“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

  [复制链接 Copy URL]

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

526#
发表于 Post on 2025-6-11 16:00:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-2 11:39 编辑

非常感谢老师的指导,我这周先按照您的指导去学习一下您分子动力学的讲义,然后再用于我这个体系。我目前还想请教您一个小问题
我个人能力不够,这一年来一直都是您和我师兄在帮助和指导我(这里真的很感谢您),我也不打算读博了,想着发一篇文章就按时毕业去找工作。因此我想请教一下,如果我时间不够做不完分子动力学的部分,我只做普通有机笼和高氯酸根在氯仿体系、加了亲水基团有机笼和高氯酸根在水体系的工作。把这两个体系分别运用您波函数分析文章模板中的量子化学计算、多种波函数分析手段、能量分解等方法。对每个体系中运用xtb+molclus进行构象搜索得出的6-8个构象逐一进行分析,您觉得如果这样写一篇文章能发到OA期刊,比如MDPI旗下的molecules上面吗?我看到molecules上面的一些弱相互作用分析文章,似乎也就只分析了两个体系,因此我想请教一下您的看法。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126179

管理员

公社社长

527#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-12 21:36:10 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-6-11 16:00
非常感谢老师的指导,我这周先按照您的指导去学习一下您分子动力学的讲义,然后再用于我这个体系。我目前还 ...

可以试试。很大程度取决于运气
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

528#
发表于 Post on 2025-6-16 18:29:24 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师的指导,我还想请教一下您
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
我的有机笼单体、有机笼和阴离子的复合物都是柔性体系,存在多个稳定构象。我参考您那个用molclus搜索瑞德西韦构象的例子,找到了有机笼单体、有机笼和BF4-、PF6-、NO3-、ClO4-结合后复合物的多个稳定构象。
目前我在搜索有机笼和碘离子结合后复合物的稳定构象,我搜索这些构象的时候跑从头算动力学的条件都是相同的,即xtb使用GFN0-xTB在350K下跑了300ps,得到了6000帧结构。然后再在GFN0-xTB下进行第一轮初步的优化,然后将去重的两个阈值都设置成0.5,对优化完的结构进行去重。
我之前无论是有机笼单体,还是有机笼和BF4-、PF6-、NO3-、ClO4-结合后的复合物,使用GFN0-xTB进行第一轮初步的优化并去重以后都能得到100多个结构。但是我把碘离子和有机笼的复合物使用GFN0-xTB进行第一轮初步的优化并去重以后却只剩下了39个结构,如下图显示。按理说我有机笼单体在同样的条件下去重都有100多个结构,笼子里面多了一个碘离子得到的结构数量肯定不会小于有机笼单体的结构数量的,但是我这里复合物的结构数量却比单体少了很多。
另外我发现,之前我用xtb使用GFN0-xTB在350K下跑有机笼和Cl-、BF4-离子的复合物时,不加限制势到了后期Cl-、BF4-离子就跑出笼子了。但是我用xtb使用GFN0-xTB在350K下跑有机笼和碘离子的复合物时,不加限制势碘离子也不会跑出去。我师兄说可能是因为碘离子比较重,所以就没有跑出去。
我想请教您以下问题
1.请问我这种情况正常吗?为什么有机笼和阴离子复合物的构象反而比有机笼单体的构象少呢?是因为碘离子太重的原因吗?
2.我只是为了进行构象搜索才跑的动力学,请问您觉得我这种情况得到的结构比较少,但是这些结构仍然可以用于后续的分析吧?(量化计算、弱相互作用波函数分析等等)
3.我想到碘离子这种第五周期的元素,用DFT的时候都要使用赝势来计算了,如果我使用GFN0-xTB来跑从头算动力学并进行结构优化,会不会太粗糙导致结构的误差很大呢?但是毕竟这只是一个构象搜索,得到的构象后续还要用DFT进行进一步的优化,您觉得应该没啥问题吧?

