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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-27 23:42:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-27 21:06
确认文献没画错?多查几篇文献看看。不管是从有机化学角度还是生物化学角度,都不可能轻易合成出用O-O键 ...

好的,谢谢提醒我没有使用这个结构,我的材料不是这个样子的

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发表于 Post on 2022-6-28 09:17:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sai77 于 2022-6-28 09:38 编辑

请问二价铜络合物的结构优化,例如Cu(OAc)2,由于Cu上有未成对电子,电荷和自旋多重度设为0 2就可以了吗?

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发表于 Post on 2022-6-28 09:26:06 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 09:17
请问二价铜络合物的结构优化,例如Cu(OAc)2,由于Cu上有未成对电子,电荷和自旋量子数设为0 2就可以了吗?

那个不叫自旋量子数,是自旋多重度,跟自旋量子数完全两码事。

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发表于 Post on 2022-6-28 09:34:24 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 09:17
请问二价铜络合物的结构优化,例如Cu(OAc)2,由于Cu上有未成对电子,电荷和自旋量子数设为0 2就可以了吗?

这玩意好像容易通过 Cu-Cu 键形成二聚体,确定要算的是单体吗

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现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-6-28 09:42:09 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2022-6-28 09:26
那个不叫自旋量子数,是自旋多重度,跟自旋量子数完全两码事。

汗,最近在讨论各个元素的自旋量子数,搞混了~多谢指出

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发表于 Post on 2022-6-28 09:56:06 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-6-28 09:34
这玩意好像容易通过 Cu-Cu 键形成二聚体,确定要算的是单体吗

我感觉我要算的体系也可能是二聚体催化,因为不涉及自由基的历程。
但是如果是二聚体,体系就太大了,算不动。



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发表于 Post on 2022-6-28 12:03:20 | 只看该作者 Only view this author

请教在吸附中两吸附质之间的相互作用能的计算问题

请教各位大佬,表面吸附两个分子,现在想计算这两个分子之间的相互作用能,对于这个体系,能量应该怎么算?只知道没有表面的时候是Eint=EAB-EA-EB,有了表面之后的两分子间相互作用能怎么算?

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发表于 Post on 2022-6-28 12:24:19 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-6-28 09:34
这玩意好像容易通过 Cu-Cu 键形成二聚体,确定要算的是单体吗

再向您请教一下,形成二聚体除了Cu-Cu键这种结构,是不是还可以通过阴离子桥接的形式?

Cu(OAc)2.jpg (11.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

Cu(OAc)2.jpg

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发表于 Post on 2022-6-28 13:59:46 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 05:24
再向您请教一下,形成二聚体除了Cu-Cu键这种结构,是不是还可以通过阴离子桥接的形式?

四个OAc都是桥连配体,而且每个Cu上还额外多配一个水。
自己查一下水合醋酸铜的结构就知道了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-6-28 14:00:38 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 02:56
我感觉我要算的体系也可能是二聚体催化,因为不涉及自由基的历程。
但是如果是二聚体,体系就太大了,算 ...

如果实际体系是二聚体,宁可降低理论级别算二聚体,也不要在高理论级别下算单体。聚合度远比理论级别更重要。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-6-28 15:44:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-28 14:00
如果实际体系是二聚体,宁可降低理论级别算二聚体,也不要在高理论级别下算单体。聚合度远比理论级别更重 ...

谢谢指点。
请问下,如果我优化二价铜的单体,是不是出来就是这个结构的自由基?
如果我想优化二聚体,能不能把另一半简化成醋酸铜结构?因为单体就有接近200个原子,算完整的二聚体感觉太吃力。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-6-28 16:14:46 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 15:44
谢谢指点。
请问下,如果我优化二价铜的单体,是不是出来就是这个结构的自由基?
如果我想优化二聚体, ...

你都说二价铜了,Cu(OAc)2怎么会是自由基呢?你的单体是什么呀?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-6-28 16:22:46 | 只看该作者 Only view this author

求助!混合基组做频率计算是否需要输入频率校正因子?

本人在用gaussian做TMGa计算时,分子中的C、H采用的是B3LYP/6-31G*,Ga采用的是LanL2DZ,为获得较准确的热力学数据,如:吉布斯能等,是否需要在做频率计算时加入频率校正因子?如果需要加入频率校正因子,应该如何操作?输出文件中的热力学数据应该如何处理?请论坛内的高手们指点一下,万分感谢!

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发表于 Post on 2022-6-28 16:37:33 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-28 16:14
你都说二价铜了,Cu(OAc)2怎么会是自由基呢?你的单体是什么呀?

醋酸铜催化的不对称反应,用手性磷酸和膦配体同时调控,再加上底物,大概190个原子,但是不是自由基历程。
二价铜自旋多重度2,算出来不是双重态吗?

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发表于 Post on 2022-6-28 17:06:23 | 只看该作者 Only view this author
kenhe 发表于 2022-6-28 09:22
本人在用gaussian做TMGa计算时,分子中的C、H采用的是B3LYP/6-31G*,Ga采用的是LanL2DZ,为获得较准确的热 ...

参见http://sobereva.com/221
虽然加校正因子比不加更好,但是不加也不算错,因为校正因子的影响很可能小于计算方法本身的误差

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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