使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-10-13 18:47:20

sobereva 发表于 2019-9-28 13:51
今日molclus发布了1.8.9版，更新内容如下

• 更新了isostat。改进在于将某isomer纳入已有的簇的时 ...

老师，在用molclus1.8.9时xtb优化构象，出现报错，这个是怎么回事？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-15 01:22:35

欢乐多发表于 2019-10-13 18:47
老师，在用molclus1.8.9时xtb优化构象，出现报错，这个是怎么回事？

如果你让molclus备份了xtb的输出文件，打开输出就可以看到因为什么报错
这是xtb程序自身报错，没有输出文件也不好猜，可能比如难收敛或者bug之类的
一大批结构里就个别出错没关系，无视即可

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-10-22 07:53:32

sobereva 发表于 2019-10-1 07:40
1 用xtb就没必要用MOPAC了。优化也应当用xtb，因为GFN-xTB比MOPAC支持的所有半经验方法都更可靠
2、3 应 ...

老师，您好！按照您的建议进行如下调整，操作：
（1）gentor构象搜索，xtb分子动力学优化，
（2）gaussian在# B3LYP/6-311G* opt=maxcyc=40 scrf(SMD,solvent=methanol) nosymm em=GD3BJ 进行优化前15个构象；
（3）选出的前10个在# B3LYP/6-311G* freq scrf(SMD,solvent=methanol) nosymm em=GD3BJ 方法进行振动分析；
（4）选出的前10个用ORCA在“! RI-PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX gridx4 grid4 tightscf noautostart nopop“进行单点能计算；按照帖子http://sobereva.com/327，用gaussian分别在# M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=methanol)和# M052X/6-31G* 算溶解自由能；按照帖子http://sobereva.com/165计算波尔兹曼分布；
（5）选出波尔兹曼分布5%以上的构象，用ORCA在“! PBE0 def2-TZVP(-f) def2/J RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF miniprint noautostart nopop %maxcore 5000 %pal nprocs 12 end %cpcm smd true SMDsolvent"methanol" end %tddft nroots 50 TDA false end”条件下进行振子强度计算，获得各构象ECD光谱计算，按照http://sobereva.com/383帖子获得权重ECD图谱。
按照这个方法分别对一对对映异构体进行计算，得到的ECD图谱不呈很好的镜像关系，我看很多文献，计算的对映异构体体的ECD都是呈镜像关系，这个是哪的问题？
老师，您看泛函及基组选择是否合理，有没有需要调整的地方？
对映异构体结构在附件中。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-23 03:40:33

欢乐多发表于 2019-10-22 07:53
老师，您好！按照您的建议进行如下调整，操作：
（1）gentor构象搜索，xtb分子动力学优化， ...

这镜像关系已经算不错了。

两个异构体的构象权重分布都不一样，肯定不可能完全对称

如果你考察的两个对映异构体的结构就是简单的呈镜像的关系，没有必要分别做构象搜索，因为构象分布肯定是相同的，直接把对一个异构体的图反转一下就行了。

李海波 · 发表于 Post on 2019-10-25 23:19:00

请问老师，如果涉及到键的形成和断裂，是不是就没这么简单了

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-26 04:13:52

李海波发表于 2019-10-25 23:19
请问老师，如果涉及到键的形成和断裂，是不是就没这么简单了

我不清楚你说的具体情况

李海波 · 发表于 Post on 2019-10-26 10:24:04

sobereva 发表于 2019-10-26 04:13
我不清楚你说的具体情况

F:\1.png老师，我是想问问就是类似形成图1中这种结构，即探讨Fe和晕苯结合的构型，二者之间可能成键也可能不成键；或者像图2探讨两个晕苯自由基和一个Fe结合的可能构型。这样的情况下，能不能像搜索团簇的构象时那样，不用分子动力学

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-27 01:12:48

李海波发表于 2019-10-26 10:24
老师，我是想问问就是类似形成图1中这种结构，即探讨Fe和晕苯结合的构型，二者之间可能成键也可能不成键 ...

可以
genmer生成初始结构，然后molclus+xtb一搞，很容易

李海波 · 发表于 Post on 2019-10-27 09:59:18

sobereva 发表于 2019-10-27 01:12
可以
genmer生成初始结构，然后molclus+xtb一搞，很容易

知道了，谢谢老师

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-10-28 20:22:05

本帖最后由欢乐多于 2019-10-28 22:36 编辑

sobereva 发表于 2019-10-23 03:40
这镜像关系已经算不错了。

两个异构体的构象权重分布都不一样，肯定不可能完全对称

老师，麻黄素用gromacs做动力学模拟，system.top文件怎么输入？"用《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》（http://sobereva.com/266）提到的acpype基于antechamber产生GROMACS格式的GAFF全原子力场拓扑文件"
得到好几个文件（图2），怎么操作？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-29 08:00:41

欢乐多发表于 2019-10-28 20:22
老师，麻黄素用gromacs做动力学模拟，system.top文件怎么输入？"用《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的 ...

别include gromos力场，用amber力场

把eph_GMX.itp引入.top里，并且把里面atomtypes字段的信息都合并到调用的amber力场中的ffnonbonded.itp的相应字段即可

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-5 09:27:19

molclus今日发布了1.9版，更新见
http://bbs.keinsci.com/thread-15268-1-1.html

同时更新了本帖

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2019-11-19 03:37:37

请问molclus能否会考虑支持一下简单并行？比如有1000个结构要跑，而1)使用的程序仅支持单核而机器有20核, 2)超算环境可以同时提交多个任务。这样在结构很多的时候方便很多。或者干脆分拆成两个程序，一个生成1000个输入文件让用户自行执行，另一个读取输出文件生成isomers.xyz。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-20 01:42:57

KiritsuguPapa 发表于 2019-11-19 03:37
请问molclus能否会考虑支持一下简单并行？比如有1000个结构要跑，而1)使用的程序仅支持单核而机器有20核, 2 ...

可以用xyz2QC拆分成每一帧对应一个的输入文件，手动分到不同机子上运行就行了。之后都运行完了再合并成isomers.xyz是下个版本要提供的QC2xyz的事

hmlyz · 发表于 Post on 2019-12-9 21:06:03

老师您好，我用win优化团簇觉得很慢想用Linux。可是按老师说的在Linux里打开终端输入./molclus后显示权限不够
然后输入chmod +x./molclus后有显示“+x./molclus后缺少操作数”请问怎么操作呢？（老师我不太熟悉Linux，只会使用Linux版gauss进行计算）

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