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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-16 15:41:39 | 只看该作者 Only view this author
lcy 发表于 2017-9-16 11:24
谢谢老师,后来我查了查文献,发现M05-2X对于锌配合物的结构优化比较精确,就用了这个泛函,加入关键词io ...

意义不明
溶剂化能和考虑了溶剂的单点能显然不是一回事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-9-16 16:45:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-16 15:41
意义不明
溶剂化能和考虑了溶剂的单点能显然不是一回事

输入文件:
%chk=0916-2.chk
%mem=8gb
%nprocshared=16
#p m052x/genecp scrf(smd,solvent=toluene,Dovacuum,ExternalIteration)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-16 17:06:40 | 只看该作者 Only view this author
lcy 发表于 2017-9-16 16:45
输入文件:
%chk=0916-2.chk
%mem=8gb

基态DFT计算不要写外迭代、dovaccum,怎么算溶解自由能这里写了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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发表于 Post on 2017-9-16 20:25:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-16 17:06
基态DFT计算不要写外迭代、dovaccum,怎么算溶解自由能这里写了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-9-17 10:13:08 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师charge density difference与electron density difference有什么区别?它们所研究问题有哪些不同?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-17 11:29:26 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-17 10:13
请问sob老师charge density difference与electron density difference有什么区别?它们所研究问题有哪些不 ...

量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
看第8条
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发表于 Post on 2017-9-17 13:30:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-17 11:29
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
看第8条

谢谢sob老师,看到这两个词在Multiwfn手册里都有提到,可以理解为文献中的这两个词说的是同一个概念,但是用electron density difference要好些吗?
请问sob老师用Multiwfn做电子密度差保存成cube后,载入gview,
1.在gview中surface and contours-new cube后有两个选项square a cube 和scale a cube 选哪一个?
2.之后surface available中选择new surface 还是new mapped surface?
3.可不可以在gview中surface and contours不选new cube直接选surface available?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-17 13:38:58 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-17 13:30
谢谢sob老师,看到这两个词在Multiwfn手册里都有提到,可以理解为文献中的这两个词说的是同一个概念,但 ...

我建议用electron density difference这个词
你如果就是想在gview里看cube的等值面,1是完全多余的。你就直接选new surface就行了。其它什么都不用做
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发表于 Post on 2017-9-17 16:14:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-17 13:38
我建议用electron density difference这个词
你如果就是想在gview里看cube的等值面,1是完全多余的。你 ...

多谢sob老师,为什么不能像做ESP填色图那样选择new mapped surface,ESP图为什么需要映射,电子密度差为什么不需要映射密度差值?电子密度差图是否需要色彩刻度轴?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-17 17:41:31 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-17 16:14
多谢sob老师,为什么不能像做ESP填色图那样选择new mapped surface,ESP图为什么需要映射,电子密度差为 ...

对于一个三维空间函数,你可以直接绘制等值面图考察,也可以将它通过不同颜色投影到某个表面去考察。
静电势你也可以直接绘制它等值面来考察其分布特征,但多数情况,感兴趣的是分子表面上静电势的分布,所以通常是map到电子密度等值面上进行考察。
密度差你也可以映射到某个函数的等值面上考察,但这样不如直接作等值面图看着清楚,所以一般都不这样做。
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发表于 Post on 2017-9-17 20:39:22 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问键级为啥不能用来比较不同类型的键强弱
比如C-N和C-C?

另外,BCP处的电子密度能否比较不同类型键呢?

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-9-17 22:14:29 | 只看该作者 Only view this author
老师,G4的高精度计算是针对电子能量还是频率的高精度计算?#opt=(calcfc) m06/6-31(d) freq G4 如此这样输入可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-17 22:55:01 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-9-17 22:14
老师,G4的高精度计算是针对电子能量还是频率的高精度计算?#opt=(calcfc) m06/6-31(d) freq G4 如此这样输 ...

就写个# G4,什么其它的都不要写。建议你看一些基础性的文章了解热力学组合方法的基本特点和目的,比如DOI: 10.1002/wcms.59,否则一定会在使用上犯错
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发表于 Post on 2017-9-18 08:18:56 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,要麻烦您帮我看一下了。我计算铁的电离能无论如何计算都是相差较大,只能让您看一下我的输入文件了,0价铁电荷自旋多重度是0 5。1价是1 6。2价是2 5。 3价是3 6。 我换DFT计算的也不正确,输入文件很简单,可能遗漏了什么命令吗?

另外,温度对电离能有影响吗,我用10000K和298K计算的结果是一样的。

#p ccsd-t(maxcycle=500)/cc-pVQZ temperature=10000

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-18 08:52:50 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-9-18 08:18
sob老师,要麻烦您帮我看一下了。我计算铁的电离能无论如何计算都是相差较大,只能让您看一下我的输入文件 ...


计算垂直电离能是直接用电子能量相减,这与温度无关
另外还要注意查看轨道,看是否HF已经收敛到了实际电子态
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