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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-21 02:47:50 | 只看该作者 Only view this author
build 发表于 2023-10-20 10:05
请问sob老师,sobEDA分解的每一项可以在溶剂下算吗?

仔细阅读当前帖子,搜索“溶剂”,里面明确说了。
应当把溶解自由能作为额外的一项看待
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-10-21 10:08:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-21 02:47
仔细阅读当前帖子,搜索“溶剂”,里面明确说了。
应当把溶解自由能作为额外的一项看待

明白了,谢谢sob老师回复。

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发表于 Post on 2023-10-21 22:21:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-20 08:11
打开fragment1.out一看便知SCF不收敛
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RPBE ...

感谢sob老师
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发表于 Post on 2023-10-23 10:18:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-20 08:11
打开fragment1.out一看便知SCF不收敛
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RPBE ...

老师好,我尝试改用了M06-2X泛函,以及添加了SCF=vshift=500,但是出现了报错,请问可能是什么原因导致的呢?

sobEDA.rar

7.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-24 02:03:53 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-10-23 10:18
老师好,我尝试改用了M06-2X泛函,以及添加了SCF=vshift=500,但是出现了报错,请问可能是什么原因导致的 ...

M06-2X不能结合BJ阻尼的D3校正,下文都明确说了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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发表于 Post on 2023-11-21 16:27:32 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在用sobEDAw方法时候,发现有些体系的w会大于1,出现以下提示:
Warning: Current w (  1.03) is larger than 1.0, scale it to 1.0
请问这种情况下,结果是否可以接受?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-21 22:51:41 | 只看该作者 Only view this author
胡说 发表于 2023-11-21 16:27
老师好,我在用sobEDAw方法时候,发现有些体系的w会大于1,出现以下提示:
Warning: Current w (  1.03) i ...

可以
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发表于 Post on 2023-11-22 08:20:03 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2024-1-10 12:27:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2024-1-11 10:24 编辑

sob老师好,我在使用sobEDA对一个碳原子在过渡金属上的吸附模型做能量分解时遇到报错,输入和输出文件如下,请问可能是什么原因导致的呢?(已解决)

sobEDA.rar

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发表于 Post on 2024-1-21 10:47:17 | 只看该作者 Only view this author
在sobEDA或sobEDAw能量分解计算中,如果计算每个单体都使用整个体系里所有原子的基函数, 请问,这个在输入文件中要如何操作呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-22 02:38:39 | 只看该作者 Only view this author
Nitro99 发表于 2024-1-21 10:47
在sobEDA或sobEDAw能量分解计算中,如果计算每个单体都使用整个体系里所有原子的基函数, 请问,这个在输入 ...

文中明确说了用iCP=1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-7 05:23:11 | 只看该作者 Only view this author
鉴于老有人问,给此文增加了一部分内容
(6)我用的是双杂化泛函、M06-2X等方法算的弱相互作用能,但是sobEDAw没有这些泛函的参数怎么办?
你可以用你想用的方法算相互作用能,而使用sobEDAw支持的级别做能量分解来得到不同物理成份对相互作用能的贡献来了解不同物理成份起到的作用,这没有任何不妥。sobEDAw支持的B3LYP-D3(BJ)算绝大多数弱相互作用足够好,比如你用M06-2X算的相互作用能是-8.7 kcal/mol,而B3LYP-D3(BJ)算出来可能就是比如-8.1 kcal/mol或9.4 kcal/mol,显然在B3LYP-D3(BJ)级别下做sobEDAw分析对相互作用能提供deeper insight是完全得当的。当然你也可以直接在文章里就拿B3LYP-D3(BJ)的相互作用能直接说事,就完全没必要再单独算M06-2X级别的相互作用能了。实际上如Mol. Phys., 115, 2315 (2017)的图35所示,B3LYP-D3(BJ)算弱相互作用二聚体的相互作用能比M06-2X还更好。即便碰上比如18碳环这样B3LYP-D3(BJ)描述不好的情况,还可以用sobEDAw直接支持的BHandHLYP-D3(BJ),在Phys. Chem. Chem. Phys., 19, 32184 (2017)中证明了它算弱相互作用能也是很好的,如这篇文章补充材料的表20的intermol. NCIs(分子间相互作用能)所示,BHLYP-D3(BJ)(对应BHandHLYP-D3(BJ))的误差比B3LYP-D3(BJ)还稍微小点,和M06-2X在伯仲之间。
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发表于 Post on 2024-2-21 16:08:00 | 只看该作者 Only view this author
老师可以在 3.1 使用要求 部分提示一下使用该脚本需要安装bc计算器,我在测试的时候发现没有bc,报错了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-21 16:17:13 | 只看该作者 Only view this author
zhaixiaoyi001 发表于 2024-2-21 16:08
老师可以在 3.1 使用要求 部分提示一下使用该脚本需要安装bc计算器,我在测试的时候发现没有bc,报错了。

主流操作系统标准地安装的情况下几乎不可能没有bc。这个需要提示的话连awk都得提示了
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发表于 Post on 2024-3-10 19:40:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xysoserious 于 2024-3-11 00:02 编辑

老师您好,我这里好像产生不了fragment.gjf,但是它算出来fragment1和2的fch和out(在我的主目录,不在sh路径文件夹中)
我用示例计算的时候给出的信息是(/public/home/xiaoy/doublet-fragment/sobEDA.sh:行32: fragment.txt: 没有那个文件或目录)所以我改sobEDA.sh的时候就把fragment.txt  和.xyz添加了绝对路径,但是现在好像还是算不了,请问一下老师是哪里出问题了吗? (也看了一下guassian版本是A03,multiwfn是最新的)


我在另一个赛道上解决了,在自己电脑上弄了个虚拟机    咔咔安装gaussian和nogui版multiwfn   计算完毕    没有任何问题

sobEDA.sh

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