图片2025.6.16.png (168.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

图片2025.6.16.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126179

管理员

公社社长

529#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-17 07:25:16 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-6-16 18:29
非常感谢老师的指导,我还想请教一下您
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子 ...

1 正常。半径很大的碘离子可能起到了支撑有机笼结构的作用,使得其变化相对没那么随意

2 可以

3 描述精度和元素是第几周期没必然联系。而且对于粗糙的GFN0-xTB来说,本来描述I-与有机笼的非共价相互作用比起描述共价作用还相对更容易

没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

530#
发表于 Post on 2025-6-20 18:33:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-8 09:38 编辑

非常感谢老师的指导,我还想请教一下您
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。体系的示意图如图1显示。
(我计算所基于的实验原文是2023年JACS上的一篇以实验为主的文章,实验原文是先设计并合成了有机笼,然后通过NMR滴定实验发现有机笼对不同离子的捕获选择性不同,其中普通有机笼在氯仿中对高氯酸根的选择性最强,加了亲水侧链的有机笼在水中对六氟磷酸根的选择性最强。最后做了少量计算,原文中只分析了有机笼和高氯酸根之间的弱相互作用,没有分析有机笼和其他离子的弱相互作用。原文中有机笼的离子选择性如图2显示,其中C1allyl是可以在氯仿在溶解的有机笼,C1NH3Cl是加了亲水基团可以在水中溶解的有机笼。如图2显示原文中还给出了溶解过程的热力学量变化值,但是补充材料中也没有说明这些热力学量变化值是怎么计算的)
您当时建议我可以从计算的角度去分析有机笼对不同离子的选择性,然后再去用您multiwfn里面的那些弱相互作用分析方法去分析有机笼和阴离子之间的弱相互作用。(这里真的非常感谢您这一年来给我的帮助)

我想请教一下您以下问题
1. 您觉得我这篇文章目前还可以做什么分析呢?我本来还想按照您的文章模板从原子电荷的角度来讨论一下有机笼和阴离子的弱相互作用,但是如图1显示,有机笼的多个C-H和酸根阴离子的多个O同时有弱相互作用,情况比较复杂,这样来看似乎不太容易从原子电荷的角度来讨论弱相互作用。

2. 我今天在论坛发现您的帖子《使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径》,之前我还看到您《使用Multiwfn计算分子的动力学直径》。我能否参考这两篇文章,计算有机笼的空腔和阴离子的大小,从大小匹配的角度来讨论一下有机笼对不同阴离子的选择性吸附?但是我不确定您这两个帖子算的半径能否对照?


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126179

管理员

公社社长

531#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-22 06:06:26 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-6-20 18:33
非常感谢老师的指导,我还想请教一下您我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体 ...

你的有机笼是柔性的,阴离子进去之后笼的构象如果会发生改变的话,光靠单一有机笼构象讨论孔洞尺寸,并不合适。

讨论选择性,有三个角度
1 从静电作用角度来说,着重分析被吸附的不同阴离子和有机笼的静电势互补性,参考下文
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

2 从范德华作用角度来说,着重分析不同阴离子与有机笼的范德华势最负区域的重叠程度,参考下文的讨论例子,以及Multiwfn 2024年原文J. Chem. Phys., 161, 082503 (2024) DOI: 10.1063/5.0216272里的范德华势的例子
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html

3 从尺寸互补性角度来说,我还是建议跑跑分子动力学。看看有机笼的柔性程度、吸附造成的有机笼的变形情况,再进而考察是否阴离子尺寸的不同会影响结合。

如果觉得文章内容实在素材不够,我还是建议跑跑动力学,能讨论的东西多多了,也更有说服力,明显更容易发到更好的期刊上。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

532#
发表于 Post on 2025-6-25 17:36:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-6-25 17:45 编辑

