使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析

dreamyeye

sobereva 发表于 2025-7-29 01:13
叫哪个都可以

谢谢。

XxxXOO

现在ORCA支持这个了吗？如果不支持我可以直接把ORCA优化出来的XYZ文件放高斯里直接做这个吗？

wzkchem5

XxxXOO 发表于 2025-9-12 11:48
现在ORCA支持这个了吗？如果不支持我可以直接把ORCA优化出来的XYZ文件放高斯里直接做这个吗？

应该还不支持，但BDF支持了：https://bdf-manual.readthedocs.i ... r%20Guide.html#id44

XxxXOO

wzkchem5 发表于 2025-9-12 12:31
应该还不支持，但BDF支持了：https://bdf-manual.readthedocs.io/zh-cn/latest/User%20Guide.html#id44

没有这个软件

wzkchem5

XxxXOO 发表于 2025-9-12 14:41
没有这个软件

可以免费试用两周：https://bdf-manual.readthedocs.i ... roduction.html#id29
只要体系不是大得离谱，两周往往足以做完整篇文章所有的sobEDA计算了。如果确定要把结果放进文章，再购买软件授权即可

Solitude198

请问在使用如下设置计算的时候 ΔE_x（交换作用能）和ΔE_DFTc（DFT相关能）这种一般为负的值为正可能是泛函选择不当吗，我目前换了b3lyp在尝试

1. #p m06/genecp ExtraLinks=L608 nosymm
   
2. 
   
3. title
   
4. 
   
5. 0 1
   
6. [geometry]
   
7. 
   
8. -O -S -H -C -N 0
   
9. 6-311+g(d,p)
   
10. ****
    
11. Cu 0
    
12. SDD
    
13. ****
    
14. 
    
15. Cu 0
    
16. SDD
    
17. 
    
18. -54 5
    

复制代码

两个分析的结果如下

1. Total interaction energy:    -46.33 kcal/mol
   
2. 
   
3. Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
   
4. Electrostatic (E_els):   -152.90 kcal/mol
   
5. Exchange (E_x):     13.33 kcal/mol
   
6. Pauli repulsion (E_rep):     96.85 kcal/mol
   
7. Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep):    110.18 kcal/mol
   
8. Orbital (E_orb):    -38.73 kcal/mol
   
9. DFT correlation (E_DFTc):     35.12 kcal/mol
   
10. Dispersion correction (E_dc):      0.00 kcal/mol
    
11. Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc):     35.12 kcal/mol

复制代码

1. Total interaction energy:    -50.66 kcal/mol
   
2. 
   
3. Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
   
4. Electrostatic (E_els):   -153.34 kcal/mol
   
5. Exchange (E_x):      6.91 kcal/mol
   
6. Pauli repulsion (E_rep):     96.02 kcal/mol
   
7. Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep):    102.93 kcal/mol
   
8. Orbital (E_orb):    -39.38 kcal/mol
   
9. DFT correlation (E_DFTc):     39.14 kcal/mol
   
10. Dispersion correction (E_dc):      0.00 kcal/mol
    
11. Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc):     39.14 kcal/mol

复制代码

sobereva

Solitude198 发表于 2025-9-27 13:53
请问在使用如下设置计算的时候 ΔE_x（交换作用能）和ΔE_DFTc（DFT相关能）这种一般为负的值为正可能是泛 ...

不推荐用M06
建议用PBE0-D3(BJ)

121089576

请问社长如果使用sobEDA各能量项算总在总能量的占比应该按怎么算呢？1是其中一些分项值大于总能量，如果用这些分项除以总能量那占比就大于100%了。2是其中有正有负，直接除以总能量好像也不太对头？

sobereva

121089576 发表于 2025-10-1 22:21
请问社长如果使用sobEDA各能量项算总在总能量的占比应该按怎么算呢？1是其中一些分项值大于总能量，如果用 ...

通常是产生吸引作用的部分拿出来讨论
比如orb、disp、elst都为负时，用disp/(orb+disp+elst)衡量色散作用对吸引作用的贡献

121089576

再请教一下社长，我测试了加与不加隐式溶剂模型的sobEDA，发现都可以正常计算完成，计算结果完全不一样。
我知道您的博文中写了sobEDA不能加溶剂模型，我加上的原因是未加时与我自行计算的能量差距很大，而且相互作用能是正值。而加上后就与我的计算值接近了，请问这是怎么回事呢，结果能用吗？
下面分别附上不加与加了溶剂模型的结果：
未加溶剂模型：

1. ***** Final results *****
   
2. *************************
   
3. 
   
4. Total interaction energy:     75.90 kcal/mol
   
5. 
   
6. Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
   
7. Electrostatic (E_els):     69.52 kcal/mol
   
8. Exchange (E_x):    -27.03 kcal/mol
   
9. Pauli repulsion (E_rep):     88.04 kcal/mol
   
10. Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep):     61.01 kcal/mol
    
11. Orbital (E_orb):    -30.90 kcal/mol
    
12. DFT correlation (E_DFTc):    -15.07 kcal/mol
    
13. Dispersion correction (E_dc):     -8.66 kcal/mol
    
14. Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc):    -23.73 kcal/mol

复制代码

加了溶剂模型：

1. ***** Final results *****
   
2. *************************
   
3. 
   
4. Total interaction energy:     -7.86 kcal/mol
   
5. 
   
6. Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
   
7. Electrostatic (E_els):    -28.43 kcal/mol
   
8. Exchange (E_x):    -27.24 kcal/mol
   
9. Pauli repulsion (E_rep):     87.61 kcal/mol
   
10. Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep):     60.38 kcal/mol
    
11. Orbital (E_orb):    -15.22 kcal/mol
    
12. DFT correlation (E_DFTc):    -15.93 kcal/mol
    
13. Dispersion correction (E_dc):     -8.66 kcal/mol
    
14. Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc):    -24.59 kcal/mol

复制代码

wzkchem5

121089576 发表于 2025-10-2 17:34
再请教一下社长，我测试了加与不加隐式溶剂模型的sobEDA，发现都可以正常计算完成，计算结果完全不一样。
...

sob老师的程序我不清楚，但是BDF做的sobEDA/sobEDAw分解是可以加溶剂的，且结果能用。参见https://bdf-manual.readthedocs.i ... 0Guide.html#sobedaw

sobereva

121089576 发表于 2025-10-2 17:34
再请教一下社长，我测试了加与不加隐式溶剂模型的sobEDA，发现都可以正常计算完成，计算结果完全不一样。
...

如果要在sobEDA过程中带溶剂模型，原理上需要在计算片段的时候自定义孔洞，使得孔洞对应整个体系而非当前片段。否则需要单独自行计算溶剂的贡献项，当前贴子里明确说了

121089576

sobereva 发表于 2025-10-3 05:52
如果要在sobEDA过程中带溶剂模型，原理上需要在计算片段的时候自定义孔洞，使得孔洞对应整个体系而非当前 ...

再请教一下sob老师，那么溶剂效应的能量是直接加在真空的相互作用能后面吗？也就是ΔE_int = ΔE_els + ΔE_x + ΔE_DFTc + ΔE_dc + ΔE_rep + ΔE_orb+ (E_complexsoln – ∑AE_Asoln) – (E_complexvac – ∑AE_Avac)（根据您发表的原文）

sobereva

121089576 发表于 2025-10-15 17:14
再请教一下sob老师，那么溶剂效应的能量是直接加在真空的相互作用能后面吗？也就是ΔE_int = ΔE_els +  ...

是