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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-28 17:09:16 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 09:37
醋酸铜催化的不对称反应,用手性磷酸和膦配体同时调控,再加上底物,大概190个原子,但是不是自由基历程 ...

一般的过渡金属配合物,如果没有类似有机自由基的反应性(自由基加成反应、原子攫取反应)的话,即便有单电子也一般不叫自由基。所以Cu(OAc)2、FeCl3等等一般不认为是自由基,但个别过渡金属配合物,比如说卟啉铑(II),可以叫做(金属)自由基。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-28 17:12:25 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 08:44
谢谢指点。
请问下,如果我优化二价铜的单体,是不是出来就是这个结构的自由基?
如果我想优化二聚体, ...

看到你说了外加了配体,那Cu(OAc)2在催化条件下可能会因为和外来配体配位而解聚成单体。最好在实验上搞清楚Cu是单体还是二聚体,比如用EPR之类的手段。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-28 17:15:02 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-28 16:37
醋酸铜催化的不对称反应,用手性磷酸和膦配体同时调控,再加上底物,大概190个原子,但是不是自由基历程 ...

呃。。。在醋酸铜二聚体中两个Cu(II)原子自旋相反,自旋多重度为1。至于你的体系要不同时考虑高自旋和低自旋情况,我不知也。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-6-28 20:51:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-28 17:12
看到你说了外加了配体,那Cu(OAc)2在催化条件下可能会因为和外来配体配位而解聚成单体。最好在实验上搞清 ...

实验现象是加入膦配体可以减慢反应速率,一定程度提高对映选择性,看来很有可能像您说的解聚
如果单体还可以尝试算一下,二聚体的话直接放弃了,算不动

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发表于 Post on 2022-6-28 20:55:34 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-28 17:15
呃。。。在醋酸铜二聚体中两个Cu(II)原子自旋相反,自旋多重度为1。至于你的体系要不同时考虑高自旋和低 ...

二聚体我知道啊,两个Cu未成对电子正好成对
前面不是说的单体嘛

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发表于 Post on 2022-6-28 22:06:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-28 17:06
参见http://sobereva.com/221
虽然加校正因子比不加更好,但是不加也不算错,因为校正因子的影响很可能 ...

感谢您的回复。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 01:52:48 | 只看该作者 Only view this author
小小小白 发表于 2022-6-28 12:03
请教各位大佬,表面吸附两个分子,现在想计算这两个分子之间的相互作用能,对于这个体系,能量应该怎么算? ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 01:54:29 | 只看该作者 Only view this author
XYHhhh 发表于 2022-6-27 10:46
请问钙钛矿团簇可以用您提到的genmer/molclus方法构建嘛

不适合
应当在钙钛矿晶体足够大的超胞基础上进行切割产生,视实际环境而定,表面还可能需要一些处理。先多看看相关文献里的模型
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发表于 Post on 2022-6-29 10:17:02 | 只看该作者 Only view this author

结构优化l,输出log文件说明


想要明白结构优化输出文件各行都代表什么意思,请问各位老师可以去哪了解这些内容,网上搜索过了,能力有限没有搜索到详细的说明。

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发表于 Post on 2022-6-29 14:18:49 | 只看该作者 Only view this author
不要纯靠搜索,要靠理解。把它当成英文阅读理解来看,如果看不懂就划词翻译,结合量化基本理论来理解,大部分你都是可以看懂的。而不要不经理解里面的英文就直接拿来搜。
此外有少部分内容本来就不是让一般用户看懂的,而是给高级用户看的额外信息,一般用户即使看不懂也没什么损失。但这种输出内容一般只是少数。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-29 14:32:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-29 14:18
不要纯靠搜索,要靠理解。把它当成英文阅读理解来看,如果看不懂就划词翻译,结合量化基本理论来理解,大部 ...

好的,谢谢老师提供思路

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发表于 Post on 2022-6-29 19:56:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 忘不掉的回忆 于 2022-6-29 20:08 编辑

请问老师,我做团簇构型搜索优化用B3LYP-D3(BJ)/6-31G**,算弱相互作用能用M06-2X-D3/6-311+G**可以吗?
团簇构型是不同的萃取剂和共沸物做优化
算弱相互作用能时考虑了BSSE校正,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-29 20:26:40 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-6-29 12:56
请问老师,我做团簇构型搜索优化用B3LYP-D3(BJ)/6-31G**,算弱相互作用能用M06-2X-D3/6-311+G**可以吗?
...

可以,但是因为单点能即便加大基组一般也比opt+freq快,所以不如用更高精度的方法算单点能,比如用双杂化泛函乃至DLPNO-CCSD(T)。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-30 08:37:49 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,在溶剂模型下考虑BSSE时,按照sob老师在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》中所说的方法,“在气相下做counterpoise计算得到E_BSSE”,此时是用溶剂模型下优化的结构在气相下计算BSSE还是在气相下优化之后的结构计算BSSE?

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发表于 Post on 2022-6-30 12:43:57 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,在算基态氧气与有机物自由基的加成反应过渡态,如图。已经分别在ub3lyp/sto-3g scrf(SMD,solvent=water)(附件1)以及 m062x/sto-3g(附件2)算出来了,但是换成m062x/6-311g**算不出来,做过扫描(附件3),但不知哪里不对,能量是一直降的,这种怎么处理呀。

@8L7}I]`]1L6N6HZ`VUI`R0.png (79.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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加成过渡态.rar

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