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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2025-7-2 17:15:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-8 09:28 编辑

另外还想请教老师一个问题,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
目前我还在学习您的分子动力学讲义,同时我也在想别的方法,因为我这个课题时间不太够了。我前两天通过查阅资料发现,原文中使用的是四丁基铵盐,阳离子部分是四丁基铵阳离子,阴离子部分则是ClO4-、PF6-、BF4-、NO3-。这种盐在高极性溶剂中可以全部解离,在氯仿这种低极性溶剂中只能部分解离,大部分都是以离子对形式存在的。离子对和自由离子之间存在一个解离平衡,而且这个解离平衡常数应该对于不同的阴离子都是不一样的。

我目前在论坛里面搜索了相关的内容,发现有一个帖子“使用Gaussian计算阴阳离子对的相互作用能与文献数据存在数量级的差别”(http://bbs.keinsci.com/thread-39212-1-1.html)里面提到了计算离子对结合能的方法。请问您觉得我能否通过这种方式,计算出四丁基铵阳离子和ClO4-、PF6-、BF4-、NO3-在氯仿溶液的结合能,或者对应的离子对在氯仿溶液中的解离常数。然后通过这个方法来定性解释,或者定量对我上面算出来的自由能进行一个校正呢?如果您觉得可以,请问您觉得应该怎么做呢?我想听听您的指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-3 04:55:46 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-2 17:15
另外还想请教老师一个问题,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互 ...

可以先把阴阳离子对的结合能算出来,转化为平衡常数,看是否能校正之前和实验不符的顺序。但也说不定阴阳离子对是一起结合到有机笼里的,这样的话算阴阳离子对解离平衡就没什么意义。我还是建议有可能的话跑一下动力学,了解一下实际是怎么和有机笼结合的。
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发表于 Post on 2025-7-3 09:37:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-3 04:55
可以先把阴阳离子对的结合能算出来,转化为平衡常数,看是否能校正之前和实验不符的顺序。但也说不定阴阳 ...

非常感谢老师的耐心指导,我昨天在本帖的534,535都请教了您问题。534楼的问题您可能没看到,是关于sobEDAw结果分析的问题,还想请您有时间帮我看一下,非常感谢您