非常感谢老师耐心的指导,我还想请教一下您
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。体系的示意图如图1显示。
我目前做了AIM拓扑分析、CVB指数分析、弱相互作用可视化分析(IGMH、IRI)来分析了有机笼和阴离子之间的弱相互作用,这些分析结果都表明有机笼和阴离子之间的弱相互作用是非常弱的C-H...X(X=O、F等)氢键。其中IGMH分析得出的结果如图2显示,等值面都为绿色,和范德华作用类似。
因为目前我这个体系的弱相互作用可视化分析结果和范德华作用类似,同时我看到您博文中提到“当分析一类新的弱相互作用体系的时候,要和已知的其他弱相互作用体系相互对照讨论”。我目前打算分别算一些经典的小分子的常规氢键体系,还有范德华作用体系,也进行AIM拓扑分析、CVB指数分析、弱相互作用可视化分析(IGMH、IRI),然后和我的这个有机笼-阴离子体系的弱相互作用分析结果进行对比讨论。
目前我常规氢键体系准备选两个水分子的氢键作用体系,范德华作用体系准备选两个甲烷分子的作用体系。
我想请教您如下问题
1. 我看到您讲义上提到了水分子和一氧化碳分子之间可以形成极弱的氢键,请问您觉得这个例子我也需要拿来对比吗?
2. 因为我目前不确定常规氢键、范德华作用体系到底要选择几个例子来计算,我上面只是分别给两个体系各选择了一个经典的小分子例子用来和我的有机笼-阴离子弱相互作用体系进行对比讨论,您觉得我这样可以吗?例子的数目是否充足?我想听听您的指导。
3. 如图2显示,因为我的有机笼-阴离子弱相互作用体系弱相互作用可视化分析结果和范德华作用非常相似,那请问我如何区别我这种非常规C-H...X(X=O、F等)氢键和范德华作用呢?能否说因为我这里有C-H键,所以就是氢键而不是范德华作用呢?
4. 请问我把范德华作用的例子和我的有机笼-阴离子作用体系进行对比分析的时候,因为范德华作用的例子无法做AIM分析和CVB指数分析,是不是只做弱相互作用可视化分析,然后进行对比讨论即可?
5. 因为我在您的博文和讲义上似乎没有找到如何对比讨论不同弱相互作用体系的例子,因此我这些对比讨论分析的方法可能也存在不少问题,我想请问您是否有关于不同弱相互作用体系的对比讨论方法的指导和建议?比如氢键的键角是否需要分析讨论呢?


图片2025.6.20.png (205.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

图片2025.6.20.png

图片2025.6.25.png (280.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

图片2025.6.25.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126179

管理员

公社社长

533#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-25 22:08:56 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-6-25 17:36
非常感谢老师耐心的指导,我还想请教一下您我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离 ...

1、2 没必要做这些对比。只专注当前感兴趣的体系就够了。

3 IGMH图没法展现跨空间的静电作用。有机笼即便和阴离子的静电吸引很显著,由于作用区域电子密度很低,所以仍然等值面是绿色的。要想直观展现静电作用,应该用EDA-FF,作图展现各个原子对分子间静电作用的贡献
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html

4 是。但是对于范德华作用主导的分析,还可以做下文的分析
使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
http://sobereva.com/705http://bbs.keinsci.com/thread-44723-1-1.html
虽然对于阴阳离子作用来说,范德华作用相对次要,但仍有讨论意义

5 那种文章太多了。量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/WFN)中的“弱相互作用的分析”一节里引了很多文献,其中很多都比较了类似的复合物的相互作用特征,都可以参考
如果氢键作用显著,氢键的几何特征自然可以分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

