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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-8 02:58:00 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-4-7 21:53
老师好,玻尔兹曼分布可以用来计算分子的不同构象的分布比例。有没有什么类似的理论可以算出 两个分子相互 ...

也是计算不同构型的自由能,按照波尔兹曼分布来计算
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发表于 Post on 2018-4-8 17:10:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-8 17:23 编辑

老师, 我的体系是个过渡金属Pd配合物。其中Pd是用的SDD赝势MWB28,这样Pd应该还剩下18个电子 4s2 4p6 4d10。

请教老师这种情况下应该用什么办法得到定性正确的Lewis结构?

如果做NBO的话,给出的结果是完全没法用的,还是说剩下的这些电子分布都是定性正确的,只不过少了一些CR型的NBO?

谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-4-8 20:53:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师  对后HF计算,Gaussian给出的波函数只是hf的波函数,那么我用dft优化feo+后在用ccsd计算其能量  比较这两者的分子轨道,其排布形式怎么会不一样(讲义上说输出的原子电荷多极矩和hf计算时相同,但后hf的波函数还是hf的的波函数,轨道的排布方式也应该一样的吧) 如图ccsd是pi,pi,sg 而dft确是dlta,pi,sg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 02:27:52 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-8 17:10
老师, 我的体系是个过渡金属Pd配合物。其中Pd是用的SDD赝势MWB28,这样Pd应该还剩下18个电子 4s2 4p6 4d10 ...

直接做NBO分析,没有任何问题。价层电子结构都是合理的,没有CR而已
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 02:28:33 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-8 20:53
sob老师  对后HF计算,Gaussian给出的波函数只是hf的波函数,那么我用dft优化feo+后在用ccsd计算其能量  比 ...

后HF可以给出波函数,由于你没写density关键词,导致让高斯分析的是HF波函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-4-9 03:31:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 02:27
直接做NBO分析,没有任何问题。价层电子结构都是合理的,没有CR而已

谢谢老师的解答!

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发表于 Post on 2018-4-9 08:39:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 02:28
后HF可以给出波函数,由于你没写density关键词,导致让高斯分析的是HF波函数

老师  没写density  说明后hf方法和dft分析的波函数是一致的  那么它们两的分子轨道类型应该一致吧

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发表于 Post on 2018-4-9 10:20:24 | 只看该作者 Only view this author
请问,计算单点能出现L804错误如何解决?
输入: #p ccsd(T)/aug-cc-pvtz nosymm
输出结尾:

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发表于 Post on 2018-4-9 13:21:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想做一个关于SCW超临界水的催化课题。一些计算文献中对超临界水的定义为T=600K ,密度为0.33 g/cm3。请问这种临界状态能在高斯中实现么?还有就是关于TIP4P水模型,是否能用packmol画出来。谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-9 16:41:35 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!想向老师请教一个关于能垒计算的问题
1 中间体的能量计算,已确认收敛且无虚频。
# OPT FREQ B3LYP/6-31g(d) temperature=373.15
2 过渡态的能量计算,确认有单虚频,且虚频震动发生在反应部位,并走IRC确认结构
# B3LYP/6-31G(d) opt=(calcfc,noeigen,TS) freq temperature=373.15
3 用较高级别方法对优化得到的结构计算能量
# m06/6-311+G** geom=connectivity SCRF=(solvent=methanol,smd) temperature=373.15
4 从低精度的freq计算中取Thermal correction to Gibbs free energy (TCG),从较高精度的单点能计算中取HF值,两者相加得到化合物在溶液中的吉布斯自由能。
按照这个过程算出的△G高达43kcal/mol,得出的半衰期非常长,想向老师请教一下是这个计算过程有问题还是这个机理可以通过这个计算被否定呢?
辛苦老师了!

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发表于 Post on 2018-4-9 17:15:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-4-9 17:38 编辑

老师,跑完irc,把最后的结构取出来寻找中间体结构,但是无论怎么(gediis,gdiis)都不收敛,错误的原因是超出循环步骤。图一是完整优化过程。图二是把优化的最后一个结构作为初始结构继续优化的结果。 问题已解决:终于有一个成功的见图4、图五(是不是很占空间)。老师能不能解释一下这种情况。

2222.jpg (77.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图一

图一

1111.jpg (136.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

图二

图二

3333.jpg (49.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

3333.jpg

4444.jpg (72.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

4444.jpg

5555.jpg (76.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

5555.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:20:31 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-9 08:39
老师  没写density  说明后hf方法和dft分析的波函数是一致的  那么它们两的分子轨道类型应该一致吧


后HF已经脱离了单电子近似,根本没有分子轨道的概念
你之前得到的只不过是HF分子轨道。这和DFT产生的分子轨道可能存在明显不同。
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一直在路上 发表于 2018-4-9 10:20
请问,计算单点能出现L804错误如何解决?
输入: #p ccsd(T)/aug-cc-pvtz nosymm
输出结尾:

bug,或者%mem给得太小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:23:09 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-4-9 17:15
老师,跑完irc,把最后的结构取出来寻找中间体结构,但是无论怎么(gediis,gdiis)都不收敛,错误的原因是 ...

没有什么可解释的。按此文解决就完了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:25:11 | 只看该作者 Only view this author
LLLL1111 发表于 2018-4-9 13:21
sob老师,我想做一个关于SCW超临界水的催化课题。一些计算文献中对超临界水的定义为T=600K ,密度为0.33 g/ ...

你这不是量化问题,高斯也无能为力,你应当用分子动力学方法研究。
packmol是建模程序,而TIP4P这是具体的水模型,定义了水在模拟时的参数,不是一码事。如果说你是想让packmol产生出的水盒子的结构里面有TIP4P里定义的虚拟点,那你需要在packmol的输入文件里引入的水分子的结构文件里就出现那个虚拟点。
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