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发表于 Post on 2025-7-4 16:33:35 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师一直以来的耐心指导,我还想请教您一个问题。这个问题我昨天本来在群里发了,但是感觉没说清楚,因此我后来在群里引用了那条消息说准备来论坛详细请教您一下。
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析,体系如图1显示。
如图2显示,我一共有8种离子和有机笼结合,这里面只有碘离子需要加赝势,剩下7种离子和有机笼(只含C、H、O、N)都不用加赝势。我之前优化剩下7种离子和有机笼复合物的时候用的级别都是B3LYP-D3/6-31G**(其中带负电荷的原子加了弥散),算单点的时候用的级别是您讲义中推荐的M062X-D3/6-311+G(2d,p)。
但是如图2显示,我这里面有一种阴离子是碘离子,需要加赝势。我之前请教了您,您指导我给碘优化和算单点都使用ma-def2-TZVP。于是我后来在优化有机笼--碘的复合物的时候,复合物中只给碘离子换成了ma-def2-TZVP基组,而有机笼部分优化和单点保持之前的6-31G**和6-311+G(2d,p)级别。
但是现在我意识到一个问题,因为我最后进行弱相互作用分析的时候要横向对比这8种阴离子和有机笼形成的复合物,但是因为用的基组不是完全一样的,我担心现在我做横向对比发文章的时候是否会被审稿人质疑呢?
我的这个弱相互作用的分析是按照您的波函数分析文章模板来做的,主要包括量化计算(算结合能和溶液中的结合自由能)、波函数分析(AIM分析、静电势分析、范德华势分析、CVB指数分析、弱相互作用可视化分析、sobEDA能量分解分析),我个人觉得后面波函数分析的部分应该基本不会受影响,因为6-311+G(2d,p)和ma-def2-TZVP都是带了弥散函数的3-zeta基组。至于前面的量化计算,我把用ma-def2-TZVP算出来的碘-有机笼复合物中的结合能、结合自由能和另外7种离子-有机笼复合物算出来的结合能、结合自由能做了对比,感觉算出来的结果差别其实也并不大。
因为之前做过构象搜素,导致我每一种离子-有机笼的复合物都有6-8种构象,8种离子-有机笼复合物就有50多个构象。我现在时间不够,并且我们计算资源也不太够,因此我感觉这50个构象全部重做一遍优化和振动分析肯定来不及了,我打算如果重做,就把单点重新算一遍。目前我算单点有两种待选方法,我不知道要选哪一种?
(1)把另外7种离子-有机笼的复合物中阴离子部分的基组换成ma-def2-TZVP,而有机笼部分仍然用6-311+G(2d,p)。因为我之前计算碘-有机笼复合物的单点的时候就是这样设置基组的,但是这样发文章的时候会不会让审稿人觉得奇怪呢?因为基组使用了混合基组,对体系中不同部分分别进行了设置
(2)把8种阴离子-有机笼的复合物中离子和有机笼部分全部设置成ma-def2-TZVP基组,这样似乎看起来更合理一些。但是我根据您讲义上的基组耗时大概做了估算,感觉ma-def2-TZVP的耗时比6-311+G(2d,p)高了至少一倍。因为我计算资源不太够,因此这样做时间成本要高很多
我想请教您以下几个问题
1. 请问您觉得我之前的基组设置是否合理呢?(即只有碘离子-有机笼复合物中的碘离子用了ma-def2-TZVP基组,其他离子和有机笼的复合物仍然用6-311+G(2d,p))
2. 如果您觉得不合理,请问您觉得我提出后面两种待选解决方法哪一种更合适呢?或者您有更好的解决方法推荐吗?
3. 我使用您开发的sobEDAw给除了碘离子以外的阴离子-有机笼复合物弱相互作用做能量分解的时候,用的级别是B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)。当我对碘离子-有机笼复合物进行能量分解的时候,我看您sobEDAw似乎没有拟合ma-def2-TZVP的参数,那我这种情况是直接使用def2-TZVP即可?请问您觉得不会有问题吧?
    4.如第3个问题叙述,我另外7种阴离子-有机笼复合物做sobEDAw能量分解用的是6-311+G(2d,p),而碘离子-有机笼复合物做能量分解我准备用def2-TZVP。我最后准备参考您的文章,把这8种离子-有机笼的复合物的能量分解结果中静电作用、色散作用占各自体系总吸引作用的比例来进行讨论。我应该不会直接对比能量的大小。请问您觉得我做能量分解的时候需要把8种阴离子-有机笼复合物的基组全部统一成def2-TZVP吗?还是像我前面那样分别用6-311+G(2d,p)和def2-TZVP即可呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-5 10:23:58 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-4 16:33
非常感谢老师一直以来的耐心指导,我还想请教您一个问题。这个问题我昨天本来在群里发了,但是感觉没说清楚 ...

不用担心基组不同的事,不需要重算。另外,opt freq目的I用ma-def2-SVP就够了,没必要非得明显更贵的ma-def2-TZVP。

sobEDAw时可以在B3LYP-D3(BJ)/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别下做,如sobEDA原文表1所示,有相应级别的参数。用这个级别精度好,能照顾所有元素,耗时也不很高。
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发表于 Post on 2025-7-7 19:54:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-7 20:15 编辑
sobereva 发表于 2025-7-5 10:23
不用担心基组不同的事,不需要重算。另外,opt freq目的I用ma-def2-SVP就够了,没必要非得明显更贵的ma-d ...

