2023-7-8 11:19 编辑

sobereva 发表于 2023-7-8 09:33
博文明确说了，考虑k点时没法产生molden文件

sob老师好，我在对该结构进行优化之前，把碳原子放在第一层铱上方，而在结构优化之后，我发现碳原子跑到了第一层和第二层铱之间，我设置的k点是443，以下是我的输出文件，①请问这有可能是什么原因造成的呢？②对研究碳原子在铱上的吸附是否有影响呢？③如果我想保持碳原子一直在第一层铱上方应该如何设置呢？④是否有必要保持碳原子在第一层铱上方呢？

pal · 发表于 Post on 2023-7-8 11:21:19

NGC626 发表于 2023-7-8 11:15
sob老师好，我在对该结构进行优化之前，把碳原子放在第一层铱上方，而在结构优化之后，我发现碳原子跑到 ...

这不纯粹就是周期性把最下面的一层显示到上面去了，其实碳原子就是在表面上

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-8 11:33:33

pal 发表于 2023-7-8 11:21
这不纯粹就是周期性把最下面的一层显示到上面去了，其实碳原子就是在表面上

哦哦，谢谢老师，请问有没有什么办法可以让上面一层铱显示到下面呢？

pal · 发表于 Post on 2023-7-8 14:27:24

NGC626 发表于 2023-7-8 11:33
哦哦，谢谢老师，请问有没有什么办法可以让上面一层铱显示到下面呢？

全部原子的z坐标都加一个相同的常数，可能有更简单的

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-8 14:52:54

pal 发表于 2023-7-8 14:27
全部原子的z坐标都加一个相同的常数，可能有更简单的

嗯嗯，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-9 09:23:54

NGC626 发表于 2023-7-8 11:33
哦哦，谢谢老师，请问有没有什么办法可以让上面一层铱显示到下面呢？

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

Multiwfn里就有实现指定的原子按特定矢量平移的功能。选择所有原子，按比如(0,0,1)移动一下就行。

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-9 09:44:18

sobereva 发表于 2023-7-9 09:23
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/th ...

感谢sob老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-18 12:28:33

sobereva 发表于 2023-7-9 09:23
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/th ...

sob老师好，我在使用PSI4对碳原子在铱上的吸附结构做能量分解计算时发生报错，输入和输出文件如下。请问可能是什么原因造成的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-19 14:13:53

NGC626 发表于 2023-7-18 12:28
sob老师好，我在使用PSI4对碳原子在铱上的吸附结构做能量分解计算时发生报错，输入和输出文件如下。请问 ...

aug-cc-pVDZ对Ir没定义。换基组，诸如def2-QZVP等

如果你分解的是化学键层面的相互作用，用SAPT完全不行。强烈建议用sobEDA能量分解方法，原文ChemRxiv (2023) DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-n79rz里有教程http://sobereva.com/soft/sobEDA_tutorial.zip

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-19 15:03:03

sobereva 发表于 2023-7-19 14:13
aug-cc-pVDZ对Ir没定义。换基组，诸如def2-QZVP等

如果你分解的是化学键层面的相互作用，用SAPT完全不 ...

嗯嗯，谢谢sob老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-22 18:50:34

本帖最后由 NGC626 于 2023-7-22 19:39 编辑

sobereva 发表于 2023-7-19 14:13
aug-cc-pVDZ对Ir没定义。换基组，诸如def2-QZVP等

如果你分解的是化学键层面的相互作用，用SAPT完全不 ...

sob老师好

①我想对优化后的结构做振动分析，我在优化时用了k点，请问振动分析是否也必须用K点呢？
②请问对碳原子在铱上的吸附结构做振动分析时，可否只冻结最下面一层铱原子呢？
③请问要计算碳原子在铱上的吸附能，应如何利用multiwfn生成输入文件呢？

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-22 21:22:54

本帖最后由 NGC626 于 2023-7-22 21:24 编辑

sobereva 发表于 2023-7-19 14:13
aug-cc-pVDZ对Ir没定义。换基组，诸如def2-QZVP等

如果你分解的是化学键层面的相互作用，用SAPT完全不 ...

sob老师好，我在利用CP2K做振动分析时，程序发生报错，以下是输出文件，请问可能是什么原因造成的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-22 22:38:03

NGC626 发表于 2023-7-22 21:22
sob老师好，我在利用CP2K做振动分析时，程序发生报错，以下是输出文件，请问可能是什么原因造成的呢？

你提供的文件里没看到哪有报错
需自行看副本的输出文件看计算细节判断

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-23 13:41:55

sobereva 发表于 2023-7-22 22:38
你提供的文件里没看到哪有报错
需自行看副本的输出文件看计算细节判断

谢谢sob老师，学生近期正在学习CP2K的相关知识，所以对文件的细节不太了解，我看到在程序终止之后，界面提示如下，以下是输出文件和副本的输出文件，以及eig文件的压缩包，未生成molden文件。
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
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mpirun noticed that process rank 4 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).

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[CP2K] cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时，结构发生严重变形