534#
发表于 Post on 2025-7-2 15:45:41 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师耐心的指导,我还想请教一下您
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。体系的示意图如图1显示。
我之前在本帖的523楼请教过您,当时我说我那个氢键的IGMH分析等值面也是绿色的,和范德华作用类似,如图2显示。并且我之前也在523楼贴了我那个体系的IGMH分析得到的图片。您当时是建议我做EDA-FF能量分解,来直观的展示静电作用,并作图展现各个原子对分子间静电作用的贡献。
我现在使用您开发的sobEDAw能量分解方法对酸根和有机笼之间的非常规氢键进行分析,并参考您2019年的那篇氢键文章,对典型的中等强度氢键体系(HF-H2O二聚体)和典型的范德华作用体系(两个甲烷分子形成的二聚体)也进行了sobEDAw能量分解分析。得到了如下的结果
(1) HF-H2O之间为典型的中等强度氢键,它是静电相互作用所主导的,ΔE_els占总吸引作用的53.87%,ΔE_orb占33.29%,ΔE_disp占12.84%
(2) CH4二聚体之间为典型的范德华作用,它是色散相互作用所主导的,ΔE_disp占总吸引作用的82.32%,ΔE_els占16.3%,ΔE_orb占5.19%
(3) 对于有机笼和高氯酸根之间的弱相互作用,ΔE_els占总吸引作用的45.76%, ΔE_disp占总吸引作用的31.5%,ΔE_orb占总吸引作用的22.74%。可以看到静电作用和色散作用占的比例刚好处于中等强度氢键和范德华作用之间。
我看到您2019年那篇氢键文章中提到“强度很低的氢键主要是通过静电吸引和色散吸引效果一起维持的。而中等强度氢键,比如水二聚体,静电吸引作用占绝对主导,而色散吸引和诱导作用一起起到辅助效果。”
我想请教您以下问题
1. 请问我做了更精确的sobEDAw能量分解,是不是可以不做EDA-FF能量分解了?
2. 我在文章中给我这个非常规氢键下定义的时候,能否引用您2019年的那篇氢键文章?根据您这篇文章的观点,我这个体系中的非常规氢键似乎比一般中等强度氢键要弱,因为静电作用占的比例小于中等强度氢键,而色散作用占比明显高于中等强度氢键。我能否根据以上观点说我这种非常规氢键是一种弱氢键呢?
3. 如上所述,上次我在本帖的523楼请教您,说我通过IGMH分析无法区别我这种弱氢键和范德华作用。您本来说让我用EDA-FF能量分解来展示静电作用,请问您的意思是不是让我通过静电作用的占比来区分我这种弱氢键和范德华作用呢?
我现在通过sobEDAw能量分解,发现我这种弱氢键中色散作用不可忽略,但是静电作用(45.76%)占比仍高于色散作用(31.5%)。而典型的范德华作用中是色散作用(82.32%)占绝对主导。请问我能否根据这个理由来区分我这种弱氢键和范德华作用呢?

图片2025.6.20.png (205.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

图片2025.6.20.png

图片2025.6.25.png (280.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 51)

图片2025.6.25.png

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

535#
发表于 Post on 2025-7-2 17:15:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-8-22 17:37 编辑

另外还想请教老师一个问题,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
目前我还在学习您的分子动力学讲义,同时我也在想别的方法,因为我这个课题时间不太够了。我前两天通过查阅资料发现,原文中使用的是四丁基铵盐,阳离子部分是四丁基铵阳离子,阴离子部分则是ClO4-、PF6-、BF4-、NO3-。这种盐在高极性溶剂中可以全部解离,在氯仿这种低极性溶剂中只能部分解离,大部分都是以离子对形式存在的。离子对和自由离子之间存在一个解离平衡,而且这个解离平衡常数应该对于不同的阴离子都是不一样的。

我目前在论坛里面搜索了相关的内容,发现有一个帖子“使用Gaussian计算阴阳离子对的相互作用能与文献数据存在数量级的差别”(http://bbs.keinsci.com/thread-39212-1-1.html)里面提到了计算离子对结合能的方法。请问您觉得我能否通过这种方式,计算出四丁基铵阳离子和ClO4-、PF6-、BF4-、NO3-在氯仿溶液的结合能,或者对应的离子对在氯仿溶液中的解离常数。然后通过这个方法来定性解释,或者定量对我上面算出来的自由能进行一个校正呢?如果您觉得可以,请问您觉得应该怎么做呢?我想听听您的指导

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126179

管理员

公社社长

536#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-3 04:55:46 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-2 17:15
另外还想请教老师一个问题,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互 ...