老师,之前我在这个帖子里请教您的一些问题,我担心个人隐私泄露,因此把请教的问题进行了编辑,删去了一些内容。我担心您误会,因此专门跟您说一下。如果违反了论坛的规定,还望您能提醒我一下。

非常感谢老师一直以来对我的耐心指导,我准备就按照您的建议,把碘离子-有机笼的这个复合物,在B3LYP-D3(BJ)/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别下做能量分解。

另外我还想请教一下您,是不是我用您的sobEDAw能量分解,用于对比的不同体系的基组也可以不同呢?就如我上次在本帖528楼请教您的,我另外7种离子(均为前四周期元素)和有机笼(C、H、O、N)的复合物之前进行sobEDAw计算都是用的B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)级别,用于进行对比的小分子体系(比如甲烷二聚体,水分子二聚体)我之前进行sobEDAw计算用的也是B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)级别。也就是说我只有碘离子-有机笼复合物现在进行sobEDAw计算用的是和上面都不一样的B3LYP-D3(BJ)/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别,请问这样也没有问题是吧?sobEDAw能量分解的结果仍然可以互相对照讨论?


另外还想请教一下,因为ma-def2-TZVP(-f) 这个基组平常用高斯计算的时候需要用您提供的外部文件,请问在sobEDAw里面怎么写基组关键词呢?我看您帖子里面也没有提到。请问是在template.gjf文件中[geometry]和-5 5 中间空出一行来引用外部基组文件吗?然后在前面写成gen?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 02:52:02 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-7 19:54
老师,之前我在这个帖子里请教您的一些问题,我担心个人隐私泄露,因此把请教的问题进行了编辑,删去了一 ...

如果横向对比结果,每个计算用的基组定义需要统一,否则说不清楚结果差异是计算级别的差异还是体系本身的差异

是。参考sobEDA教程文档里用genecp的例子
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发表于 Post on 2025-7-9 16:50:27 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师一直以来给我的耐心指导,我还想请教一下您。
我发现您近两次给我的指导不一样,我在本帖538楼请教过您基组混用的问题,您在539楼指导我不用担心基组不同的事情,不用重算。但是我在本帖540楼请教您sobEDAw混用基组的时候,您指导我说对结果进行横向对比的时候,每个计算用的基组需要统一,否则说不清楚结果差异是计算级别的差异还是体系本身的差异。
因为您两次给我的指导不一样,所以我现在非常迷茫不知道该怎么做,重头算一遍的成本太高了。因此我打算重新说一下我的情况,还请您帮我看一下。
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析,如图1显示,我一共有8种离子和有机笼结合形成复合物,这里面只有碘离子需要用赝势基组,剩下7种离子和有机笼本体(只含C、H、O、N)都不需要用赝势基组。我之前优化剩下7种离子和有机笼复合物的时候用的级别都是B3LYP-D3/6-31G**(其中带负电荷的原子加了弥散),算单点的时候用的级别是M062X-D3/6-311+G(2d,p)。
但是碘和有机笼形成的复合物,我需要给碘用赝势基组。我给碘和有机笼的复合物做几何优化和算单点能都没有换泛函,和上面7种复合物体系唯一的区别就是给碘换成了赝势基组,具体情况如下
有机笼部分(计算级别和上面7个体系完全一样):优化B3LYP-D3/6-31G**,单点M062X-D3/6-311+G(2d,p)
碘离子部分(泛函一样,基组换成了赝势基组):优化B3LYP-D3/ma-def2-TZVP,单点M062X-D3/ma-def2-TZVP
我文章的分析部分包括量化计算(算8个体系结合能和溶液中的结合自由能并放在一张表里)、波函数分析(AIM分析、静电势分析、范德华势分析、CVB指数分析、弱相互作用可视化分析),我个人觉得后面波函数分析的部分应该基本不会受影响。至于前面的量化计算,我把用ma-def2-TZVP算出来的碘-有机笼复合物中的结合能、结合自由能和另外7种离子-有机笼复合物算出来的结合能、结合自由能做了对比,感觉算出来的结果差别其实也并不大。
后续的sobEDAw能量分解,另外7种离子-有机笼复合物体系我用的计算级别是B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)w.CB,碘离子-有机笼用的级别是B3LYP-D3/ma-def2-TZVP(-f) w.CB。
我想请问一下您,我目前这样的基组设置有问题吗?因为您两次给我的指导不一样,您第一次说没有问题不需要重算,但是您第二次又说基组要统一才能横向对比。我目前准备把这个课题发一篇低档次的文章,比如MDPI旗下的molecule。您觉得对于这些低档次的文章,我这个基组设置会有问题吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 23:17:26 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-9 16:50
非常感谢老师一直以来给我的耐心指导,我还想请教一下您。我发现您近两次给我的指导不一样,我在本帖538楼 ...

