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[波函数分析求助] 求助福井函数f+值和其等值面图相矛盾

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本帖最后由 moiraaa 于 2026-1-28 19:41 编辑

请问各位老师,之前拜读社长的文章,我计算的福井函数f+值和其等值面图相矛盾:
等值面图显示8,9,17,18,30,7,38,16,26,25,28,34,32,37是红色的区域,亲核反应比较强而数据则显示21,22比较好
不知道是我的操作哪里出了问题吗?


分子表面的f+的填色等值面图的操作:
N+1.fch
5 →1→2→2→然后手动把文件改名为N+1.cub→0→5→0→1→-,N+1.fch→1→2→2,得到f+.cub
然后在Gaussview中:
把N+1.cub拖到gview里
Results - Surfaces/Contours
Cube Actions - Load Cube,选f+.cub,选中第一个,把Density框里的数值改为0.01,Surface Actions - New Mapped Surface - OK

得到简缩福井函数数据的操作:
打开Multiwfn,载入我算的三个文件(用N结构优化后,再N+1,N-1计算单点能,再用Multiwfn的转换文件功能转换成wfn文件),22,2 Calculate various quantitative indices,得到如下



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发表于 Post on 2026-1-28 15:16:22 | 只看该作者 Only view this author
表格里那叫简缩福井函数不叫福井函数,认真看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction(https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7

gview里显示的是分子表面的f+的填色等值面图,不能叫等值面图,这和f+的等值面图完全是两码事。

若不给出色彩刻度,填色图则毫无意义。

另外,f+预测亲核反应位点本来就比较烂,准确度差,仔细看
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction(https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章(http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html

还不如用Multiwfn算Hirshfeld电荷、LEAE(下文)、双描述符等讨论
使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
http://sobereva.com/676http://bbs.keinsci.com/thread-38416-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-28 19:44:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiraaa 于 2026-1-28 20:28 编辑
sobereva 发表于 2026-1-28 15:16
表格里那叫简缩福井函数不叫福井函数,认真看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva. ...

谢谢社长的纠正,已经修改帖子。
色彩刻度是0.001和-0.001
因为同事要拼这张图,所以就算了那个简缩福井函数
社长,现在有两个问题想请教您:
1.有没有什么办法可以既满足他的要求,又能很准确?2.这个填色等值面图和简缩福井函数相矛盾,那两个预测的都是有问题的吗。我算的f0和f-的简缩福井函数和填色等值面不矛盾,这个应该是比较准确的吧




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发表于 Post on 2026-1-29 03:48:56 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2026-1-28 19:44
谢谢社长的纠正,已经修改帖子。
色彩刻度是0.001和-0.001
因为同事要拼这张图,所以就算了那个简缩福 ...

色彩刻度要体现颜色变化方式
图片放到文章里必须给出color bar

“拼这张图”语义不明
都已经说了不建议用f+
简缩福井函数总能和分子表面福井函数填色图(恰当选取电子密度等值面数值和色彩刻度范围的情况下)对应上。另外,福井函数等值面图比填色图更常用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-29 10:03:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-29 03:48
色彩刻度要体现颜色变化方式
图片放到文章里必须给出color bar

好的,社长,已经我会把色彩刻度也放在一张图里
下面是我选取的不同的色彩刻度的填色等值面图(isoval=0.01)
但是红色部分还是和简缩福井函数对应不上
请问社长,怎么恰当选取isoval和色彩刻度呢?
我已经将文件上传,麻烦社长有空时可以帮我看一下,不胜感激!!!
通过网盘分享的文件:新建文件夹
链接: https://pan.baidu.com/s/1Qe2ix9CHFtzgF9TtUe69IA 提取码: xiz5(“MB0”代表电荷为0的文件,MB为电荷为1,"MB2"代表电荷为2,N,N+1,N-1的电荷分别为1,0,2)



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发表于 Post on 2026-1-29 16:17:29 | 只看该作者 Only view this author
你先看Multiwfn直接显示的f+的等值面图,像下文那样,这最清楚直观。把f+等值面图的特征和简缩福井函数对上了,再去试图对照f+等值面图和分子表面f+填色图。
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html

当前你的格点数据看起来可能有问题。先确保能完整重复下文的福井函数填色图例子,避免细节弄错了
基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法
http://sobereva.com/402http://bbs.keinsci.com/thread-7756-1-1.html
我现在不方便检查你的文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-29 16:57:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-29 16:17
你先看Multiwfn直接显示的f+的等值面图,像下文那样,这最清楚直观。把f+等值面图的特征和简缩福井函数对上 ...

