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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-9-19 10:23:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-18 21:17
原子的电子排布你总知道,比如3d6 4s2这样,你看占据轨道的占据方式是否确实是这样

sob老师。这是Fe2+ 的电子排布,最外层电子是3d6,d轨道上未配对的4个单电子为何能量不同啊,它们不是简并的吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 11:39:11 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-9-19 10:23
sob老师。这是Fe2+ 的电子排布,最外层电子是3d6,d轨道上未配对的4个单电子为何能量不同啊,它们不是简 ...

你先看轨道图形,确认那四个确实是d轨道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2017-9-19 11:45:50 | 只看该作者 Only view this author
请问,DMol3模块怎样能把图中的HessianAtoms的紫色的线团去掉,保留黄色的原子,谢谢!

20170919114017.png (18.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

20170919114017.png

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发表于 Post on 2017-9-19 14:19:49 | 只看该作者 Only view this author
使用m062x/6-31+g(d,p)优化一个包夹复合物结构,使用服务器四个节点耗时很长,还出现scf不收敛问题,请问有对于这种包夹复合物的优化有什么好的方法吗?

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发表于 Post on 2017-9-19 15:26:25 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在老师的《分子动力学方法和程序简介》里面看到了有关于蛋白质自发进入碳纳米管的例子,其文献为
https://doi.org/10.1016/j.biomaterials.2009.01.024


我是一只菜鸟。我想知道,明年春天学完GROMACS能够模仿出这样的例子吗?不搞这么复杂的,我就模仿肽类激素。
如果这个实验模仿起来并不困难,我就想在开题时候先说了。

恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2017-9-19 18:43:26 | 只看该作者 Only view this author

ORCA的安装

想请教一下,我下载了Sob老师分享的ORCA-3-0-1win-64-bit-openmpi.zip,解压之后闪退,不能使用,应该怎么操作啊?(我就是在自己电脑上安装的,win7系统)

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PIG

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发表于 Post on 2017-9-19 20:49:22 | 只看该作者 Only view this author
4.0.1.2都出了为什么要用3.0.1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 21:10:01 | 只看该作者 Only view this author
wangjianmin 发表于 2017-9-19 18:43
想请教一下,我下载了Sob老师分享的ORCA-3-0-1win-64-bit-openmpi.zip,解压之后闪退,不能使用,应该怎么 ...

ORCA是通过命令行使用的,不是双击执行的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 21:11:48 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-9-19 15:26
老师好,我在老师的《分子动力学方法和程序简介》里面看到了有关于蛋白质自发进入碳纳米管的例子,其文献为 ...


我不知道你具体要模拟你说的那个体系的什么问题
这个文献做的是拉伸动力学的方式获得PMF,这属于高级班专门讲的内容,不过参加明年年初的科音的动力学普通班,自学一下Jarzynski equality,自己做出这个来也没什么难的(动力学普通班里已经讲了怎么做拉伸动力学)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 21:13:30 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2017-9-19 14:19
使用m062x/6-31+g(d,p)优化一个包夹复合物结构,使用服务器四个节点耗时很长,还出现scf不收敛问题,请问有 ...

没有什么特殊性
无外乎就是这里提的
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

想省时间可以改成B3LYP-D3结合6-311G*(如果有氢键再给氢加极化)
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发表于 Post on 2017-9-19 21:28:18 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,弱相互作用分析方法有好多,要研究共价作用分析方法有哪些,除了键级、ELF还有那些方法用的较多?键级Wiberg和mayer哪个好些?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 23:41:39 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-19 21:28
请问老师,弱相互作用分析方法有好多,要研究共价作用分析方法有哪些,除了键级、ELF还有那些方法用的较多 ...


Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
看5.2节
甭用wiberg键级,本来原本这是半经验时代定义的,在从头算领域,其广义化后就是Mayer键级
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发表于 Post on 2017-9-20 09:49:02 | 只看该作者 Only view this author
gaussian09D版本有没有内置的NBO?如何查询NBO版本?

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发表于 Post on 2017-9-20 10:09:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 11:39
你先看轨道图形,确认那四个确实是d轨道

确实是Fe原子中4个类似于花瓣形的d轨道,它们应该是简并的,但是轨道能量看起来是不同的,不知道这跟我计算的电离能总是出错是否有关系。我计算分子或者非金属原子都没问题,一旦计算金属原子就总是出错。。

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发表于 Post on 2017-9-20 11:07:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 10:10
只能自己写脚本来排序了

谢谢 sob 老师

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