做sobEDAw的时候,显然不能不同体系用的基组不同。全都用ma-def2-TZVP(-f) w.CB做就完了。

前面你自己算单点时候那么算显然没问题,其它有机笼又没有碘,且所有体系里除了碘以外的基组都是统一的。

molecules也不算多低档。取决于遇到的审稿人,中的难度未必比投JPCA小。投CTC、JMM比投molecules极大概率更容易中
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发表于 Post on 2025-7-10 19:30:32 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师耐心的指导,我懂您的意思了,太感激您了。
我还想请教一下您, 我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。体系的示意图如图1显示。
我之前在本帖的523楼请教过您,当时我说我那个氢键的IGMH分析等值面也是绿色的,和范德华作用类似,如图2显示。您当时是建议我做EDA-FF能量分解,来直观的展示静电作用,并作图展现各个原子对分子间静电作用的贡献。我后来就准备用能量分解的结果来区分我这种弱氢键和范德华作用。
我现在使用您开发的sobEDAw能量分解方法对酸根和有机笼之间的非常规氢键进行分析,并参考您2019年的那篇氢键文章,对一些典型的中等强度氢键体系(如HF-H2O二聚体)和典型的范德华作用体系(如两个甲烷分子形成的二聚体)也进行了sobEDAw能量分解分析。并且对一些带电荷的小分子氢键体系,如强氢键体系(如H3O+-H2O),中等强度氢键体系(如NH3-OH-)也进行了能量分解,并试图和我这个体系进行对比。
我看您2019年那篇氢键文章中提到“强度很低的氢键主要是通过静电吸引和色散吸引效果一起维持的。而中等强度氢键,比如水二聚体,静电吸引作用占绝对主导,而色散吸引和诱导作用一起起到辅助效果。”我发现我这个体系中有机笼和四种酸根(高氯酸根、硝酸根、BF4-、PF6-)形成的C-H...X氢键,其静电作用和色散作用的比值(表1的最后一列)刚好处在H2O-HF二聚体和甲烷二聚体之间,这一点可以说明我体系中的C-H...X氢键是一种较弱的氢键。
但是我发现我这个体系中有机笼和三种卤素离子(氟、氯、溴,碘还没计算好)形成的C-H...X氢键,其静电作用和色散作用的比值(表1的最后一列)和酸根的比值有差异,而且氟离子的差异最大。并且我发现氯、溴、碘离子做完几何优化以后都可以待在有机笼的中心,而氟离子则是跑到有机笼内壁上了(根据IGMH分析,如图3显示,可能是因为氟离子半径小,在笼子中心无法形成氢键,只有在有机笼的内壁上才能形成氢键)。
并且我还发现随着氟、氯、溴离子半径增大,对应的范德华吸引作用和总吸引作用(静电+色散+轨道)的比值也在变大(如表1显示)。我觉得可能是因为色散作用随着距离的衰减要快于静电作用,所以离子变小色散作用的占比也就变小,离子变大色散作用的占比也就逐渐变大了。
后来我想到因为我这种氢键是带了电荷的氢键,于是我就选了您2019年那篇氢键文章中的几个带电荷氢键的例子(表二中的H3O+-H2O、HF-F-、NH3-OH-、NH4+-HF),分别计算了其静电吸引和范德华作用的比值(表2的最后一列),但是发现也无法和我这个体系做对照,这些比值都明显大于我的那个体系(表1的最后一列)。
现在我不清楚这种情况应该怎么样分析,从表1最后一列的比值来看,氯、溴的静电作用和色散作用的比值和4种酸根还算接近,(目前还没有算出来的碘离子能量分解情况应该和溴类似),但是氟离子这个比值和酸根差的就太多了。请问我在文章中对能量分析结果进行讨论的时候是要把氟和其他的7种离子分开讨论吗?我想请您给我一些指导。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-11 02:19:36 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-10 19:30
非常感谢老师耐心的指导,我懂您的意思了,太感激您了。我还想请教一下您, 我目前在进行氯仿溶液中150个原 ...