可以先把阴阳离子对的结合能算出来,转化为平衡常数,看是否能校正之前和实验不符的顺序。但也说不定阴阳离子对是一起结合到有机笼里的,这样的话算阴阳离子对解离平衡就没什么意义。我还是建议有可能的话跑一下动力学,了解一下实际是怎么和有机笼结合的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

537#
发表于 Post on 2025-7-3 09:37:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-3 04:55
可以先把阴阳离子对的结合能算出来,转化为平衡常数,看是否能校正之前和实验不符的顺序。但也说不定阴阳 ...

非常感谢老师的耐心指导,我昨天在本帖的534,535都请教了您问题。534楼的问题您可能没看到,是关于sobEDAw结果分析的问题,还想请您有时间帮我看一下,非常感谢您

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

538#
发表于 Post on 2025-7-4 16:33:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-8-22 17:37 编辑

非常感谢老师一直以来的耐心指导,我还想请教您一个问题。这个问题我昨天本来在群里发了,但是感觉没说清楚,因此我后来在群里引用了那条消息说准备来论坛详细请教您一下。
我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析,体系如图1显示。
如图2显示,我一共有8种离子和有机笼结合,这里面只有碘离子需要加赝势,剩下7种离子和有机笼(只含C、H、O、N)都不用加赝势。我之前优化剩下7种离子和有机笼复合物的时候用的级别都是B3LYP-D3/6-31G**(其中带负电荷的原子加了弥散),算单点的时候用的级别是您讲义中推荐的M062X-D3/6-311+G(2d,p)。
但是如图2显示,我这里面有一种阴离子是碘离子,需要加赝势。我之前请教了您,您指导我给碘优化和算单点都使用ma-def2-TZVP。于是我后来在优化有机笼--碘的复合物的时候,复合物中只给碘离子换成了ma-def2-TZVP基组,而有机笼部分优化和单点保持之前的6-31G**和6-311+G(2d,p)级别。
但是现在我意识到一个问题,因为我最后进行弱相互作用分析的时候要横向对比这8种阴离子和有机笼形成的复合物,但是因为用的基组不是完全一样的,我担心现在我做横向对比发文章的时候是否会被审稿人质疑呢?
我的这个弱相互作用的分析是按照您的波函数分析文章模板来做的,主要包括量化计算(算结合能和溶液中的结合自由能)、波函数分析(AIM分析、静电势分析、范德华势分析、CVB指数分析、弱相互作用可视化分析、sobEDA能量分解分析),我个人觉得后面波函数分析的部分应该基本不会受影响,因为6-311+G(2d,p)和ma-def2-TZVP都是带了弥散函数的3-zeta基组。至于前面的量化计算,我把用ma-def2-TZVP算出来的碘-有机笼复合物中的结合能、结合自由能和另外7种离子-有机笼复合物算出来的结合能、结合自由能做了对比,感觉算出来的结果差别其实也并不大。
因为之前做过构象搜素,导致我每一种离子-有机笼的复合物都有6-8种构象,8种离子-有机笼复合物就有50多个构象。我现在时间不够,并且我们计算资源也不太够,因此我感觉这50个构象全部重做一遍优化和振动分析肯定来不及了,我打算如果重做,就把单点重新算一遍。目前我算单点有两种待选方法,我不知道要选哪一种?
(1)把另外7种离子-有机笼的复合物中阴离子部分的基组换成ma-def2-TZVP,而有机笼部分仍然用6-311+G(2d,p)。因为我之前计算碘-有机笼复合物的单点的时候就是这样设置基组的,但是这样发文章的时候会不会让审稿人觉得奇怪呢?因为基组使用了混合基组,对体系中不同部分分别进行了设置
(2)把8种阴离子-有机笼的复合物中离子和有机笼部分全部设置成ma-def2-TZVP基组,这样似乎看起来更合理一些。但是我根据您讲义上的基组耗时大概做了估算,感觉ma-def2-TZVP的耗时比6-311+G(2d,p)高了至少一倍。因为我计算资源不太够,因此这样做时间成本要高很多
我想请教您以下几个问题
1. 请问您觉得我之前的基组设置是否合理呢?(即只有碘离子-有机笼复合物中的碘离子用了ma-def2-TZVP基组,其他离子和有机笼的复合物仍然用6-311+G(2d,p))
2. 如果您觉得不合理,请问您觉得我提出后面两种待选解决方法哪一种更合适呢?或者您有更好的解决方法推荐吗?
3. 我使用您开发的sobEDAw给除了碘离子以外的阴离子-有机笼复合物弱相互作用做能量分解的时候,用的级别是B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)。当我对碘离子-有机笼复合物进行能量分解的时候,我看您sobEDAw似乎没有拟合ma-def2-TZVP的参数,那我这种情况是直接使用def2-TZVP即可?请问您觉得不会有问题吧?
    4.如第3个问题叙述,我另外7种阴离子-有机笼复合物做sobEDAw能量分解用的是6-311+G(2d,p),而碘离子-有机笼复合物做能量分解我准备用def2-TZVP。我最后准备参考您的文章,把这8种离子-有机笼的复合物的能量分解结果中静电作用、色散作用占各自体系总吸引作用的比例来进行讨论。我应该不会直接对比能量的大小。请问您觉得我做能量分解的时候需要把8种阴离子-有机笼复合物的基组全部统一成def2-TZVP吗?还是像我前面那样分别用6-311+G(2d,p)和def2-TZVP即可呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126179

