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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-30 01:35:28 | 只看该作者 Only view this author
本人从ZINC中下载了一个有机小分子,带有苯环。下载的mol2文件标记了苯环键的特殊性,如果我想用该结构做量化计算的起始结构,如何体现苯环键的特殊性呢?

量化程序输入坐标基本类似于xyz文件,那么这种输入的格式只包含原子类型和原子坐标,是如何判断成键的呢?如何体现苯环键的特殊性呢?
比如在GaussView中,判断苯环的键的类型是连接关系1.5这样特殊标记,在mol2文件中也会有.ar来标记,以达到区别苯环键特殊性的作用,那么在量化软件中是如何做到区别苯环键的特殊性的呢?

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发表于 Post on 2022-8-30 03:11:40 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-29 18:35
本人从ZINC中下载了一个有机小分子,带有苯环。下载的mol2文件标记了苯环键的特殊性,如果我想用该结构做量 ...

仔细阅读http://sobereva.com/414
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-8-30 09:36:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-30 03:11
仔细阅读http://sobereva.com/414

老师好,感谢老师,通过学习我看到了:“对于量化计算完全不影响结果,因为没有哪个量化理论方法在计算过程中是依赖于用户设定的成键关系的。仅对于涉及到分子力学的计算,连接关系才必须指定,因为这直接影响到计算时势函数的设定。”知道了您的答复。
但是我还有个疑问就是,如果在量化软件做Opt. 任务的时候,根据能量分析受力、更新坐标,这过程应该算是“涉及分子力学计算”吧?是不是这时候连接关系需要确定呢?

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-8-30 09:52:23 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-30 09:36
老师好,感谢老师,通过学习我看到了:“对于量化计算完全不影响结果,因为没有哪个量化理论方法在计算过 ...

这里“分子力学”是指传统的带力场的分子力学,即原子(分子间)的作用用某种势函数表示,例如Lennard-Jones势,Morse势,这种势函数可能对成键/不成键的原子有不同的势函数或参数,这时连接关系是要确定的,如果用量子力学方法,或从头算分子动力学,所有作用都从Schroedinger方程得到,因此没有这个问题。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 11:00:37 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2022-8-28 10:51
请问老师,我用B2PLYP泛函做计算,在输入文件中加了“stable=opt”关键词,输出文件找不到关键词读取能量“ ...

stable、stable=opt都是对纯粹的SCF级别的方法而言的(诸如普通泛函计算),不要结合双杂化

双杂化本来也绝对不应该读 E(B2PLYP),仔细看
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-8-30 11:01:07 | 只看该作者 Only view this author
请教以下各位老师,在网上试用的工作站,说事双路80核 64g内存。我在写的时候%mem=10G %NPROCSHARED=80就不对劲了
我后来写成%mem=10000mb%NPROCSHARED=8就正常跑了,这个该怎么调用
其实也是想问一下,内存核数有没有调用比例啥的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 11:01:56 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-29 17:29
请问为什么我的gaussian结构优化好的out文件用记事本和gauss view打开关键词会多出来一行scrf=check guess= ...

甭管这个界面
我的常规回复:

Q:为什么强烈不建议用GaussView的Calculate - Calculation setup界面产生输入文件?
A:这个界面纯粹是给外行人用的,非常弱,设计得也颇差。很多常用的理论方法如M06-2X、PBE0在里面都没法直接选,非常常用的def2系列基组在里面也没法用,用混合基组也很麻烦,Gaussian的大量功能靠这个界面根本用不了。纯粹靠利用此界面,至多只能使用Gaussian全部功能的1/4。而且Gaussian的关键词非常容易写,是所有量子化学程序里最简单的,用这个界面创建输入文件完全多此一举,远不如自己手写关键词快捷方便。内行人几乎没有用这个界面创建输入文件的,总是依赖于这个界面的初学者也永远不可能脱菜。内行Gaussian用户都只是靠GaussView用来创建和编辑结构,之后保存成gjf文件,自己用文本编辑器打开并手写关键词,然后提交给Gaussian计算。适合使用Calculation setup界面产生输入文件的情况也就是用QST2、QST3方法找过渡态的情况,由于这类任务的输入文件格式比较麻烦,所以才适合直接靠这个界面得到输入文件。PS:北京科音(www.keinsci.com)的量子化学培训里除了QST2、QST3外,都一律不用Calculation setup界面创建输入文件。我写的所有博文也一律不考虑读者用Calculation setup创建输入文件的情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 11:03:58 | 只看该作者 Only view this author
sjsjsj25915302 发表于 2022-8-29 15:43
我最近想计算某类物质的CCS(离子淌度值),使用一些别人开发的软件。他需要待计算的物质的最低能量的几何结 ...

可以用molclus做构型搜索实现。参考
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.htmlhttp://sobereva.com/532
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 11:05:18 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-8-30 11:01
请教以下各位老师,在网上试用的工作站,说事双路80核 64g内存。我在写的时候%mem=10G %NPROCSHARED=80就不 ...

该说的都说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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发表于 Post on 2022-8-30 15:01:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想请问一个比较简单的问题,就是左边的结构是N-C上连了一个苯环,右边的N-C上的C连了两个苯环,从ESP的计算结果上显示右边的ESP值更小一些,请问可以从哪几个角度来分析这个问题呢

图片1.png (357.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 15:12:27 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-8-30 15:01
sob老师您好,我想请问一个比较简单的问题,就是左边的结构是N-C上连了一个苯环,右边的N-C上的C连了两个苯 ...

等值面图不透明,和原子的位置关系不好分辨
画成下图这样的透明图
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

给出这种填色图时总要把色彩刻度条给出

诸如此类和波函数分析相关的问题发到1L提到的Multiwfn与波函数分析答疑专贴里。
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发表于 Post on 2022-8-30 17:01:30 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师.out文件和.chk文件有什么区别吗?我看网上的教程做单点能的计算的时候,有的人用的是优化好的.chk文件计算,也有的人用的是.out文件,我就想问一下各位老师我结构优化好了chk文件和out文件有什么区别吗?或者说这两个文件跟适合用于那些方向的进一步分析呢?还是说没啥区别?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 18:08:46 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-30 17:01
请问各位老师.out文件和.chk文件有什么区别吗?我看网上的教程做单点能的计算的时候,有的人用的是优化好的 ...

做任何任务都是用输入文件(通常为gjf)来计算,既不是chk也不是out
顶多是创建gjf用的诸如结构信息是来自哪个文件
搞清楚基本的计算逻辑

out文件里大部分关键性信息在chk里都蕴含,chk里还有更多的信息,而且都是全精度储存

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发表于 Post on 2022-8-30 19:34:09 | 只看该作者 Only view this author
“对于量化计算完全不影响结果,因为没有哪个量化理论方法在计算过程中是依赖于用户设定的成键关系的。仅对于涉及到分子力学的计算,连接关系才必须指定,因为这直接影响到计算时势函数的设定。”
请问:ZINC、pubChem等数据库里面通过SMILES,用CORINA方法生产的3D结构是否也可以用于量化计算呢?
我只要提取出来文件的原子类型+原子坐标信息,作为输入,进行坐标优化,优化到能量最低点再去计算单点即可。

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发表于 Post on 2022-8-30 21:34:02 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下我在gaussian结构优化的时候的时候发现最近计算结果如果是normal termination的话out文件里面都是显示job cpu time都是只显示7min左右,如果报错的话显示的就是正常时间,我想问一下这个对我的计算结果的可信度有影响吗?还是说out文件里面其实只是节选了优化好的结构那一部分的输出文件?

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