同一族元素,周期表越靠后,极化率越大、色散系数越大,和另外同种分子形成的色散作用明显越强。F-的色散作用注定明显比不上更后周期的卤素。而和那些多原子的酸根比,F-就一个原子,肯定色散作用也比不上它们
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发表于 Post on 2025-7-11 16:01:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-11 16:18 编辑

非常感谢老师一直以来给我的耐心指导,关于昨天这个能量分解的问题,我还想请教一下您。
根据表1、表2的能量分解结果,我感觉我这个体系的氢键肯定是可以和范德华作用区分开的(我昨天在本帖的535楼提到IGMH分析结果和范德华作用颜色相近无法区分)。因为我这个氢键体系ΔE_els/ΔE_disp的值(表1的最后一列)明显和典型的范德华作用(比如甲烷二聚体的值为0.198)不一样。
我看您2019年那篇氢键文章中提到“强度很低的氢键主要是通过静电吸引和色散吸引效果一起维持的。而中等强度氢键,比如水二聚体,静电吸引作用占绝对主导,而色散吸引和诱导作用一起起到辅助效果。”
我发现我这个体系中有机笼和四种酸根(高氯酸根、硝酸根、BF4-、PF6-)形成的C-H...X氢键,其ΔE_els/ΔE_disp的值都在1-2之间(表1的最后一列),刚好处在H2O-HF二聚体(4.195)和甲烷二聚体(0.198)之间(表2的最后一列)。有机笼和三种卤素离子(Cl、Br、I)形成的C-H...X氢键,其ΔE_els/ΔE_disp的值都在2-3之间(表1的最后一列),也处在H2O-HF二聚体和甲烷二聚体之间(表2的最后一列)。
只有氟离子和有机笼形成的氢键ΔE_els/ΔE_disp的值,偏离了以上7种离子C-H...X氢键氢键的数值范围。但是按照您昨天给我的那个指导,我觉得我可以把您的那个原理解释写进我的文章里,来解释为什么氟偏离了范围。
我想请教您以下问题
1. 我能否引用您2019年的那篇氢键文章,给我的这个氢键体系下一个定义呢?从ΔE_els/ΔE_disp值的大小,来说明我这种非常规氢键是一种比常规氢键(比如H2O-HF二聚体)要弱的氢键?然后再强调氟离子因为半径太小,是一个特例?
2. 我发现三种卤素离子(Cl、Br、I)的氢键ΔE_els/ΔE_disp的值在2-3之间,而四种酸根(高氯酸根、硝酸根、BF4-、PF6-)的氢键ΔE_els/ΔE_disp的值在1-2之间。虽然都在H2O-HF二聚体(4.195)和甲烷二聚体(0.198)之间,但是酸根和卤素离子的ΔE_els/ΔE_disp值的范围还是有一些差别,您觉得我可以把它们归为一类进行讨论吗?
3.我看您在sobEDA的帖子里面提到“SAPT在分子间弱相互作用的能量分解方面特别流行,而且很多文章都用SAPT给出的ΔE_disp和静电作用项ΔE_els的比值来对相互作用体系进行分类,说谁是静电主导、谁是色散主导、谁是混合型作用,比如非常知名的S66弱相互作用测试集的原文里就是这样做的”。根据表1和表2显示,我觉得我这个体系的非常规氢键应该是混合型作用?因为色散作用的贡献比典型的H2O-HF二聚体中的氢键要高不少。
4.请问您觉得我可以参考您的哪些文章来对这个能量分解的结果进行讨论呢?上面这些只是我提出的一些不太成熟的想法,我感觉我目前还是不太懂怎么来讨论

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-14 05:16:15 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-11 16:01
非常感谢老师一直以来给我的耐心指导,关于昨天这个能量分解的问题,我还想请教一下您。根据表1、表2的能量 ...

