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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-15 17:50:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,我还是有点小困惑。我做柔性扫描时候,1.关键词用opt(z-matrix)还是opt(addredundant)是跟我当前的坐标有关么?如果用笛卡尔坐标的话,关键词就用opt(addredundant),如果我用Z矩阵坐标的话, 关键词就用opt(z-matrix)是这样子么? 2.如果我用笛卡尔坐标做扫描,只能在文件末尾定义扫描。如果我要是用Z矩阵坐标,定义扫描可以在坐标部分后面,也可以在文件末尾? 3.定义扫描时候,S是什么时候加,什么时候不加呢?我看到大量的例子文本后面定义扫描时候也是加了S的啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-15 17:59:34 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2017-12-15 17:50
老师,我还是有点小困惑。我做柔性扫描时候,1.关键词用opt(z-matrix)还是opt(addredundant)是跟我当前的坐 ...

内坐标和冗余内坐标下都能柔性扫描,前者加S,后者不加;前者opt=z-matrix,后者opt=modredundant
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-16 15:45:18 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,vasp关于晶体的优化,相关资料说是要先优化晶胞参数,然后再驰豫原子位置,还要测试截断能和k点网格,有些地方不太懂:
1、不管用vasp计算晶体的何种性质,一般都要将建模的晶体先优化,然后取优化后的CONTCAR作为POSCAR计算,对吗?
2、先优化晶胞参数,在该步骤中测试最佳截断能和k点网格;然后驰豫原子位置,这一步要重新测试截断能和k点网格吗?
3、怎样判断截断能和k点网格是最佳的?一般来说截断能和k点网格越大越好,有些资料说是看能量是否收敛,有些说是看晶胞参数,有些说是看晶胞体积;能量、晶胞参数、晶胞体积分别有没有收敛的标准?
4、vasp能不能算晶体的拉曼光谱?听说好像可以,但是找不到教程。
5、除了vasp外,还有没有什么软件可以算晶体的拉曼光谱?

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发表于 Post on 2017-12-16 18:58:48 | 只看该作者 Only view this author
XXXXcws 发表于 2017-12-16 15:45
老师您好,vasp关于晶体的优化,相关资料说是要先优化晶胞参数,然后再驰豫原子位置,还要测试截断能和k点 ...

1、一般先做收敛性测试来保证动能截断和k点充分,然后再优化晶格。
2、收敛性测试使用单点即可,不必优化结构,测试后进行优化结构之后可以反过来检查新的结构是否也在相同参数满足收敛性测试。
3、动能截断和k网格增加到一定程度后,energy、force、stress都会呈现收敛。一般energy收敛即可,严格些的话force和stress要收敛,比如后续要计算声子和弹性模量的话构型优化要求就稍高一些。energy也区分相对能量收敛和总能收敛,前者要求相对低一些普适性也差一些。这些测试的说法你可以在vasp的手册找到。
4、可以,但我不熟悉,针对这个问题有人写了小程序来进行后处理不妨参考https://github.com/raman-sc/VASP#opennewwindow
5、除了vasp之外,平面波程序中castep和quantum espresso、abinit这些都支持。vasp和abinit我不太熟悉,castep的缺陷是只能模守恒赝势做,qe算raman强度则只能使用LDA泛函做,当然一般情况下GGA计算raman谱其实也不见得比LDA好到哪去,所以这个问题一般不严重。

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发表于 Post on 2017-12-16 22:45:25 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2017-12-16 18:58
1、一般先做收敛性测试来保证动能截断和k点充分,然后再优化晶格。
2、收敛性测试使用单点即可,不必优 ...

好的,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-17 00:20:07 | 只看该作者 Only view this author
XXXXcws 发表于 2017-12-16 15:45
老师您好,vasp关于晶体的优化,相关资料说是要先优化晶胞参数,然后再驰豫原子位置,还要测试截断能和k点 ...

这属于第一性原理问题,不属于量化范畴。此类问题请在本论坛第一性原理版发帖咨询
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-18 10:02:40 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,为什么我读力矩阵算IRC时候,我IRC构型里没有过渡态的构型呢,这是怎么回事呢?是不是跟步长有关,我平常stepsize都设置30

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发表于 Post on 2017-12-18 14:45:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请教您一个问题。
有机物分子结构有不同的吸电子基团,给电子基团等。我想看一下哪个基团上的电子密度最大,在高斯中用什么命令可以查看分子各个位置的电子密度分布呢。

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发表于 Post on 2017-12-18 14:55:32 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下,算单点任务的时候,实验室断电了,这个能续算吗?应该怎么操作?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 15:34:56 | 只看该作者 Only view this author
夐异 发表于 2017-12-18 14:55
老师,我想问一下,算单点任务的时候,实验室断电了,这个能续算吗?应该怎么操作?

看你具体是什么任务,续算方式差异很大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 15:35:27 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-12-18 14:45
sob老师您好,请教您一个问题。
有机物分子结构有不同的吸电子基团,给电子基团等。我想看一下哪个基团上 ...


计算原子电荷考察
不了解原子电荷就看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
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329678001 发表于 2017-12-18 10:02
老师您好,为什么我读力矩阵算IRC时候,我IRC构型里没有过渡态的构型呢,这是怎么回事呢?是不是跟步长有关 ...

IRC任务里你用了geom=check?这样的话TS结构可能不输出到输出文件里,gview显示IRC的时候可能也没IRC那个点的结构。甭用这个就完了
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发表于 Post on 2017-12-18 15:56:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-18 15:34
看你具体是什么任务,续算方式差异很大

只是单点任务,sp,算了挺久,突然断电了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 16:23:16 | 只看该作者 Only view this author
夐异 发表于 2017-12-18 15:56
只是单点任务,sp,算了挺久,突然断电了

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发表于 Post on 2017-12-18 16:27:02 | 只看该作者 Only view this author

嗯嗯,谢谢老师,用的是DFT算的。

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