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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:48:43 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-4-13 15:15
老师好,Mulliken布局分析中,有的原子占电子是负数是什么意思?NBO轨道组成成份中有的原子轨道贡献也是负 ...


如果你是指Mulliken原子电荷是负值,就是说明原子整体带负电,电子数多余核电荷数
如果是指Mulliken轨道成分分析给出某个原子对轨道贡献为负,这是Mulliken方法自身的缺陷所致(分析高阶空轨道这个问题更突出。用了弥散函数也容易导致此问题)

以NAOMO方式分析轨道成份,贡献不可能为负值,毕竟只不过是NAO系数求平方而已,平方结果不会为负
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:58:48 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-4-13 19:36
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on  ...


上传压缩后的输入和输出文件
记得用#P监控SCF细节

不能用。因为此时轨道图形不是对应极小点构型的,没有意义。
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发表于 Post on 2018-4-14 07:52:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-13 21:46
这个没有标准的续算方法
重算吧
或者手动用鬼原子实现counterpoise计算过程,之前CP任务自动已经算完的 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-4-14 12:03:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好~我想请问用Gaussian产生wfn文件时,既可以在优化时产生,也可以在做单点时产生,那这两种方式产生的wfn文件一样吗?我试了一下用Multiwfn载入这两种wfn文件做AIM拓扑分析,图形似乎没什么区别。另外,既然wfn中包含的一些波函数信息,fch里面都包括,那么也可以直接用fch文件代替wfn吧?产生fch是将优化时产生的chk文件直接通过formchk转换得到吧?那可以通过计算单点时得到的chk文件来转换成fch吗?这两者产生的fch文件一样吗?

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发表于 Post on 2018-4-14 17:44:24 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我的NBO为何没算完就终止了 下面图片是我输出文件和输入文件。我早上在群里问过一次,但是并没解决,我又自己重新算了一次, 还是这样的。

1.png (16.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

1.png

3.png (7.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

3.png

2.png (6.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

2.png

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发表于 Post on 2018-4-14 20:01:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-13 21:58
上传压缩后的输入和输出文件
记得用#P监控SCF细节

sob老师 我不太会监控SCF细节呀,怎么编辑关键词呢?老师 这是我选了3个修改不同关键词后得到的输入,输出文件,我之前用同样的方法计算都能正常结束,唯独这次这个分子 怎么修改都无法进行,
文献报道别人计算类似分子和Cr3+络合都是用的B3LYP 加LANL2DZ基组。我已经想不出是哪里出了问题。

Gaussian.7z

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-14 21:34:04 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-4-14 12:03
sob老师,您好~我想请问用Gaussian产生wfn文件时,既可以在优化时产生,也可以在做单点时产生,那这两种方 ...

比如你优化是用B3LYP/6-31G*实现的,那么你用opt out=wfn产生的wfn文件,和自己提取最后一帧算单点在B3LYP/6-31G*下得到的wfn文件是完全相同的。

可以用fch替代wfn,仔细看此文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-14 21:35:48 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-4-14 20:01
sob老师 我不太会监控SCF细节呀,怎么编辑关键词呢?老师 这是我选了3个修改不同关键词后得到的输入,输 ...

就是典型的SCF不收敛,凡是有可能解决此问题的做法都在这里,没有其它可能解决的做法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

其它原子用6-31G根本没法用,注意看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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老师好,我的NBO为何没算完就终止了 下面图片是我输出文件和输入文件。我早上在群里问过一次,但是并没解决 ...

上传压缩后的输出文件
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发表于 Post on 2018-4-14 21:56:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-14 21:34
比如你优化是用B3LYP/6-31G*实现的,那么你用opt out=wfn产生的wfn文件,和自己提取最后一帧算单点在B3LY ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-4-14 22:01:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2018-4-15 22:37 编辑
sobereva 发表于 2018-4-14 21:36
上传压缩后的输出文件

麻烦sob老师了。老师说是因为服务器上的l607压缩包替换的关系。但是不知道为啥就算不了了。...