1 C-H是非常弱的氢键给体,C-H...X氢键必定很弱

2 卤素阴离子的情况负电荷只集中分布在一个原子上,比起负电荷分散在多个原子上的酸根来说显然是更强的氢键受体,必然前者的氢键更强、静电成份对吸引作用贡献比率更大。

3 你的体系不算多么非常规。对于极化率较大的诸如I-作受体,显然色散作用比例会相对较大。建议看下文,了解什么因素影响色散贡献
使用Multiwfn计算原子的C6色散系数
http://sobereva.com/709http://bbs.keinsci.com/thread-45686-1-1.html
使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
http://sobereva.com/705http://bbs.keinsci.com/thread-44723-1-1.html

4 搞清楚氢键的本质特征,自然就知道怎么讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-7-17 12:04:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-18 15:04 编辑

“老师您好,我这个帖子是能量分解的问题,本来应该发到sobEDA帖子下面的,但是因为您之前给我的指导还有我相关的提问都在这个帖子下面,因此我就打算在这个帖子下面请教您,如果有违反规则还请您跟我说一声,我重新去发帖”
想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系(ClO4-、BF4-、PF6-、NO3-、F-、Cl-、Br-、I-)的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。体系的示意图如图1显示。
之前您推荐我使用B3LYP/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别来给我这个体系做能量分解,我目前用这个级别对除了碘离子以外的7种阴离子和有机笼的复合物进行能量分解,发现都可以成功计算得出结果。但是对于碘离子和有机笼的复合物进行能量分解却失败了。
相关的输入输出文件我全部上传了,我这两天请我师兄帮我看了一下,貌似是第二步计算fragment2.gjf的时候出现了问题,fragment2.out里面显示No f atoms found in this molecule.但是我这个体系是没有氟原子的。我师兄花了一些时间逐个看了您sobEDA.sh里面的代码,逐个去分析,最后发现好像是因为第二步计算的时候碘是虚原子,而产生的输入文件fragment2.gjf中默认给碘这个虚原子也加了赝势,然后我师兄去查了相关的手册,发现貌似不能给虚原子加赝势?
然后我手动构造了fragment2.gjf,把里面的赝势部分给删掉了。后来就可以运行了。但是前面两步我自己跑完了,无法使用sobEDA.sh单独跑后面两步。于是我师兄修改了sobEDA.sh的内容,只让脚本调用multiwfn来产生第三步的 promol.fch波函数和promol.gjf文件。然后让我自己手动把promol.gjf交到高斯上面去跑。然后后面还没有做的第四步我应该也是自己手动交到高斯去跑,然后最后使用sobEDA.sh调用multiwfn来读取高斯的四个输出文件,进而输出能量分解结果。
我想请教老师以下问题
1. 请问第二步失败是不是因为无法给虚原子加赝势呢?为什么会出现No f atoms found in this molecule这个报错呢?
2.  因为我有机笼-碘离子复合物体系无法直接用sobEDA.sh脚本来跑,总是失败(原因在上面提到了)。请问我这样把sobEDA.sh脚本的任务拆成很多个小任务,自己把这些小任务跑了,得到几个高斯输出文件。最后我再用sobEDA.sh调用multiwfn来读取高斯的输出文件,进而得到能量分解的输出结果,请问您觉得这样做没有问题吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-18 07:02:42 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-17 12:04
“老师您好,我这个帖子是能量分解的问题,本来应该发到sobEDA帖子下面的,但是因为您之前给我的指导还有我 ...

No f atoms found in this molecule应当是基组文件里定义了F,当前体系里又没有F所致
可以自己根据脚本内容手动做里面的每一步
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