基于gmx_MMPBSA程序的结合自由能计算-MMGBSA方法

wbqdssl · 发表于 Post on 2026-1-23 19:20:48

keeper14335 发表于 2026-1-23 16:04
感谢老师答疑！我已按照您提供的办法找到了amber99sb-ildn力场在mmpbsa.in文件中的写法，目前正在计算最 ...

一般来说是算RMSD平稳之后那段轨迹（间隔取样），如果模拟了200ns但只取最后1ns计算，那有点搞笑，可能会被审稿人批。
此外，MM-PBSA主要靠CPU算，不靠GPU。你可以考虑开纯CPU的机器。

jackshoulder · 发表于 Post on 2026-1-25 19:15:58

keeper14335 发表于 2026-1-23 16:04
感谢老师答疑！我已按照您提供的办法找到了amber99sb-ildn力场在mmpbsa.in文件中的写法，目前正在计算最 ...

超算是要考虑成本。至于正负，多看看文献，不同体系，情况会不一样的

jackshoulder · 发表于 Post on 2026-1-25 19:17:37

wbqdssl 发表于 2026-1-23 19:20
一般来说是算RMSD平稳之后那段轨迹（间隔取样），如果模拟了200ns但只取最后1ns计算，那有点搞笑，可能会 ...

是这样的，所以我一般都是计算全段轨迹，然后在gmx_MMPBSA_ana那个分析程序里边，去取最终平稳的轨迹段，这样会更加可控一点。

keeper14335 · 发表于 Post on 2026-1-26 16:23:30

wbqdssl 发表于 2026-1-23 19:20
一般来说是算RMSD平稳之后那段轨迹（间隔取样），如果模拟了200ns但只取最后1ns计算，那有点搞笑，可能会 ...

好的老师，受教了

keeper14335 · 发表于 Post on 2026-1-26 16:23:53

jackshoulder 发表于 2026-1-25 19:15
超算是要考虑成本。至于正负，多看看文献，不同体系，情况会不一样的

好的老师，收到！

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