计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

91

帖子

0

威望

419

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

5236#
发表于 Post on 2017-12-5 09:34:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 21:05
对FeO+六重态进行优化,最后会给你各个轨道的能量。把能量由高到低绘制成这种图就完了,chemdraw就可以 ...

sob 老师  能讲下在输出文件中找各个轨道能量的细节嘛    另外 老师有什么chemdraw绘制这种图的博文不(没用过)

113

帖子

0

威望

903

eV
积分
1016

Level 4 (黑子)

5237#
发表于 Post on 2017-12-5 09:57:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 23:50
gview直接就可以打开看到动画。还可以保存成gif动画

谢谢sob老师。但是算完后发现帧数太多,gview打不开,想着通过脚本来处理获得轨迹文件,然后用VMD观看,但是不知道通过哪些关键词来定位读取信息?

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

5238#
发表于 Post on 2017-12-5 10:16:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 21:02
不管是用什么程序,计算相互作用能都是计算复合物的能量,然后减去两个单体的能量。
复合物计算能量前需 ...

谢谢老师。
老师,还有一个问题请你帮忙指点一下,如果用ADF计算相互作用能,那么这里面的这个关键词TRANSFERINTEGRALS需要换成什么呀?可以写INTERACTION ENERGY吗?
再次谢谢老师!

微信截图_20171205101510.png (2.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

微信截图_20171205101510.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

5239#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 16:51:41 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-12-5 10:16
谢谢老师。
老师,还有一个问题请你帮忙指点一下,如果用ADF计算相互作用能,那么这里面的这个关键词TRA ...


不知道。我不用ADF,也很讨厌ADF,这程序属于异端
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

5240#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 16:52:48 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-12-5 09:57
谢谢sob老师。但是算完后发现帧数太多,gview打不开,想着通过脚本来处理获得轨迹文件,然后用VMD观看, ...


参考这个
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

5241#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 16:55:40 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-5 09:34
sob 老师  能讲下在输出文件中找各个轨道能量的细节嘛    另外 老师有什么chemdraw绘制这种图的博文不( ...


Multiwfn一下子就能显示所有轨道信息
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

chemdraw里面直接按照能级高低次序,画横杠就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

91

帖子

0

威望

419

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

5242#
发表于 Post on 2017-12-5 17:17:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 16:55
Multiwfn一下子就能显示所有轨道信息
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

谢谢 sob 老师

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

5243#
发表于 Post on 2017-12-5 18:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 16:51
不知道。我不用ADF,也很讨厌ADF,这程序属于异端

哦哦哦 打扰老师了。

113

帖子

0

威望

903

eV
积分
1016

Level 4 (黑子)

5244#
发表于 Post on 2017-12-5 20:29:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 16:52
参考这个
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

谢谢son老师。

113

帖子

0

威望

903

eV
积分
1016

Level 4 (黑子)

5245#
发表于 Post on 2017-12-6 10:34:46 | 只看该作者 Only view this author
在Gaussian中进行BOMD,如果加GradientOnly这个选项,设置StepSize的值其实设置的是时间步长;如果没加GradientOnly这个选项,设置StepSize的值其实设置的是距离步长;那么请问一下,GradientOnly这个选项对最后的结果是否有明显的影响?谢谢。

483

帖子

10

威望

6964

eV
积分
7647

Level 6 (一方通行)

BSJ Institute

5246#
发表于 Post on 2017-12-6 12:07:18 | 只看该作者 Only view this author
请问双杂化泛函对于一些电子结构比较奇葩的体系是否可靠?有一个反应我用一些常见普通泛函算出来的自由能变相差很大,所以想用一个较高精度的方法作为标准。尝试了DLPNO-CCSD(T)发现算不动,这个体系是一个三重态的双金属配合物,适合用什么双杂化泛函呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

5247#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 13:03:54 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-12-6 12:07
请问双杂化泛函对于一些电子结构比较奇葩的体系是否可靠?有一个反应我用一些常见普通泛函算出来的自由能变 ...


PWPB95-D3
虽然仍不保证结果很可靠,但稳健程度一般是要好于普通泛函的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

5248#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 13:07:58 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-12-6 10:34
在Gaussian中进行BOMD,如果加GradientOnly这个选项,设置StepSize的值其实设置的是时间步长;如果没加Grad ...


轨迹如果跑的不是很长的话,应该不至于有太大影响。如果轨迹较长,差异会逐渐累积起来,最终可能会有不小差异
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6228

eV
积分
6787

Level 6 (一方通行)

5249#
发表于 Post on 2017-12-6 13:52:12 | 只看该作者 Only view this author
请问老师做量子化学计算用服务器ECC内存和普通台式机内存有什么区别?只是对机器运行稳定性影响还是对计算结果也有一点影响?
另外内存和cpu的超频是否会对计算结果产生一些影响?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

5250#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 17:42:21 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-12-6 13:52
请问老师做量子化学计算用服务器ECC内存和普通台式机内存有什么区别?只是对机器运行稳定性影响还是对计算 ...

对结果没影响,对稳定性有益,增加了校验机制
超频不会有影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-3-8 10:34 , Processed in 0.237901 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list