6Pt5-2CONBO.rar

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发表于 Post on 2018-4-14 22:38:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-14 22:41 编辑

老师,有个东西拿不准,请您帮忙看一眼。
我提取IRC输出文件中的产物(第一帧)继续优化,感觉最终几何优化出的产物结构有点"异构化"的意味。多次尝试,均为这样
不知道这个结果有没有问题,我优化的时候已经步长很小了而且用了calcall。  观看优化的受力曲线和能量曲线,感觉也没什么。
Desktop.rar (1.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2018-4-15 18:36:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,最近想算复合物中某原子对分子轨道的贡献。看了您的轨道成份的计算方法博文,想问您一下,计算轨道成分用什么基组比较好。我现在用的是对Co,Rh等金属用sdd基组,对其他元素用6-311++G**基组,不知道这个基组可不可以,还是说不加弥散函数比较好。希望老师能解答一下,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-4-15 23:00:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 朙天儿 于 2018-4-15 23:29 编辑

请问sob老师,关于晶体,目的是得到含H的完整结构,并计算atomic partial charge后,模拟气体通过的MD,此电荷应该就是我们平时理解的原子电荷,因为连接方式复杂,故此形象称呼?。问题如下:
1.1 单独优化的氢原子,冻结其它原子,是用Gaussian?那么如何写输入文件?
1.2 是不是需要把周期性去掉?即去掉后三行TV?

看了您《原子电荷计算方法的对比》想采用MK、CHELPG、RESP三种方法分别计算一下,那么
2.1 用氢原子优化后的primitive cell原胞直接当成团簇用来计算电荷可以吗?
(所选体系原胞:170个原子,含1个结合H2O)
2.2 文献中说去掉溶剂水。见附图,原文为:https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cm502594j  Chem. Mater. 2014, 26, 6185−6192.
Computation-Ready, Experimental Metal–Organic Frameworks: A Tool To Enable High-Throughput Screening of Nanoporous Crystals
为何那么处理?计算上的经验是什么?
2.3 如何写计算此团簇的MK、CHELPG电荷的输入文件

另,应最先处理,关于结构本身,在从CCDC调入的cif文件(不含H)中,
苯环对位分别连了-COO-,其他四个位置有一个等效的-NH2氨基,每个位都连了1个0.25 occupancy个N,一个苯环对应 4*0.25 occupancy N;
且一个原胞含2个结合水,但位于8个位置,即8*0.25 occupancy O,且具体较近,两个O距离为0.712Å;这样的原子成为部分占据或无序原子(partially occupied or disordered atoms),
3.1 各原子的Lennard-Jones常数如何得到比较合理?比如,C、O、N、H已分别取了文献中Dreiding力场数值,Al直接去Dreiding原文数值可以吗?好像文献中和原文的不太一样。。
3.2 对于无序原子在加氢时和优化时该如何处理?
P.S.:大概检索了一下Gaussian手册,尝试了好多次,未学扎实,无果。。

Solvent Removal.png (268.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

Sholl, Snurr, CM,2014

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发表于 Post on 2018-4-15 23:02:45 | 只看该作者 Only view this author
老师,我还有两个问题。第一个就是我用您博文中的Hirshfeld方法和NAO方法分别分析了分子轨道中的两个原子的贡献,想看看这个轨道比较倾向于属于哪个原子,结果发现两种方法算出来的结果有10%左右的差别。而且同一轨道,在NAO方法中占比较大的原子可能在Hirshfeld方法中占比反而变得比较小。我用Hirshfeld方法时所用的fch文件就是做NAO的chk文件直接转化而来的。想问您一下是什么原因导致的这个差别,这个差别能不能通过设定消除,还有就是如果不能消除的话是哪种方法的结果比较可信呢?第二个问题是,您在博文里提到不建议用NAO分析虚轨道成分,是不是说如果需要分析某一未占据分子轨道的原子贡献时最好不要用NAO方法,而是采用Hirshfeld方法呢?谢谢老师。

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