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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-9-20 18:33:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 18:30
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 18:34:27 | 只看该作者 Only view this author
tj2m 发表于 2017-9-20 13:10
老师,体系有Gd C H O N原子,我是简化了一下,坐标太长了,只写了第一个和最后一个坐标
General basis ...


直接写SDD就完了,看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
本来Gd就没有MWB48这种
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-9-20 18:45:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 18:30
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

老师,你好!按照你发的那个链接,计算了两个分子的相互作用能.
Counterpoise corrected energy =    -576.033137806317
                   BSSE energy =       0.000276582986
               sum of monomers =    -576.008478664575
           complexation energy =     -15.65 kcal/mole (raw)
           complexation energy =     -15.47 kcal/mole (corrected)
是不是这个就是最后自己需要的呀?

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发表于 Post on 2017-9-20 19:35:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 23:41
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
看5.2节

多谢老师,还有一个问题:(1)请问gview做esp图时,色彩刻度是无论调多少都可以吗,依据只是不遮挡原子取最小范围吗?

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发表于 Post on 2017-9-20 20:11:39 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!想问您Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms这个给出的电荷分布可以预测反应倾向吗?与Mulliken charges有什么区别?是把氢的加到了重原子上的意思吗?

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发表于 Post on 2017-9-20 21:20:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 18:32
没显示成键不代表没有相互作用,只不过此时键长比gview默认的判断标准长而已
只要计算级别合理,优化出 ...

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 23:30:00 | 只看该作者 Only view this author
chrishuo 发表于 2017-9-20 20:11
sob老师您好!想问您Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms这个给出的电荷分布可以预测 ...


不建议用Mulliken电荷预测反应位点,通常Hirshfeld电荷最适合这个目的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 23:30:40 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-20 19:35
多谢老师,还有一个问题:(1)请问gview做esp图时,色彩刻度是无论调多少都可以吗,依据只是不遮挡原子 ...

色彩刻度不管怎么设都不可能遮挡原子,不要与等值面的isovalue混淆
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 23:30:50 | 只看该作者 Only view this author
戴上墨镜看世界 发表于 2017-9-20 18:45
老师,你好!按照你发的那个链接,计算了两个分子的相互作用能.
Counterpoise corrected energy =    - ...

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sobereva 发表于 2017-9-20 18:33
用guess(save,only)计算一遍,这会把初猜轨道保存到chk里。观看轨道,如果一开始就是错的,通过guess=alt ...

按照您的方法guess=(only,save)  然后guess=alter 总是出现这样的错误解决不了,chk文件在读取轨道的时候出错。

Unexpected end-of-file while reading orbital switches.
Error termination via Lnk1e in /apps/chem/Gaussian/G09_D01/g09/l401.exe


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发表于 Post on 2017-9-21 10:25:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 23:30

不建议用Mulliken电荷预测反应位点,通常Hirshfeld电荷最适合这个目的

谢谢sob老师的回答,还想问您一下,您说的这个Hirshfeld电荷也是用高斯程序计算吗?要给什么命令进行计算呢?

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chrishuo 发表于 2017-9-21 10:25
谢谢sob老师的回答,还想问您一下,您说的这个Hirshfeld电荷也是用高斯程序计算吗?要给什么命令进行计算 ...


用Multiwfn算,载入.fch等带有波函数信息的文件后依次输入
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即可,例子在Multiwfn手册4.7.1节也有。除了NPA电荷外,所有常用的、有价值的原子电荷都能用Multiwfn算。
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发表于 Post on 2017-9-21 15:11:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 21:10
ORCA是通过命令行使用的,不是双击执行的

E:\Documents\Desktop老师,我按照例子输入了,但是出现了这种情况,我想问一下这是什么原因呀?

QQ截图20170921145520.png (17.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

QQ截图20170921145520.png

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发表于 Post on 2017-9-21 15:26:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,做复合物的BSSE校正时,需要读取优化后chk文件的波函数吗?还是直接拷出优化完的结构做cp就好了

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