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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 15:01:31 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-12-8 14:31
如图所示,
对一个过渡态进行了柔性扫描,能量曲线如图所示,是不是没有过渡态?
如果有过渡态,是不是应 ...


如果扫描的变量和反应路径有对应性,可以这么说
存在过渡态时柔性扫描曲线会出现个尖,可以拿这个尖的结构作为过渡态初猜,这和鞍点的概念是两码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-8 15:08:52 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob

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发表于 Post on 2017-12-8 15:48:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-8 15:01
如果扫描的变量和反应路径有对应性,可以这么说
存在过渡态时柔性扫描曲线会出现个尖,可以拿这个尖的 ...

请问判断过渡态柔性扫描的文件怎么输入呢,加入判断甲醛分子裂解的过渡态,输入文件是甲醛分子还是裂解后的分子?多谢

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发表于 Post on 2017-12-8 16:15:39 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,想对有机小分子进行极化率的计算,是直接运用高斯09计算得到结果,还是运用您提供的Multiwin软件输出文件结果,如果是先用高斯09运算的话,执行命令怎么输入???还有个问题,小分子的折射率(折光率)能算吗?问题可能比较low,打扰了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 20:21:52 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2017-12-8 16:15
sob老师,您好,想对有机小分子进行极化率的计算,是直接运用高斯09计算得到结果,还是运用您提供的Multiwi ...

使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231

没法算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 20:22:34 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-12-8 15:48
请问判断过渡态柔性扫描的文件怎么输入呢,加入判断甲醛分子裂解的过渡态,输入文件是甲醛分子还是裂解后 ...

初始结构用没裂解的,把扫描变量设成裂解主要涉及的两个原子的距离
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发表于 Post on 2017-12-8 21:41:24 | 只看该作者 Only view this author

输入文件的最后一句是什么含义

这个输入文件最后的A   S   是什么意思,多谢!

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发表于 Post on 2017-12-8 22:41:30 | 只看该作者 Only view this author
键角 扫描
阅读:http://sobereva.com/g09/k_opt.htm 关于Modredundant的部分

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发表于 Post on 2017-12-8 22:43:42 | 只看该作者 Only view this author
柔性扫描,A ANGLE, S SCAN

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发表于 Post on 2017-12-9 09:14:29 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,当理论计算的ECD与实验图谱比较时,发现理论图谱极值点均偏大,此时是否有必要考虑基频校正因子呢?

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发表于 Post on 2017-12-9 14:24:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-12-9 18:43 编辑

老师,hessian矩阵中负数的个数不是判断过渡态的依据吗?过渡态优化是收敛的依据有四个条件,判断收敛是不是就根据是否满足他们,另外加上振动本征值是不是只有一个是负值?寻找过渡态时加oneigentest,是不是就代表gaussian不再去判断结构的振动本征值是不是只有一个负值?如果是这样,如何确定找到的结构是过渡态,而不是local minimum(中间体)呢?

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发表于 Post on 2017-12-9 15:44:40 | 只看该作者 Only view this author
老师好,抱歉打扰了,学生在进行SMD溶剂化效应计算时,遇到了如下两个问题:1)在进行混合溶剂时,一种为系统存在的溶剂,另外一种是自定义溶剂请问,应该怎么样去写输入文件呢?如water和另一种溶剂写成scrf(smd,solvent=water,generic,read)是否可以;2)在学习了sob老师分享的关于混合溶剂按照其体积比写eps。可是应该如何体现呢?在输入文件最后空一行写成如eps=XX:XX=1:1么?谢谢老师,麻烦您了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-9 21:44:37 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-12-9 09:14
sob老师好,当理论计算的ECD与实验图谱比较时,发现理论图谱极值点均偏大,此时是否有必要考虑基频校正因子 ...


你是指峰的极大点位置的横坐标数值和实验谱的对得不好?这是泛函计算精度的问题。对电子激发计算,没有校正因子这类东西,换个泛函,或者对理论计算的激发能进行平移。
计算ECD关键的不是绝对位置,而是ECD的曲线形状;曲线形状能对得上,即便激发能偏高或者偏低也无妨,简单平移一下就可以。
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发表于 Post on 2017-12-10 07:07:26 | 只看该作者 Only view this author
好的好的,谢谢老师,那结构优化和电子激发态计算的方法可以不一样的是吗?

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发表于 Post on 2017-12-10 08:04:35 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-12-10 07:07
好的好的,谢谢老师,那结构优化和电子激发态计算的方法可以不一样的是吗?

可以

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