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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2024-9-29 20:05:53 | 只看该作者 Only view this author
请教下,我想计算质谱真空高温环境下,环糊精与一个药物分子结合后由于结合了一个阳离子,导致环糊精又结合了一个药物分子,形成很大的柔性体系,我怎么得到它们的能量最低构型,该体系主要是氢键。我用xtb跑动力学先得到了环糊精与一个药物的构型了,以及加合一个阳离子的构型,但是再加入药物分子,体系太大,有什么好的方法?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-30 01:32:12 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-9-29 20:05
请教下,我想计算质谱真空高温环境下,环糊精与一个药物分子结合后由于结合了一个阳离子,导致环糊精又结合 ...

药物分子有大有小,没有具体信息没法建议
小的药物分子即便加上了,动力学照样跑得动
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发表于 Post on 2024-10-1 12:15:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-30 01:32
药物分子有大有小,没有具体信息没法建议
小的药物分子即便加上了,动力学照样跑得动

XTb里面跑动力学原理与Ms里面利用Forcite模块进行动力学退火,NVE,NVT后跑动力学有差别吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-1 23:40:30 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-10-1 12:15
XTb里面跑动力学原理与Ms里面利用Forcite模块进行动力学退火,NVE,NVT后跑动力学有差别吗?

动力学运动方程都一样,牛顿运动方程
但计算受力的方法截然不同

“退火,NVE,NVT” 几乎所有动力学程序都能做
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发表于 Post on 2024-11-12 10:29:11 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我这边有一个有机化合物晶体,里面有若干个分子但是原子顺序不同,图省事想用isostat判断有几个几何结构不等价的分子并归簇,所以自己做了一个isomers.xyz文件,里面每帧是晶胞里的一个完整分子,能量是B3LYP/def2-SVP算的。最后isostat归簇结果是合理的,4个分子被分成了2组不等价的分子,每组2个。但是cluster.xyz里面第2个分子的几何结构完全不对,请问是这种情况不适合么?谢谢老师! mistake_files.zip (50.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2024-11-12 10:56:49 | 只看该作者 Only view this author
运行不出来 请问老师有没有视频类的资源

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-12 11:03:01 | 只看该作者 Only view this author
jyl2 发表于 2024-11-12 10:56
运行不出来 请问老师有没有视频类的资源

有问题具体问
帖子已经说得没法更清楚了
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snljty2 发表于 2024-11-12 10:29
老师好,我这边有一个有机化合物晶体,里面有若干个分子但是原子顺序不同,图省事想用isostat判断有几个几 ...

isostat读的原子名是来自于第一帧的,而坐标是相应各帧的,导致你的这种特殊情况下cluster.xyz里原子名和坐标顺序不一致
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sobereva 发表于 2024-11-12 11:34
isostat读的原子名是来自于第一帧的,而坐标是相应各帧的,导致你的这种特殊情况下cluster.xyz里原子名和 ...

谢谢老师,我手动找出这个簇所用的原先分子序号,将这个分子的原子名替换上去就可以了。请问老师未来程序会考虑支持我这种情况么?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-12 13:10:28 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-11-12 12:57
谢谢老师,我手动找出这个簇所用的原先分子序号,将这个分子的原子名替换上去就可以了。请问老师未来程序 ...

目前没打算考虑专门支持
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发表于 Post on 2024-11-14 09:43:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-12 13:10
目前没打算考虑专门支持

明白,谢谢老师!

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