基于gmx_MMPBSA程序的结合自由能计算-MMGBSA方法

wbqdssl · 发表于 Post on 2026-1-23 19:20:48

keeper14335 发表于 2026-1-23 16:04
感谢老师答疑！我已按照您提供的办法找到了amber99sb-ildn力场在mmpbsa.in文件中的写法，目前正在计算最 ...

一般来说是算RMSD平稳之后那段轨迹（间隔取样），如果模拟了200ns但只取最后1ns计算，那有点搞笑，可能会被审稿人批。
此外，MM-PBSA主要靠CPU算，不靠GPU。你可以考虑开纯CPU的机器。

jackshoulder · 发表于 Post on 2026-1-25 19:15:58

keeper14335 发表于 2026-1-23 16:04
感谢老师答疑！我已按照您提供的办法找到了amber99sb-ildn力场在mmpbsa.in文件中的写法，目前正在计算最 ...

超算是要考虑成本。至于正负，多看看文献，不同体系，情况会不一样的

jackshoulder · 发表于 Post on 2026-1-25 19:17:37

wbqdssl 发表于 2026-1-23 19:20
一般来说是算RMSD平稳之后那段轨迹（间隔取样），如果模拟了200ns但只取最后1ns计算，那有点搞笑，可能会 ...

是这样的，所以我一般都是计算全段轨迹，然后在gmx_MMPBSA_ana那个分析程序里边，去取最终平稳的轨迹段，这样会更加可控一点。

keeper14335 · 发表于 Post on 2026-1-26 16:23:30

wbqdssl 发表于 2026-1-23 19:20
一般来说是算RMSD平稳之后那段轨迹（间隔取样），如果模拟了200ns但只取最后1ns计算，那有点搞笑，可能会 ...

好的老师，受教了

keeper14335 · 发表于 Post on 2026-1-26 16:23:53

jackshoulder 发表于 2026-1-25 19:15
超算是要考虑成本。至于正负，多看看文献，不同体系，情况会不一样的

好的老师，收到！

王涛 · 发表于 Post on 2026-4-28 15:31:56

楼主你好，我在网上去看别人用MMPBSA计算的教程，发现很多人提到了gromacs + gmx_mm/pbsa(脚本) 来自哲科文李老师+ APBS
资料参考
https://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-9/
https://jerkwin.github.io/2019/0 ... %E8%AF%B4%E6%98%8E/
我好奇他们的方法与楼主是否有很大区别？
我附上脚本给楼主

王肖索 · 发表于 Post on 7 day ago

我刚接触这个分析方法，算了总结合能和残基贡献，但是有点不懂，我的总结合为-11点多，残基贡献选的-0.5以下的几个合起来有-12点多，这正常吗？我问智能说是正值的贡献残基抵消了一部分所以总结合能为-11点多，我不太懂有相关的mmpbsa的说明书或者相关这部分的文献吗？

jackshoulder · 发表于 Post on 7 day ago

王肖索发表于 2026-6-16 16:59
我刚接触这个分析方法，算了总结合能和残基贡献，但是有点不懂，我的总结合为-11点多，残基贡献选的-0.5以 ...

因为你选的是-0.5以下的来，那么在0~-0.5这之间的一些被分解到了的氨基酸能量贡献，有可能有一些是正值，所以你不能将自己设定的这阈值相加来与那个total的值进行比较。这个方面的参考文献（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c00645）。然后对于这个程序计算结合自由能的方法以及理论，介绍等，你可以看我贴子里边提到的那几个网址，去程序的主页找相关内容，这个程序的开发者，他们对其网址维护的比较好，各方面也写的比较详细。

王肖索 · 发表于 Post on 6 day ago

jackshoulder 发表于 2026-6-16 17:25
因为你选的是-0.5以下的来，那么在0~-0.5这之间的一些被分解到了的氨基酸能量贡献，有可能有一些是正值， ...

好的，非常感谢

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