计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

376

eV
积分
387

Level 3 能力者

16#
发表于 Post on 2024-2-19 14:14:49 | 只看该作者 Only view this author
Extract atomic charges from formatted .tpr file
Version 1.1, release date: 2020-Jan-3
Programmed by Sobereva (sobereva@sina.com)

Number of molecules:         2
Maximum number of atoms in a molecule:        15
Number of molecular type:         2
Number of atoms in molecular type    0:   15
Number of atoms in molecular type    1:21960
free(): invalid pointer
已放弃 (核心已转储)
各位老师,使用gmxoutchg1.1版本出现了这个报错,请问是什么原因呢?我是GROMACS version:    2022.6
这个报错是意味着不适用吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-19 14:39:26 | 只看该作者 Only view this author
mtlin 发表于 2024-2-19 14:14
Extract atomic charges from formatted .tpr file
Version 1.1, release date: 2020-Jan-3
Programme ...

建议用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html提供的读取tpr的插件,更方便,直接载入tpr就有原子电荷信息了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

11

帖子

0

威望

376

eV
积分
387

Level 3 能力者

18#
发表于 Post on 2024-2-19 14:47:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-19 14:39
建议用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html提供的读取tpr的插件,更方便,直接载入tpr就有原子 ...

老师,在linux系统上除了您开发的这个gmxoutchg,还有别的方法吗?

3

帖子

0

威望

55

eV
积分
58

Level 2 能力者

19#
发表于 Post on 2024-5-7 15:00:43 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2022-8-29 20:11
十分感谢您的指点!我试下!

请问有解决吗? txt的格式也是UTF-8,赋值代码也加了,但是一运行就发生闪退的现象

1

帖子

0

威望

29

eV
积分
30

Level 2 能力者

20#
发表于 Post on 2025-4-24 11:08:17 | 只看该作者 Only view this author
may123456 发表于 2024-5-7 15:00
请问有解决吗? txt的格式也是UTF-8,赋值代码也加了,但是一运行就发生闪退的现象

我也还是不行,请问有解决嘛

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 10:28 , Processed in 0.214784 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list