cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时，结构发生严重变形

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-12 03:00:29

NGC626 发表于 2023-8-11 13:48
谢谢sob老师
①在考虑K点时，cp2k无法生成molden文件，请问可以从哪些输出文件下手，对结构做波函数分 ...

1 扩胞到只需要考虑gamma点就完了

2 CP2K输入文件里的晶胞信息一看就不对
A 0.00000000 0.00000000 0.00000000
B 0.00000000 0.00000000 0.00000000
怎么能都是0

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-12 15:40:23

本帖最后由 NGC626 于 2023-8-12 15:42 编辑

sobereva 发表于 2023-8-12 03:00
1 扩胞到只需要考虑gamma点就完了

2 CP2K输入文件里的晶胞信息一看就不对

谢谢sob老师，我目前在超算上尝试PBE-D3(BJ)TZVP-MOLOPT-GTH的时候，程序发生报错，提示如下，请问这是因为软件安装的时候，漏装了TZVP基组的文件，还是TZVP不支持Ir呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-12 23:34:42

NGC626 发表于 2023-8-12 15:40
谢谢sob老师，我目前在超算上尝试PBE-D3(BJ)TZVP-MOLOPT-GTH的时候，程序发生报错，提示如下，请问这是因 ...

当前的基组文件里没定义这种基组，用其它的，诸如BASIS_MOLOPT_UZH里定义的

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-14 10:35:48

sobereva 发表于 2023-8-12 23:34
当前的基组文件里没定义这种基组，用其它的，诸如BASIS_MOLOPT_UZH里定义的

谢谢sob老师，请问利用CP2K计算碳原子在铱上吸附模型的NMR用什么理论方法和基组比较合适呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-15 03:26:03

NGC626 发表于 2023-8-14 10:35
谢谢sob老师，请问利用CP2K计算碳原子在铱上吸附模型的NMR用什么理论方法和基组比较合适呢？

说清楚对什么原子计算NMR

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-15 09:04:11

sobereva 发表于 2023-8-15 03:26
说清楚对什么原子计算NMR

碳原子

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-16 06:57:20

NGC626 发表于 2023-8-15 09:04
碳原子

对碳，跟下文一样
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
http://sobereva.com/623（http://bbs.keinsci.com/thread-25918-1-1.html）
Ir可以用常用的DZVP-MOLOPT-SR-GTH

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-18 16:15:39

本帖最后由 NGC626 于 2023-8-18 16:29 编辑

sobereva 发表于 2023-8-16 06:57
对碳，跟下文一样
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
http://sobereva.com/623（http:// ...

谢谢sob老师，

①我在利用revTPSS结合pcSseg-1计算碳原子在铱上吸附模型的NMR时，程序出现报错，错误提示如图所示，以下是我的输入文件和报错提示

②我在超算上对4个碳原子在铱上吸附的模型做振动分析时，程序发生报错，超算那边的说法是输入文件的问题，但是此前我对1个碳原子在铱上吸附的模型做振动分析却没有出现报错，而且我所设置的参数均是一样的，请问可能是什么问题导致的呢？以下是这两种覆盖率的输入和输出文件以及slurm，链接：https://pan.baidu.com/s/1gakn03p2tes1sKkFJtqKFg?pwd=6666 提取码：6666

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 18:14:47

NGC626 发表于 2023-8-18 16:15
谢谢sob老师，

①我在利用revTPSS结合pcSseg-1计算碳原子在铱上吸附模型的NMR时，程序出现报错，错误 ...

自行去BSE上拷基组定义到文本文件里并且指定基组文件。要么就用def2-TZVP，就区区几个碳，用def2-TZVP比pcSseg-1也不会显著增加计算量

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-21 20:09:52

sobereva 发表于 2023-8-18 18:14
自行去BSE上拷基组定义到文本文件里并且指定基组文件。要么就用def2-TZVP，就区区几个碳，用def2-TZVP比p ...

谢谢老师，我在尝试计算NMR时，程序出现以下报错，请问可能是什么原因造成的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-22 05:08:35

NGC626 发表于 2023-8-21 20:09
谢谢老师，我在尝试计算NMR时，程序出现以下报错，请问可能是什么原因造成的呢？

肯定是输入文件哪里设错了。注意CP2K培训班这页ppt里强调的一点

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-22 11:14:45

本帖最后由 NGC626 于 2023-8-22 11:16 编辑

sobereva 发表于 2023-8-22 05:08
肯定是输入文件哪里设错了。注意CP2K培训班这页ppt里强调的一点

谢谢sob老师，我发现我所计算的体系是有空轨道的，请问我是否可以用CP2K做结构优化，然后用ORCA做振动分析和计算NMR呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-22 19:34:54

NGC626 发表于 2023-8-22 11:14
谢谢sob老师，我发现我所计算的体系是有空轨道的，请问我是否可以用CP2K做结构优化，然后用ORCA做振动分 ...

不计算空轨道不就完了

根本不是ORCA擅长计算的体系。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时，结构发生严重变形