使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-1 01:19:28

caoyx0612 发表于 2025-4-1 01:12
模仿分子构象搜索实例时遇到了问题：
按照步骤进行最后一步模拟时，显示
vlimit exceeded for step ...

帖子里说了，跑动力学对于molclus做构象搜索根本不是必须的。不熟悉做动力学就用gentor或confab方式产生traj.xyz
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html

caoyx0612 · 发表于 Post on 2025-4-1 09:56:55

本帖最后由 caoyx0612 于 2025-4-1 10:26 编辑

sobereva 发表于 2025-4-1 01:19
帖子里说了，跑动力学对于molclus做构象搜索根本不是必须的。不熟悉做动力学就用gentor或confab方式产生t ...

感谢sob老师的回复，
1.我看说明写到gentor对于环的体系有限制，我的分子中有一个四氢呋喃的手性环，所以先考虑用amber来模拟，现在改用gentor试试
2.尝试Confab时发现“obabel test.mol2 -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000”命令只能生成一个构象，我用的openbabel是3.1.1
3.使用gentor时，担心设置的旋转键和旋转角不合理，影响后续寻找能量最低结构

cxl-cxl · 发表于 Post on 2025-4-1 11:50:09

厉害厉害i

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-1 21:44:49

caoyx0612 发表于 2025-4-1 09:56
感谢sob老师的回复，
1.我看说明写到gentor对于环的体系有限制，我的分子中有一个四氢呋喃的手性环，所 ...

1 四氢呋喃这种环根本没有多构象问题，完全没有必要就因为这个而刻意用动力学方式产生traj.xyz

2 没具体体系结构没法说。没准本来就没有多构象

3 凭常识就能判断。拿具体结构说事

caoyx0612 · 发表于 Post on 2025-4-2 00:40:29

谢谢老师，按照分子构象搜索实例2的方法进行的研究：
第一步用gentor生成503个结构-优化后产生的cluster.xyz减少到302：
# 1 Count: 3  E= -109.360555 a.u.  DGmin= 0.20  DE= 0.00 kcal/mol
# 2 Count: 1  E= -109.360526 a.u.  DGmin= 0.20  DE= 0.02 kcal/mol
# 3 Count: 4  E= -109.360464 a.u.  DGmin= 0.19  DE= 0.06 kcal/mol
# 4 Count: 5  E= -109.360436 a.u.  DGmin= 0.22  DE= 0.07 kcal/mol
# 5 Count: 2  E= -109.360230 a.u.  DGmin= 0.24  DE= 0.20 kcal/mol
# 6 Count: 4  E= -109.360043 a.u.  DGmin= 0.24  DE= 0.32 kcal/mol
# 7 Count: 1  E= -109.359999 a.u.  DGmin= 0.27  DE= 0.35 kcal/mol
# 8 Count: 1  E= -109.358958 a.u.  DGmin= 0.22  DE= 1.00 kcal/mol
# 9 Count: 2  E= -109.358693 a.u.  DGmin= 0.21  DE= 1.17 kcal/mol
# 10 Count: 1  E= -109.358606 a.u.  DGmin= 0.21  DE= 1.22 kcal/mol
...略
#  298 Count: 2  E= -109.178700 a.u.  DGmin= 0.22  DE=  114.12 kcal/mol
#  299 Count: 1  E= -109.178665 a.u.  DGmin= 0.22  DE=  114.14 kcal/mol
#  300 Count: 1  E= -109.178655 a.u.  DGmin= 0.25  DE=  114.14 kcal/mol
#  301 Count: 2  E= -109.178078 a.u.  DGmin= 0.20  DE=  114.51 kcal/mol
#  302 Count: 3  E= -109.176316 a.u.  DGmin= 0.26  DE=  115.61 kcal/mol

问题出现在第二步：使用ORCA用B97-3c优化前15个结构时都出现下面的错误：

                     *** Configuration    1  ***
Current date: 2025-04-02 Time: 00:38:04
Loading geometry       1 from the inputted trajectory file
Generating orca.inp...
Running ORCA: "/root/autodl-tmp/orca_6_0_1/orca" orca.inp  > orca.out
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run

Error: Optimization did not converge! Therefore do not update initial geometry
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    1 s

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-2 03:41:40

caoyx0612 发表于 2025-4-2 00:40
谢谢老师，按照分子构象搜索实例2的方法进行的研究：
第一步用gentor生成503个结构-优化后产 ...

先手动用ORCA运行，确保ORCA能正常使用再说molclus调用的事
参看下文
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

peter123 · 发表于 Post on 2025-4-2 17:22:18

想请教一下老师，我目前在进行溶液中150个原子的有机分子笼和酸根阴离子体系的弱相互作用（C-H...O氢键）分析。我对有机笼做了振动分析，发现有40个低于100波数的低频，并且全都是有机笼的整体晃动和摆动。因此我感觉酸根和有机笼结合时，有机笼必然会发生整体的变形。我目前需要搜索酸根在有机笼空腔的结合位点，同时我也要搜索有机笼和酸根结合后最稳定的构象，我想通过xtb跑从头算动力学来一次达到这两个目的。我目前学习了您高级量化班和贴子里用xtb跑从头算动力学的相关教程，有几个设置想请教一下您。

1.我这里涉及到了氢键的形成（有机笼和酸根之间的C-H...O氢键），请问是不是不能约束与氢相关的键？
2.因为我的体系有150个原子，动力学的设置我准备参考您瑞德西韦的动力学例子，使用GFN0-xTB，温度设为400K，为了充分采样我打算将模拟的总时间设置成200ps。请问您觉得我这个设置有问题吗？
3.我想请教一下我这种涉及到氢键的形成和断裂的是否应该将步长设置成0.5fs？

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-2 17:33:02

peter123 发表于 2025-4-2 17:22
想请教一下老师，我目前在进行溶液中150个原子的有机分子笼和酸根阴离子体系的弱相互作用（C-H...O氢键）分 ...

