cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时，结构发生严重变形

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-23 23:49:50

NGC626 发表于 2023-7-23 13:41
谢谢sob老师，学生近期正在学习CP2K的相关知识，所以对文件的细节不太了解，我看到在程序终止之后，界面 ...

看各个out文件末尾，找报错，如果没报错，有可能内存不够等原因导致任务被迫终止。可以尝试少跑几个副本再试

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-24 00:47:23

sobereva 发表于 2023-7-23 23:49
看各个out文件末尾，找报错，如果没报错，有可能内存不够等原因导致任务被迫终止。可以尝试少跑几个副本 ...

嗯嗯，感谢sob老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-7-24 18:40:54

sobereva 发表于 2023-7-23 23:49
看各个out文件末尾，找报错，如果没报错，有可能内存不够等原因导致任务被迫终止。可以尝试少跑几个副本 ...

sob老师好，请问利用CP2K计算吸附能是否需要先做结构优化和振动分析呢？还是只做结构优化就可以呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-24 23:17:37

NGC626 发表于 2023-7-24 18:40
sob老师好，请问利用CP2K计算吸附能是否需要先做结构优化和振动分析呢？还是只做结构优化就可以呢？

结构优化显然必须做
如果计算吸附过程的热力学量变化必须做振动分析。如果只需要计算电子能量变化，且你能确信得到的是极小点、不做振动分析也有自信确保是无虚频结构，那就不用做

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-2 19:51:29

sobereva 发表于 2023-7-23 23:49
看各个out文件末尾，找报错，如果没报错，有可能内存不够等原因导致任务被迫终止。可以尝试少跑几个副本 ...

sob老师好，我在利用48核服务器对1个碳原子在铱上的吸附模型做振动分析时，CP2K跑了接近29个小时都没有结束，我发现最后一个out文件里提示SCF不收敛，请问这样的耗时是否属于正常范围内呢？SCF不收敛是否为主要问题呢？以下是运行过程中产生的文件
链接：https://pan.baidu.com/s/1Dj-n6hI4g6eQzCgiqKZCnQ?pwd=6666
提取码：6666

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-2 23:33:04

NGC626 发表于 2023-8-2 19:51
sob老师好，我在利用48核服务器对1个碳原子在铱上的吸附模型做振动分析时，CP2K跑了接近29个小时都没有结 ...

Ir slab是导体，这种体系显然得开smearing
由于晶胞不够大，还得考虑k点

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-7 18:53:14

本帖最后由 NGC626 于 2023-8-7 19:31 编辑

sobereva 发表于 2023-8-2 23:33
Ir slab是导体，这种体系显然得开smearing
由于晶胞不够大，还得考虑k点

①谢谢sob老师，我在经过排查之后发现，程序报错是因为内存溢出了，现在我改成了多节点不满核，正在重新计算；
②另外就是，我所理解的用CP2K计算碳原子在铱层上的吸附能的过程是：分别计算碳原子、铱层、碳原子吸附在铱层之后整体结构的单点能，然后E_bind = E(C-Ir) - E(C) - E(Ir)，请问我这样理解是否正确呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-7 20:52:07

NGC626 发表于 2023-8-7 18:53
①谢谢sob老师，我在经过排查之后发现，程序报错是因为内存溢出了，现在我改成了多节点不满核，正在重新 ...

正确

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-8 15:42:16

sobereva 发表于 2023-8-7 20:52
正确

sob老师好，我在对碳原子在铱层上的吸附结构做振动分析时，服务器一直内存溢出，我在查看了论坛的一些帖子之后，按照已有的解决办法，改用了openmpi4.1.4，或者换成intelmpi，目前用您在培训班资料里的输入文件不会出现内存溢出，但是我自己的输入文件依然会爆内存，服务器的管理人员提出了以下几个建议：①多节点不满核②使用大内存节点③降低算例精度，请问应该如何选择较好呢？以下是我的输入文件

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-9 03:19:13

NGC626 发表于 2023-8-8 15:42
sob老师好，我在对碳原子在铱层上的吸附结构做振动分析时，服务器一直内存溢出，我在查看了论坛的一些帖 ...

能用大内存节点自然最好
如果不能换节点，就减少点副本数，以增加耗时为代价让计算能进行。或者恰当使用psmp版靠OpenMP和MPI混合并行，在科音CP2K培训班里的振动分析部分专门详细讲了振动分析任务的内存利用问题

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-9 18:53:40

sobereva 发表于 2023-8-9 03:19
能用大内存节点自然最好
如果不能换节点，就减少点副本数，以增加耗时为代价让计算能进行。或者恰当使用 ...

sob老师好
①如果我想计算原子在衬底层上吸附后整体的单点能，是否需要做振动分析呢？
②如果想计算NMR，是否需要做振动分析呢？
③如果CP2K在做振动分析时考虑k点无法生成molden文件，那么应该如何做波函数分析呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-9 22:25:28

NGC626 发表于 2023-8-9 18:53
sob老师好
①如果我想计算原子在衬底层上吸附后整体的单点能，是否需要做振动分析呢？
②如果想计算NMR ...

1 单点能显然跟振动分析无关
算热力学量才需要做振动分析

2 不。毫无联系（算振动平均化学位移另谈，但一般不考虑）

3 这跟振动分析有什么关系。产生molden文件算个单点就出来了，下文也都说了。从来不会有人靠振动分析任务获得molden文件
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-10 11:47:09

本帖最后由 NGC626 于 2023-8-10 11:53 编辑

sobereva 发表于 2023-8-9 22:25
1 单点能显然跟振动分析无关
算热力学量才需要做振动分析

sob老师好，我目前在PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH下完成了碳原子在铱层上的吸附结构的结构优化和振动分析
①请问计算该结构的单点有哪些推荐的理论方法和基组呢？是否需要考虑K点呢？
②例如计算10个碳原子在铱层上的吸附结构的单点能，在E_bind = E(C-Ir) - E(C) - E(Ir)中，要得到E(C)，是否可以只计算1个碳原子的单点，然后直接乘以10呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-10 22:24:25

NGC626 发表于 2023-8-10 11:47
sob老师好，我目前在PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH下完成了碳原子在铱层上的吸附结构的结构优化和振动分 ...

1 继续用PBE-D3(BJ)也可以。也可以尝试r2SCAN-D3(BJ)、M15L，可能结果更好。基组用TZVP-MOLOPT-GTH
晶胞不够大自然得考虑k点。这跟优化、振动分析是一样的

2 如果假定10个碳原子彼此之间不存在任何相互作用，可以

NGC626 · 发表于 Post on 2023-8-11 13:48:52

本帖最后由 NGC626 于 2023-8-11 16:44 编辑

sobereva 发表于 2023-8-10 22:24
1 继续用PBE-D3(BJ)也可以。也可以尝试r2SCAN-D3(BJ)、M15L，可能结果更好。基组用TZVP-MOLOPT-GTH
晶胞 ...

谢谢sob老师
①在考虑K点时，cp2k无法生成molden文件，请问可以从哪些输出文件下手，对结构做波函数分析呢？
②我计算了碳原子在铱层上吸附结构的能量，程序发生报错，输入和输出文件如下，请问可能是什么原因造成的呢？

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