怎么用rdf计算径向分布函数

zdy · 发表于 Post on 2017-12-7 11:43:51

哪位大神能举个计算径向分布函数的例子，用到哪些命令以及文件。感觉看了那个说明书还是不会计算这个径向分布函数，出不了图。跪求命令和例子。

平辉正 · 发表于 Post on 2017-12-7 12:09:37

先检查一下那个轨道的取向，在你选定的坐标轴方向上，该轨道是否是一个节点或者节面。应尽量避开节点和节面

diaok · 发表于 Post on 2017-12-7 13:07:26

gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e 2000
0) a
1) b
2) c
>
center group
>1
b selected
group
> 2
c selected
ctrl+D
一般就这么操作
这样就计算了b周围c的分布，从1ns开始，2ns结束
命令还有很多额外选项，质心，表面，归一化等等
index.ndx里面要有自己想考察的组

zdy · 发表于 Post on 2017-12-7 15:07:29

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

非常感谢哦

zdy · 发表于 Post on 2017-12-7 17:05:19

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

还要再请教你一个问题，就是这个index.ndx文件怎么设置自己考察的组，需要哪些命令啊，感觉那个说明书看不懂，比如C6H14中如何将C和H分开，以便计算C周围H的径向分布函数

zdy · 发表于 Post on 2017-12-7 17:07:17

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

我用gmx make_ndx -f md.tpr -o index.ndx 显示出的还是一个整体，并没有把C和H分开

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-7 17:36:56

zdy · 发表于 Post on 2017-12-12 11:29:56

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

非常感谢

zdy · 发表于 Post on 2017-12-12 15:30:44

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

您好，算出径向分布函数之后，怎么计算配位数啊，有没有简单的gromacs命令，我看文献什么的只有积分公式

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-12 19:20:02

zdy 发表于 2017-12-12 15:30
您好，算出径向分布函数之后，怎么计算配位数啊，有没有简单的gromacs命令，我看文献什么的只有积分公式

zdy · 发表于 Post on 2018-1-4 21:17:13

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

用这个算的时候总是出现一个提示框：there was an error creating the selection, cannot parse selection text
这个怎么解决啊，我还想问一下怎么将你想要计算的文件弄到vmd中，感觉这个问题是两个文件不匹配造成的。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-5 03:22:38

zdy 发表于 2018-1-4 21:17
用这个算的时候总是出现一个提示框：there was an error creating the selection, cannot parse selecti ...

selection设置不符合语法，程序读不懂

用VMD载入文件就完了

daydayup · 发表于 Post on 2019-11-12 09:24:33

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

老师，假设体系中存在10个氧原子，计算与氧原子对氧原子的RDF，参考组的氧原子是取其中一个，进而计算剩余氧原子的RDF吗。还是参考组的氧原子就取整体的氧原子组呢？
请问RDF与模拟时间相关联吗，就是计算RDF时模拟最后构型时的吗，图中横坐标的距离是怎么得到的呢？

实在是困惑，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-13 22:18:24

daydayup 发表于 2019-11-12 09:24
老师，假设体系中存在10个氧原子，计算与氧原子对氧原子的RDF，参考组的氧原子是取其中一个，进而计算剩 ...

有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不是只把其中一个当做参考，这样统计误差小得多

第二个问题莫名其妙。通常rdf是对一段轨迹来统计的，而不是对某一帧来统计的。横坐标的含义你看看rdf公式自然就懂了

daydayup · 发表于 Post on 2019-11-14 16:39:22

sobereva 发表于 2019-11-13 22:18
有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不 ...

谢谢老师

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