使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析

wangxuran · 发表于 Post on 2024-3-21 08:48:00

老师您好，我在使用sobEDA分析后，检查所有的out文件，最终均以 Normal termination成功输出，检查fchk文件轨道输出也正常，但是在results.txt里的final输出中和final result中出现以下报错，求老师指点

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-21 09:09:10

wangxuran 发表于 2024-3-21 08:48
老师您好，我在使用sobEDA分析后，检查所有的out文件，最终均以 Normal termination成功输出，检查fchk文件 ...

确保用了色散校正。上传模板文件

wangxuran · 发表于 Post on 2024-3-21 09:16:09

本帖最后由 wangxuran 于 2024-3-22 08:43 编辑

sobereva 发表于 2024-3-21 09:09
确保用了色散校正。上传模板文件

老师您好！这是我的输入文件，色散校正我也有加

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-21 09:32:21

wangxuran 发表于 2024-3-21 09:16
老师您好！这是我的输入文件，色散校正我也有加

别写SCF=XQC，可能导致输出信息形式无法被脚本正确读取

wangxuran · 发表于 Post on 2024-3-21 09:39:23

sobereva 发表于 2024-3-21 09:32
别写SCF=XQC，可能导致输出信息形式无法被脚本正确读取

好滴！非常感谢老师，学生马上去试试

wangxuran · 发表于 Post on 2024-3-21 14:23:44

sobereva 发表于 2024-3-21 09:32
别写SCF=XQC，可能导致输出信息形式无法被脚本正确读取

老师，我把SCF=XQC去掉之后，用了其他的收敛方法均显示不收敛，我这个还能继续往下分析吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-21 21:41:16

wangxuran 发表于 2024-3-21 14:23
老师，我把SCF=XQC去掉之后，用了其他的收敛方法均显示不收敛，我这个还能继续往下分析吗

不能
想其它办法帮助收敛。或者如果非得用XQC，自行阅读和调试sobEDA.sh的代码，看读取异常是怎么造成的，反正我写脚本时没考虑和QC/XQC的兼容性

polymer_ck · 发表于 Post on 2024-3-31 16:03:02

请问社长，200个原子，研究碳纳米管和分散剂的弱相互作用，计算非常非常慢，使用DMOL3 PBE(D2)/DNPj基组弛豫结构如下附件。使用BLYP/6-31+G(d,p)进行能量解析64核跑了11小时，第一个结构能量都没有算出来。请问老师，是基组选择有错误嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-31 18:04:17

polymer_ck 发表于 2024-3-31 16:03
请问社长，200个原子，研究碳纳米管和分散剂的弱相互作用，计算非常非常慢，使用DMOL3 PBE(D2)/DNPj基组弛 ...

既然加了D3(BJ)就必须在提问时写成BLYP-D3(BJ)，认真看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

Gaussian里用BLYP毫无益处，（不开密度拟合时）又不比B3LYP更便宜。这跟杂化泛函效率巨低的Dmol3有天壤之别，而B3LYP-D3(BJ)算弱相互作用精度明显比BLYP-D3(BJ)更好

你的机子太慢。要么没有恰当并行

xysoserious · 发表于 Post on 2024-5-12 18:58:30

本帖最后由 xysoserious 于 2024-5-12 18:59 编辑

请问社长，我使用sobEDAw方法对碱基对的相互作用进行了能量分解分析，也考虑了BSSE。但是审稿人说“In this case there are some possibility that the deformation energy of molecule can contribute significantly for the energy decomposition. In this case the author can use the 7 point BSSE correction developed by I. Mayer.” 变形能的影响很大吗？以及这两个BSSE有很大差别吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-13 05:09:49

xysoserious 发表于 2024-5-12 18:58
请问社长，我使用sobEDAw方法对碱基对的相互作用进行了能量分解分析，也考虑了BSSE。但是审稿人说“In this ...

我不晓得7 point BSSE correction developed by I. Mayer指什么
对于相互作用能的计算，没有变形能的事，结合能才有，因为里面牵扯到片段从孤立状态到复合物状态结构的变化

hzfish · 发表于 Post on 2024-10-14 16:13:29

使用SobEDA进行能量分解时，基组使用带w.CB的基组时，相互作用能包含了BSSE校正。对于强作用，BSSE有高估的趋势，请问大概多少kJ/mol的相互作用能不需要考虑BSSE校正。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-16 20:23:37

hzfish 发表于 2024-10-14 16:13
使用SobEDA进行能量分解时，基组使用带w.CB的基组时，相互作用能包含了BSSE校正。对于强作用，BSSE有高估的 ...

取决于是不是化学键作用，凭化学常识判断
拿不准就直接用足够大的基组忽略BSSE问题

hzfish · 发表于 Post on yesterday 22:58

IGMH图如下，相互作用能大约-25.81 kcal/mol，能量分解可以使用sobEDAw方法吗？

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[综合交流] 使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析

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