管理员

公社社长

539#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-5 10:23:58 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-7-4 16:33
非常感谢老师一直以来的耐心指导,我还想请教您一个问题。这个问题我昨天本来在群里发了,但是感觉没说清楚 ...

不用担心基组不同的事,不需要重算。另外,opt freq目的I用ma-def2-SVP就够了,没必要非得明显更贵的ma-def2-TZVP。

sobEDAw时可以在B3LYP-D3(BJ)/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别下做,如sobEDA原文表1所示,有相应级别的参数。用这个级别精度好,能照顾所有元素,耗时也不很高。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

567

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

540#
发表于 Post on 2025-7-7 19:54:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-7-7 20:15 编辑
sobereva 发表于 2025-7-5 10:23
不用担心基组不同的事,不需要重算。另外,opt freq目的I用ma-def2-SVP就够了,没必要非得明显更贵的ma-d ...

老师,之前我在这个帖子里请教您的一些问题,我担心个人隐私泄露,因此把请教的问题进行了编辑,删去了一些内容。我担心您误会,因此专门跟您说一下。如果违反了论坛的规定,还望您能提醒我一下。

非常感谢老师一直以来对我的耐心指导,我准备就按照您的建议,把碘离子-有机笼的这个复合物,在B3LYP-D3(BJ)/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别下做能量分解。

另外我还想请教一下您,是不是我用您的sobEDAw能量分解,用于对比的不同体系的基组也可以不同呢?就如我上次在本帖528楼请教您的,我另外7种离子(均为前四周期元素)和有机笼(C、H、O、N)的复合物之前进行sobEDAw计算都是用的B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)级别,用于进行对比的小分子体系(比如甲烷二聚体,水分子二聚体)我之前进行sobEDAw计算用的也是B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)级别。也就是说我只有碘离子-有机笼复合物现在进行sobEDAw计算用的是和上面都不一样的B3LYP-D3(BJ)/ma-def2-TZVP(-f) w.CB级别,请问这样也没有问题是吧?sobEDAw能量分解的结果仍然可以互相对照讨论?


另外还想请教一下,因为ma-def2-TZVP(-f) 这个基组平常用高斯计算的时候需要用您提供的外部文件,请问在sobEDAw里面怎么写基组关键词呢?我看您帖子里面也没有提到。请问是在template.gjf文件中[geometry]和-5 5 中间空出一行来引用外部基组文件吗?然后在前面写成gen?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-15 06:50 , Processed in 0.281770 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list