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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析

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发表于 Post on 2023-9-19 15:13:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 09:23
我不清楚你的集群的运行环境、提交方式。sobEDA.sh只考虑在本机上直接运行Gaussian/Multiwfn的情况


感谢Sob老师回复!
我所使用的集群是centos 7.8, 提交方式为SLURM.

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发表于 Post on 2023-10-5 22:41:15 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果自己单独算了形变能,形变能+相互作用能(sobEDA计算得到的)是否等于总能?总能是复合物的能量减去孤立反应物的能量。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-10 21:31:47 | 只看该作者 Only view this author
PESPES 发表于 2023-10-5 22:41
请问老师,如果自己单独算了形变能,形变能+相互作用能(sobEDA计算得到的)是否等于总能?总能是复合物的能 ...

等于
这一般叫结合能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-12 21:53:26 | 只看该作者 Only view this author
sobEDA刚发表两个月,目前就已经有引用sobEDA的文章发表了:
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.3c04085

很好的刊物

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发表于 Post on 2023-10-17 19:01:46 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,distortion/interaction在溶剂下大基组算的,sobEDA用相同的泛函同样的大基组在气相算,这样数据放在一起有意义吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-17 20:58:47 | 只看该作者 Only view this author
build 发表于 2023-10-17 19:01
请问sob老师,distortion/interaction在溶剂下大基组算的,sobEDA用相同的泛函同样的大基组在气相算,这样数 ...

溶剂的影响单独作为一项考虑
文中说了
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发表于 Post on 2023-10-17 21:14:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-17 20:58
溶剂的影响单独作为一项考虑
文中说了

感谢sob老师回复,请问是∆E_int + ∆E_int^solv等于distortion/interaction溶剂下的∆E_int?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 00:40:24 | 只看该作者 Only view this author
build 发表于 2023-10-17 21:14
感谢sob老师回复,请问是∆E_int + ∆E_int^solv等于distortion/interaction溶剂下的∆E_ ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-10-18 08:26:52 | 只看该作者 Only view this author

好的,感谢sob老师回复!

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发表于 Post on 2023-10-18 16:50:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我在使用sobEDA时遇到了报错,输入和输出文件如下,请问可能是什么原因导致的呢?

sobEDA.rar

5.16 MB, 下载次数 Times of downloads: 9

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 21:59:56 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-10-18 16:50
sob老师好,我在使用sobEDA时遇到了报错,输入和输出文件如下,请问可能是什么原因导致的呢?

打开fragment2.out文件末尾一看便知SCF不收敛
照常想办法解决
另外,B3LYP非常不适合金属团簇,下文提到了
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html

不管什么泛函,d组金属团簇普遍都是SCF挺难收敛的,得基于下文折腾
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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发表于 Post on 2023-10-19 01:16:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-18 21:59
打开fragment2.out文件末尾一看便知SCF不收敛
照常想办法解决
另外,B3LYP非常不适合金属团簇,下文提 ...

谢谢sob老师
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发表于 Post on 2023-10-19 11:52:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-18 21:59
打开fragment2.out文件末尾一看便知SCF不收敛
照常想办法解决
另外,B3LYP非常不适合金属团簇,下文提 ...

sob老师好,我在尝试改用PBE泛函之后,程序在运行几秒钟之后遇到报错,输入和输出文件如下,请问可能是什么原因引起的呢?

sobEDA.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-20 08:11:43 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-10-19 11:52
sob老师好,我在尝试改用PBE泛函之后,程序在运行几秒钟之后遇到报错,输入和输出文件如下,请问可能是什 ...

打开fragment1.out一看便知SCF不收敛
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RPBE-PBE) =  -37.7245355874     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.14D-01     -V/T= 2.0025
KE= 3.762950494413D+01 PE=-8.800080213866D+01 EE= 1.264676160716D+01
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发表于 Post on 2023-10-20 10:05:51 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,sobEDA分解的每一项可以在溶剂下算吗?

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