怎么用rdf计算径向分布函数

xjw · 发表于 Post on 2022-4-1 10:42:21

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

老师您好，为什么我用vmd计算rdf得到的曲线为什么没那么平滑啊？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 11:58:45

xjw 发表于 2022-4-1 10:42
老师您好，为什么我用vmd计算rdf得到的曲线为什么没那么平滑啊？

就一帧当然不平滑

xjw · 发表于 Post on 2022-4-2 18:47:04

sobereva 发表于 2022-4-1 11:58
就一帧当然不平滑

知道了，谢谢老师

Kiwgi · 发表于 Post on 2022-5-10 12:09:32

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

老师，这个我看软件名字写的是径向对分布函数（RPDF）,这个和径向函数RDF要怎么换算呢？因为我要求溶剂化配位数，用这个RPDF算出来总不对，我是MS软件计算的，所以没办法用您前面提到的gro文件统计

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 20:19:37

Kiwgi 发表于 2022-5-10 12:09
老师，这个我看软件名字写的是径向对分布函数（RPDF）,这个和径向函数RDF要怎么换算呢？因为我要求溶剂化 ...

是一码事
特定类型粒子间的RDF往往被称为RPDF

这根你用M$又不矛盾，M$能导出pdb之类VMD能认的格式，VMD再保存gro就完了

Kiwgi · 发表于 Post on 2022-5-12 12:36:28

sobereva 发表于 2022-5-11 20:19
是一码事
特定类型粒子间的RDF往往被称为RPDF

嗯嗯好的老师，我明白啦，谢谢您

作业抄 · 发表于 Post on 2022-6-29 17:14:08

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

您好，我有个问题你想请教您，-b 1000 -e 2000代表从1ns开始，2ns结束，那-bin 0.01代表什么呢，谢谢啦

1015866003 · 发表于 Post on 2023-4-26 15:04:29

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

sob老师好，借楼接个问题，我参加过科音的分子动力学培训，里面提到原子和原子之间、分子和分子质心之间的rdf，现在我想研究两分子表面的rdf，请问如何用选择语句选择呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-26 23:27:27

1015866003 发表于 2023-4-26 15:04
sob老师好，借楼接个问题，我参加过科音的分子动力学培训，里面提到原子和原子之间、分子和分子质心之间 ...

没有“两分子表面的rdf”的概念，起码gmx没法算，顶多是算一个组里的原子相对于另一个组最近原子的rdf（用-surf选项）

1015866003 · 发表于 Post on 2023-4-27 10:57:43

sob老师说的对，我想要表达的是这个意思，，没说清楚，抱歉了。这里我想要算石墨烯分子与有机小分子中距离最近的原子的rdf，选择语句-ref "residue 1" -sel "residue 2 to 25" -surf mol 请问sob老师这样对吗？感谢指导D:\Desktop\vmd截图

ngaoo · 发表于 Post on 2023-11-25 21:32:30

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

你好，我想请教下，一是不是将一个b分子设成一个组，一个c分子设成一个组再来看b分子周围c的分布情况吗？那此时这个径向分布函数图的峰值说明什么？

moni0823 · 发表于 Post on 2024-1-2 11:11:09

各位老师同学好，我想请教一下如何计算一个蛋白质上面某个甲基与其周围氧原子之间的径向分布函数，能否给予一点思路，非常感谢。

一枚研究生 · 发表于 Post on 2024-1-30 19:25:21

本帖最后由一枚研究生于 2024-1-30 20:14 编辑

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

请问一下

一枚研究生 · 发表于 Post on 2024-1-30 19:31:18

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

请问一下，我运行这些命令出现以下报错该怎么解决
Invalid selection ''
Near ''
syntax error

一枚研究生 · 发表于 Post on 2024-1-30 20:14:53

一枚研究生发表于 2024-1-30 19:31
请问一下，我运行这些命令出现以下报错该怎么解决
Invalid selection ' '
Near ' '

已经解决

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 怎么用rdf计算径向分布函数