简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

KCM@SHU

chands 发表于 2022-8-27 20:24
水是弱场配体，[Fe(H2O)6]3+还是六重态。

哦哦，好的谢谢老师，差点忘记水是弱场配体了，老师我想问一下[Fe（H2O）6]3+是6自旋多重度，那么之后fe3+在水溶液中部分脱水与有机分子配位之后我要重新考虑他的自旋多重度吗？主要的配位官能团是R-C=N-OH我主要是考虑fe离子和N，O形成双齿配位，想这种能有提前判断自旋多重度的方法吗？因为我记得O基本是倾向外配位，但是N好像内外配位都有可能，但是C=N双键的共轭我觉得可能会使N变成内配位，想这种有内配位也有外配位是不是就只能各个可能的多重度都计算出来进行比较？

yiwei

请问老师，我用B2PLYP泛函做计算，在输入文件中加了“stable=opt”关键词，输出文件找不到关键词读取能量“ E(B2PLYP) = ”。请问下如果加了stable=opt应读取哪里的能量呢？

wzkchem5

KCM@SHU 发表于 2022-8-28 03:36
哦哦，好的谢谢老师，差点忘记水是弱场配体了，老师我想问一下[Fe（H2O）6]3+是6自旋多重度，那么之后fe3 ...

可以查一下文献里面Fe3+和肟的配合物一般是高自旋还是低自旋

chands

KCM@SHU 发表于 2022-8-28 10:36
哦哦，好的谢谢老师，差点忘记水是弱场配体了，老师我想问一下[Fe（H2O）6]3+是6自旋多重度，那么之后fe3 ...

很多Fe(III)-肟配合物是低自旋的，包括不少N, O双齿配合物，如果不放心，就低自旋高自旋都算一遍。

KCM@SHU

chands 发表于 2022-8-28 15:45
很多Fe(III)-肟配合物是低自旋的，包括不少N, O双齿配合物，如果不放心，就低自旋高自旋都算一遍。

好的，谢谢老师

KCM@SHU

wzkchem5 发表于 2022-8-28 15:34
可以查一下文献里面Fe3+和肟的配合物一般是高自旋还是低自旋

好的，谢谢老师，我去找找

hkobe

想请教下我在用orca计算CNT中盐溶液结构的AIMD，输入文件仿照了思想家公社CP2K输入例子里面的水盒子模拟，总原子数230，试了好几次都是开始迭代时候停滞不前，过一两个小时就报错:
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[20692,1],118]
  Exit code:    125
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
结束是什么原因呢？我也加大了内存，降低了核数还是不行。

wzkchem5

hkobe 发表于 2022-8-28 14:59
想请教下我在用orca计算CNT中盐溶液结构的AIMD，输入文件仿照了思想家公社CP2K输入例子里面的水盒子模拟， ...

这些报错信息不足以唯一确定报错原因，还需要贴一下更之前的报错信息，以及SCF、梯度等模块的输出（另外输出在.scf.log之类的文件里，不在主输出文件里）

hkobe

非常感谢您的解答，在scf.log文件中发现了如下错误：
              *****************************************************
               *                      ERROR                        *
               *        SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         *
               *****************************************************

  Last Energy change         ...   -2.7536e+02  Tolerance :   1.0000e-06
  Last MAX-Density change    ...    2.1470e+03  Tolerance :   1.0000e-05
     --------------------------------------------------------------------
                                      ERROR
     This wavefunction IS NOT CONVERGED!
     And it is 'too far' from meeting the convergence thresholds.
     Aborting ...
     Please restart calculation (with larger maxiter?)
这样是不是我的结构不合理，重新调整结构呢？

wzkchem5

hkobe 发表于 2022-8-29 02:01
非常感谢您的解答，在scf.log文件中发现了如下错误：
              *********************************** ...

先检查结构、电荷、自旋多重度等是否合理，如果合理，按http://sobereva.com/61的方法依次尝试

sjsjsj25915302

我最近想计算某类物质的CCS(离子淌度值)，使用一些别人开发的软件。他需要待计算的物质的最低能量的几何结构和电荷分布。物质在质谱中很多都是加和离子的形式出现，比如加Na峰，加氨峰。由于我的物质包括大量柔性基团，我想使用XTB加crest的构象搜索方式先粗略找到最低结构。但是我不知道能否加入这些离子来进行构象搜索。

KCM@SHU

请问为什么我的gaussian结构优化好的out文件用记事本和gauss view打开关键词会多出来一行scrf=check guess=check geom=（connectivity，allcheck）语句？我现在优化完了准备进行能量计算，我是用gauss view 打开优化好的out文件然后进行参数设置，最后参数设置好了点保存的时候会弹出下面的提示框，而且我在chkpoint file设置了specify建了一个能量的chk文件，但是好像没有在我指定的文件夹里出现相应chk文件，这个是为什么呢？我记得以前算单点能的时候没有这种情况

chands

KCM@SHU 发表于 2022-8-29 17:29
请问为什么我的gaussian结构优化好的out文件用记事本和gauss view打开关键词会多出来一行scrf=check guess= ...

scrf=check guess=check geom=(connectivity, allcheck)表示溶剂模型、初猜、结构都从chk文件里读取，genchk表示基组、赝势、赝势基组从chk文件里读取，加%oldchk= xxxx.chk表示原来的chk文件，用来读取上述数据。如果不想从原来的chk文件里读取，就把这些删掉。

你算什么用3-21G基组啊，太小了这。
好像你的GaussView有点老，新一点的calculation setup里 chkpoint file下面还有oldchk file

wanghaoyu

本人从ZINC中下载了一个有机小分子，带有苯环。下载的mol2文件标记了苯环键的特殊性，如果我想用该结构做量化计算的起始结构，如何体现苯环键的特殊性呢？

量化程序输入坐标基本类似于xyz文件，那么这种输入的格式只包含原子类型和原子坐标，是如何判断成键的呢？如何体现苯环键的特殊性呢？
比如在GaussView中，判断苯环的键的类型是连接关系1.5这样特殊标记，在mol2文件中也会有.ar来标记，以达到区别苯环键特殊性的作用，那么在量化软件中是如何做到区别苯环键的特殊性的呢？

wzkchem5

wanghaoyu 发表于 2022-8-29 18:35
本人从ZINC中下载了一个有机小分子，带有苯环。下载的mol2文件标记了苯环键的特殊性，如果我想用该结构做量 ...

仔细阅读http://sobereva.com/414