基于gmx_MMPBSA程序的结合自由能计算-MMGBSA方法

wbqdssl

lele123 发表于 2025-8-15 10:37
请问，楼主为什么要消除水和离子，是为了缩短计算时间吗？消除水和离子，会不会对计算结果有影响呢？

我 ...

这不是写了要去除水和离子吗？

lele123

wbqdssl 发表于 2025-8-15 13:05
这不是写了要去除水和离子吗？

你说的那个是gmx_MMPBSA运行以后的步骤，运行之前准备的轨迹文件好像是不需要去除的（下图是运行前的准备）


不过谢谢你解答了我的问题，这样看的话，运行之前去除轨迹中的水和离子应该是不影响计算结果的。
而且我很久之前就有一个问题，gmx_MMPBSA能不能计算金属离子和其他组分（比如金属蛋白酶）的结合能。如果gmx_MMPBSA运行之后会去除水和离子，那应该是不能的。

jackshoulder

lele123 发表于 2025-8-15 10:37
请问，楼主为什么要消除水和离子，是为了缩短计算时间吗？消除水和离子，会不会对计算结果有影响呢？

我 ...

你在看看官网，他们提到了，干净的轨迹，即使不是干净的轨迹，也没有问题，因为在计算的时候，只会与你命令中的两个组有关系，比如，你计算的时17 18之间的结合自由能，就只会算着两个组之间的，与其他分子没有任何关系，所以一般是得到一个“干净的轨迹”（是指只包含有你要计算的两个组的轨迹）。

jackshoulder

lele123 发表于 2025-8-15 13:54
你说的那个是gmx_MMPBSA运行以后的步骤，运行之前准备的轨迹文件好像是不需要去除的（下图是运行前的准备 ...

金属蛋白酶这一类的结合自由能，这个程序不太好处理，但你可以尝试将蛋白和你的金属编为一个组，这样你在保存轨迹的时候，就只保存这几个组含有的轨迹。在创建组的时候，先将你要计算的金属原子编为一个组，然后你要计算的另一个编为一个组，然后将这两个组合并为一个“complex”组，这样在保存轨迹的时候，你就只保存这个complex就行了

lele123

jackshoulder 发表于 2025-8-15 15:51
金属蛋白酶这一类的结合自由能，这个程序不太好处理，但你可以尝试将蛋白和你的金属编为一个组，这样你在 ...

谢谢楼主，楼上帮我解答了关于轨迹的疑问。

关于金属离子与其他组分的结合能，按照gmx_MMPBSA运行的步骤来看（在生成拓扑文件时，会删除水和离子），应该是不能计算离子与其他组分的结合能。
不知道这样理解对不对，还是说如果把离子作为受体或者配体时，会有例外（不被删除）