好的,谢谢社长,我先去做等值面图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-30 21:01:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-29 16:17
你先看Multiwfn直接显示的f+的等值面图,像下文那样,这最清楚直观。把f+等值面图的特征和简缩福井函数对上 ...

社长,我去做了f+的等值面图,基本上吻合简缩福井函数但是22N那里的蓝色很少,这个点不是很吻合,请问社长是什么原因呢?
我又重新做了一遍f+的填色等值面图,还是下面的操作,
得到的图也是这个(isoval=0.01)
通过网盘分享的文件:2
链接: https://pan.baidu.com/s/1UBxj2IOmBHjBD8sjuDMfpw?pwd=u62v 提取码: u62v

下面是我的文件
请您有空时可以帮我看一下,不胜感激!!!

202601302058139074..png (170.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2026-1-31 05:17:08 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2026-1-30 21:01
社长,我去做了f+的等值面图,基本上吻合简缩福井函数但是22N那里的蓝色很少,这个点不是很吻合,请问社 ...

N.fch和N+1.fch里的原子序号根本不一样,进入Multiwfn主功能0一看便知
先确保所有波函数文件里相同序号的原子的坐标都一样再说,否则结果都是错的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-31 10:11:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-31 05:17
N.fch和N+1.fch里的原子序号根本不一样,进入Multiwfn主功能0一看便知
先确保所有波函数文件里相同序号 ...

好的,社长,真的是一语道破梦中人,感谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-31 17:19:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiraaa 于 2026-1-31 17:43 编辑
sobereva 发表于 2026-1-31 05:17
N.fch和N+1.fch里的原子序号根本不一样,进入Multiwfn主功能0一看便知
先确保所有波函数文件里相同序号 ...

社长,想请教您几个问题:
1.是不是f+,f-,f0的填色等值面都要看蓝色越深的地方,反应活性越大?
2.在vmd中看f+,f-,f0是不是就是看绿色的部分,反应活性越大?
3.画f+的等值面图时,按照博文402的操作得到的第一个density.cub是不是N+1.cub?
4.画f+的填色等值面图时,是把N+1.cub拖到gview里,载入f+吗?
5.画f0的填色等值面,是不是N.cub拖到gview里,载入f0吗

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发表于 Post on 2026-2-1 00:39:01 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2026-1-31 17:19
社长,想请教您几个问题:
1.是不是f+,f-,f0的填色等值面都要看蓝色越深的地方,反应活性越大?
2.在vmd ...

1、2 每次提问都要描述完整、严谨,先说清楚绿色和蓝色是什么含义,哪个是正那个是负

3 你载入的是哪个态的fch文件,Multiwfn产生的电子密度cub文件就对应哪个态的电子密度

4、5 都用N态的电子密度格点数据定义电子密度的等值面
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-1 16:41:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-2-1 00:39
1、2 每次提问都要描述完整、严谨,先说清楚绿色和蓝色是什么含义,哪个是正那个是负

3 你载入的是哪 ...

谢谢社长的解答
1蓝色是正的,红色是负的
2绿色是正,蓝色是负

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发表于 Post on 2026-2-2 03:40:10 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2026-2-1 16:41
谢谢社长的解答
1蓝色是正的,红色是负的
2绿色是正,蓝色是负

某种福井函数越正的地方,暗示(但不一定真的准确)相应类型反应在此处发生的可能性越大。
也要注意局限性(不限于福井函数),参考量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/WFN)这页幻灯片我的总结:


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-2 09:49:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-2-2 03:40
某种福井函数越正的地方,暗示(但不一定真的准确)相应类型反应在此处发生的可能性越大。
也要注意局限 ...

好的,谢谢社长!!

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