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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-11 07:54:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 03:05
过渡态是对同一个势能面而言的。中性状态和阴离子状态是两个不同势能面,二者间没法说过渡态

谢谢 sob老师解疑.

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发表于 Post on 2018-4-11 12:24:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 03:00
1 用stable=opt的时候没必要明确写U
guess=mix是直接产生对称破缺波函数,而不是从chk读取
我不知道 ...

谢谢老师,文件我看错啦。我之前参考的是scan文件夹下exercise里利用半经验pm6方法做柔性扫描的例子
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-4-11 19:22:15 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想对一个平面分子去质子化前后的两个结构(RMSD=0.037 Å)作电子密度差,考察电荷分布变化,但是 http://sobereva.com/113 中并没有给出对两个体系作差的办法。我有如下想法:
1. 分别对两个结构作电子密度的平面图,导出数据
2. 对齐坐标,对数据作差,然后绘制平面图
请问这样的做法可行吗?怎样才能确保坐标对应?有其他方式能比较直观地考察电荷分布变化吗?
谢谢Sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 19:35:46 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-4-11 19:22
Sob老师,我想对一个平面分子去质子化前后的两个结构(RMSD=0.037 Å)作电子密度差,考察电荷分布变化, ...


严格来说,只要内部结构发生了改变,做密度差图就没有意义,即便做出来也会发现效果很烂,说不清楚问题。
结构发生变化的时候,你只能通过考察比如原子电荷或片段电荷的改变,或者原子轨道布居数的改变等方式来说明问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-4-11 21:02:26 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,高斯结构优化后,如何判断分子轨道是成键轨道还是反键轨道呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 21:30:57 | 只看该作者 Only view this author
secret 发表于 2018-4-11 21:02
请问sob老师,高斯结构优化后,如何判断分子轨道是成键轨道还是反键轨道呢?

看轨道图形
也可以用Multiwfn计算Mulliken键级,可以分解为轨道的贡献。如果某个轨道对A-B两个原子间的贡献是负值,可以认为这个轨道对于这个键来说起反键的效果
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发表于 Post on 2018-4-12 09:06:39 | 只看该作者 Only view this author
老师 请教一个概念问题
前线分子轨道 自然跃迁轨道怎么进行区分,它们有什么不同呢?

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发表于 Post on 2018-4-12 10:52:24 | 只看该作者 Only view this author
我想优化开壳层CH3自由基的激发态D1,目前用g09 ,TDDFT优化结构,但是,结构优化能正常收敛,但是频率分析就出现很大的虚频。改用UHF的方法,也是同样的问题。我的输入文件是#P UB3LYP/6-31G(d) opt freq TD(nstate=15,root=1)  电荷自旋多重度 0 2
请问sob老师,我的输入是不是有问题?

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发表于 Post on 2018-4-12 11:02:39 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2018-4-12 10:52
我想优化开壳层CH3自由基的激发态D1,目前用g09 ,TDDFT优化结构,但是,结构优化能正常收敛,但是频率分析 ...

输入文件里,TD=nstates=15可以不要,优化S1,用默认的就行。

估计是不是初始结构给得不合理?

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发表于 Post on 2018-4-12 11:43:04 | 只看该作者 Only view this author
用GaussView画MO的图,Isovalue网上说单位是 e * Bohr ^-3
这是电荷密度的意思吗?也就是这个图画的是电荷密度?为啥会有两种颜色?难道电荷密度还有符号问题,不是只有波函数才会讨论符号和方向吗?

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发表于 Post on 2018-4-12 16:35:58 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想问一下如何通过计算手段来判断一个与金属配位的卡宾是Schrock卡宾还是Fischer卡宾呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 08:35:17 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-4-12 09:06
老师 请教一个概念问题
前线分子轨道 自然跃迁轨道怎么进行区分,它们有什么不同呢?

完全没有直接联系的两个概念,“区分”更无从谈起
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 08:37:29 | 只看该作者 Only view this author
timandywang 发表于 2018-4-12 11:43
用GaussView画MO的图,Isovalue网上说单位是 e * Bohr ^-3
这是电荷密度的意思吗?也就是这个图画的是电荷 ...


网上净是一知半解的菜鸟瞎说,误人子弟。那个单位是电子密度的单位,根本不是轨道波函数的单位
分子轨道波函数本身是无量纲的。倘若有人非让你写,你就写a.u.就完了。
轨道波函数的模方乘以轨道占据数对应的是这个轨道对应的电子密度概率分布
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lianghuashou 发表于 2018-4-12 10:52
我想优化开壳层CH3自由基的激发态D1,目前用g09 ,TDDFT优化结构,但是,结构优化能正常收敛,但是频率分析 ...


看虚频模式对应什么情况,诸如如果是破坏CH3基态D3h对称性的,就按照那个虚频模式移动结构继续优化
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发表于 Post on 2018-4-13 10:40:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-13 08:37
网上净是一知半解的菜鸟瞎说,误人子弟。那个单位是电子密度的单位,根本不是轨道波函数的单位
分子轨 ...

谢谢sob老师答疑。也就是说,GV做出来的轨道图是波函数的函数图像,是无量纲的,并不是网上说的电子密度。

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