1 无所谓，不是重点
2 实测试试，如果结构很不稳定，甚至酸根都跑飞了，也可以用更低温
3 不用。这跟化学键的断裂有天壤之别

peter123 · 发表于 Post on 2025-4-2 17:46:08

sobereva 发表于 2025-4-2 17:33
1 无所谓，不是重点
2 实测试试，如果结构很不稳定，甚至酸根都跑飞了，也可以用更低温
3 不用。这跟化 ...

感谢卢老师耐心的回复，我现在就去跑一下试试

caoyx0612 · 发表于 Post on 2025-4-2 20:35:41

sobereva 发表于 2025-4-2 03:41
先手动用ORCA运行，确保ORCA能正常使用再说molclus调用的事
参看下文
量子化学程序ORCA的安装方法

谢谢老师，手动运行orca时，测试文件仍然出现错误：
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 0 on node autodl-container-0c4b4cae70-aa64ddb9 exited on signal 7 (Bus error).
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run
我安装的是orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416.tar.xz，并且按照上面的说明安装了OpenMPI，版本是mpiexec (OpenRTE) 4.1.6

test.out前面看起来都正常，最后三行显示：
ORCA finished by error termination in Startup
Calling Command: mpirun -np 4  /root/autodl-tmp/orca_6_0_1/orca_startup_mpi test.int.tmp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-2 20:49:11

caoyx0612 发表于 2025-4-2 20:35
谢谢老师，手动运行orca时，测试文件仍然出现错误：
------------------------------------------------ ...

确保运行ORCA时输入了完整的路径。博文里说了这点

ysyysy · 发表于 Post on 2025-4-3 17:34:51

sob老师太牛啦~

caoyx0612 · 发表于 Post on 2025-4-5 23:09:23

sobereva 发表于 2025-4-2 20:49
确保运行ORCA时输入了完整的路径。博文里说了这点

谢谢sob老师，我是按照《量子化学程序ORCA的安装方法》使用完整路径：
(base) root@autodl-container-0c4b4cae70-aa64ddb9:~/autodl-tmp# which orca
/root/autodl-tmp/orca_6_0_1/orca
单独测试时出现下面的输出：
(base) root@autodl-container-0c4b4cae70-aa64ddb9:~/autodl-tmp# /root/autodl-tmp/orca_6_0_1/orca test.inp > test.out
--------------------------------------------------------------------------
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 0 on node autodl-container-0c4b4cae70-aa64ddb9 exited on signal 7 (Bus error).
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
.... aborting the run

peter123 · 发表于 Post on 2025-4-8 10:43:36

想请教一下老师，我目前在进行溶液中150个原子的有机分子笼和酸根阴离子体系的弱相互作用（C-H...O氢键）分析。我目前需要搜索酸根在有机笼空腔的结合位点，同时我也要搜索有机笼和酸根结合后最稳定的构象，我想通过xtb跑从头算动力学来一次达到这两个目的。我目前学习了您高级量化班和贴子里用xtb对瑞德西韦跑从头算动力学的相关教程，但是我发现那些例子里面都是不带电的中性体系。我看到您的讲义上也没有提到带电体系应该如何设置用xtb跑从头算动力学的输入文件。我想请教老师两个问题

（1）我的有机笼不带电，但是酸根带负电荷。当我用xtb在GFN0-xTB下给这个体系做做动力学模拟的时候，是否要设置体系所带的电荷呢？

（2）我目前计算了150个原子有机笼和酸根形成复合物时候的变形能，发现只有3.5KJ/mol。但是我的有机笼柔性很强，我感觉变形能应该不会这么小。我师兄说是当我把有机笼结构从复合物中抠出来单独优化时，它陷入了一个势能面上的极小点，无法跳出去。我目前准备将有机笼单独用xtb跑一次从头算动力学，找到有机笼单独存在时最稳定的构象，并计算它的单点能，然后再把它和复合物结构中的有机笼计算能量差，从而得到一个精确的变形能，请问您觉得我这样做可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-9 03:49:01

peter123 发表于 2025-4-8 10:43
想请教一下老师，我目前在进行溶液中150个原子的有机分子笼和酸根阴离子体系的弱相互作用（C-H...O氢键）分 ...

1 高级班里“DFTB、GFN系列方法与xtb程序的使用”那部分讲xtb使用的部分明确说了--chrg可以设置净电荷。实际情况该怎么设就怎么设，和Gaussian做计算一样

2 可以。注意GFN0-xTB做动力学可以，算变形能就太烂了，最起码也是用GFN2-xTB。另外，对很柔的体系，结构变化大不意味着能量变化也一定大。

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