基于gmx_MMPBSA程序的结合自由能计算-MMGBSA方法

wang011127

jackshoulder 发表于 2025-10-18 18:36
第26行，提示你没有amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp力场，这个力场是根据你安装gromacs时，gromacs ...

但是我动力学跑完了呀，这不就说明不在conda环境里的gromacs是可以用这个力场的，而且当时我是把这个力场手动添加进去的。conda里面我是新配置了一个env库（我也不大懂计算机，我的理解是一个环境会配置属于这个环境需要的东西，出了这个环境就用不了了），我应该把那个立场文件也放在这个环境里面吗？虚心求教

已解决：按照楼主的方法 相当于工作目录实际上在此文件夹的上级文件夹，因此需要把立场文件.ff放在上级目录，也就是topol.top所在的目录，而不是这个energy目录

jackshoulder

wang011127 发表于 2025-10-18 20:16
但是我动力学跑完了呀，这不就说明不在conda环境里的gromacs是可以用这个力场的，而且当时我是把这个力场 ...

只要能解决就好

wang011127

jackshoulder 发表于 2025-10-19 16:21
只要能解决就好

anyway 感谢

prolifery

[INFO   ] Building Normal Complex Amber topology...
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gmx_MMPBSA", line 8, in <module>
    sys.exit(gmxmmpbsa())
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/app.py", line 98, in gmxmmpbsa
    app.make_prmtops()
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/main.py", line 687, in make_prmtops
    self.FILES.mutant_receptor_prmtop, self.FILES.mutant_ligand_prmtop) = maketop.buildTopology()
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 125, in buildTopology
    tops = self.gmxtop2prmtop()
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 534, in gmxtop2prmtop
    com_top = self.cleantop(self.FILES.complex_top, self.indexes['COM']['COM'])
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 822, in cleantop
    rtemp_top = parmed.gromacs.GromacsTopologyFile(ttp_file.as_posix())
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 346, in __init__
    self.read(fname, defines, parametrize)
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 497, in read
    key, knd, t, replace = self._parse_dihedraltypes(line)
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 928, in _parse_dihedraltypes
    per = int(words[si+3])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '3.0'

这是什么情况？

jackshoulder

prolifery 发表于 2025-12-12 10:51
Building Normal Complex Amber topology...
  File "/public/software/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gm ...

建议你将此问题，复制给大模型，找具体解决办法。目前我能给的帮助如下：这个问题，应该是你topol文件有问题，但具体问题出在哪里，我不清楚，由于我无法查看你所运行的问题。应该是topol文件或者是topol中引用的某些文件参数有问题。极有可能是小分子的top出现了问题。如果你小分子top是按照sob老师的方法生成的应该不会出问题。其次，如果你的小分子的配体是非常规的，比如那种奇奇怪怪的二面角等参数，非常容易报错。

新人计算

楼主您好 最近刚好在了解这个gmxMMPBSA 我有一个问题想请教一下您 我的结构是一个环状DNA 然后环状的中心存在几个金属离子  那么我能不能通过gmxMMPBSA来计算金属离子与环状DNA的结合能呢

jackshoulder

新人计算 发表于 2025-12-17 10:55
楼主您好 最近刚好在了解这个gmxMMPBSA 我有一个问题想请教一下您 我的结构是一个环状DNA 然后环状的中心存 ...

这个，无法严格计算，gmx_MMPBSA程序计算你当前的这个体系可能会有些困难，但你可以尝试，将环状DNA一个组，金属离子一个组，然后进行计算，但这样计算的严谨性与准确性无法保证

Loading0760

新人计算 发表于 2025-12-17 10:55
楼主您好 最近刚好在了解这个gmxMMPBSA 我有一个问题想请教一下您 我的结构是一个环状DNA 然后环状的中心存 ...

肯定不合适的，金属和DNA的作用类型不适合用PB或者GB模型描述。

新人计算

jackshoulder 发表于 2025-12-23 15:31
这个，无法严格计算，gmx_MMPBSA程序计算你当前的这个体系可能会有些困难，但你可以尝试，将环状DNA一个 ...

好的 非常感谢您的回复 不行我就试试别的方法了

新人计算

Loading0760 发表于 2025-12-23 16:31
肯定不合适的，金属和DNA的作用类型不适合用PB或者GB模型描述。

感谢您的回复 是的 前段时间尝试的时候  一直给我报错显示不支持金属离子存在

科研小白0126

UPL_JUN 发表于 2025-6-11 10:56
借楼标记一下：1.mpirun detected that one or more processes exited with non-zero states ，我系统上 ...

老师我的给体和受体都是有sobtop软件构建的itp，里面都是gaff力场，那我在mmpbsa.in这么写 forcefields          = "leaprc.gaff/leaprc.gaff" 对吗，还是只要写一个 forcefields          = "leaprc.gaff",这里的leaprc是加载脚本的意思吗

keeper14335

楼主您好，请问我计算的eel为正值是什么原因呢？我是蛋白-蛋白对接后用gmx进行动力学模拟，然后利用gmx_mmpbsa进行计算，mmpbsa.in文件用的您的，计算帧数选的模拟的最后1ns，是否因为力场不匹配？因为我模拟时用的力场为amber99sb-ildn，而在官方手册上寻找力场参数时发现其针对“蛋白-蛋白”体系提供的只有leaprc.protein.ff19SB和leaprc.protein.ff14SB两种力场，没有我需要的amber99sb-ildn力场，这种情况该怎么办呢？

jackshoulder

科研小白0126 发表于 2026-1-14 18:25
老师我的给体和受体都是有sobtop软件构建的itp，里面都是gaff力场，那我在mmpbsa.in这么写 forcefields   ...

两个都要写哦，因为我们在计算的时候，命令里边会写入受体和配体的组，如：1 2,  受体和配体所用的参数都得明确的在in文件中进行定义，在计算的时候才会被载入

jackshoulder

keeper14335 发表于 2026-1-20 17:29
楼主您好，请问我计算的eel为正值是什么原因呢？我是蛋白-蛋白对接后用gmx进行动力学模拟，然后利用gmx_mmp ...

对于amber99sb的写法，官网是有的哦，链接如下：https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/input_file/               在页面中检索“Forcefields for Protein/Nucleic Acids”就会看到了，这里提供了较老版本的写法。     计算出来eel为正并不奇怪，可能的原因，两个蛋白相互作用上，其主要由范德华驱动，而不是静电相互作用。如果你想改善这一点，你可以增加计算结合自由能的帧数，你目前是取的模拟最后1ns，应该只有100帧，也不排除计算的样本量不足导致，你可以尝试将最后10ns，或者全段轨迹都进行计算，提高计算样本的量，来弥补偶然性。希望解答了你的疑惑