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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-9-2 20:52:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-2 00:57

不用做什么特殊考虑,用UKS计算这种体系没有自旋污染结果才是错的(相当于算成了闭壳层)

谢谢老师,再请问一个问题,因为我要计算这类分子的激发态,这样激发态也会受到自旋污染的影响对吧,那么我应该怎么去讨论我的激发态的自旋,可以把< S^2>=2视为是单重态吗?还是说就别讨论这个情况?

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发表于 Post on 2019-9-2 21:22:34 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,各位老师好

遇到一个很尴尬的问题...

用一个体系同五个小分子分别做了羟基化和环氧化两种反应
从反应能垒来看,所有五个小分子都是发生环氧化反应时能垒低,说明化学选择性环氧化优于羟基化
但是,找到一篇文章,作者做了这个体系同三号小分子的反应,最终检测到羟基化产物,没有环氧化产物

现在就很纠结,能不能向老师请教一下呢?或者是有人讨论一下呢?
谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:37:49 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-2 15:04
请问老师,寻找一个反应其中某一步的过渡态,如果怎么也找不到就说这步没有过渡态难以令人信服,请问老师, ...



自己能做的都做了,就是找不到,就直接在文中这么说就行了。
严格判断有无过渡态需要做高维的势能面扫描,显然这是做不动的(除非极简单体系)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:38:07 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-2 16:33
请问老师,对于含有硝基,酰胺键和卤素的有机药物分子,直接采用SCRF来计算溶解自由能,时候恰当。谢谢

应当用scrf=SMD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:38:46 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-9-2 20:52
谢谢老师,再请问一个问题,因为我要计算这类分子的激发态,这样激发态也会受到自旋污染的影响对吧,那么 ...

不能
<S**2>偏离理想值太厉害的时候就根本别说是什么自旋多重度就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:39:53 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-2 21:22
Sob老师好,各位老师好

遇到一个很尴尬的问题...

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
顺带一提,有的时候有人问,为什么实验明明容易进行,但从他算出来的势垒上看,根据以上标准,似乎并不容易进行。导致和实验对应不上的因素实在太多了,这里随便举几条:(1)计算用的体系的模型和实际不符 (2)该用自由能垒讨论却用了电子能量讨论 (3)计算级别太烂或不适合当前体系 (4)溶剂效应没考虑或考虑不周,诸如有时应当考虑显式溶剂 (5)计算的反应过程和实际反应机理不同 (6)过渡态理论的假设不满足,需要考虑隧道效应或者VTST (7) 实际中有其它物质对反应有催化但是计算时没考虑 (8)计算过程读错数据了、数据弄乱了 (9)数据计算流程不合理,有低级错误。
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发表于 Post on 2019-9-3 06:26:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-3 00:37
自己能做的都做了,就是找不到,就直接在文中这么说就行了。
严格判断有无过渡态需要做高维的势能面 ...

多谢老师,还有两个问题请教,
(1)对于很多文献中用DFT计算研究电化学催化反应,为什么文献中不算过渡态?
(2)对于得质子、失质子、得电子、失电子这一类反应,是不是很多情况下都没有过渡态?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 07:52:52 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-3 06:26
多谢老师,还有两个问题请教,
(1)对于很多文献中用DFT计算研究电化学催化反应,为什么文献中不算过渡 ...

得电子、失电子这不是体系结构改变的过程,而TS是势能面上的特征,因此这样的过程没有过渡态。

只有随着结构改变,既有能量升高因素也有降低因素才可能有过渡态,得/失质子的过程一般只有其中一个因素主导,因此多数情况没有过渡态(但不是所有这类情况都没有)
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发表于 Post on 2019-9-3 07:53:58 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,关于HOMO and LUMO 是否有相关博文推荐?对于相关知识不是很了解,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-9-3 09:55:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-3 07:52
得电子、失电子这不是体系结构改变的过程,而TS是势能面上的特征,因此这样的过程没有过渡态。

只有随 ...

谢谢老师,那么文献中电催化过程不找过渡态也是这个原因吗?另外请问老师,一个中性结构与其离子的结构应该不相同,两个结构间转化为什么没有过渡态?谢谢!

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发表于 Post on 2019-9-3 14:38:23 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问如果在找过渡态的时候TS的 .chk 文件被覆盖掉了 但我想对TS的结构结合Multiwfn进行波函数分析 我是否可以用TS结构在相同级别下算一次单点 用算单点的 .chk文件进行分析

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发表于 Post on 2019-9-3 17:09:57 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我是天然药化专业的,想通过高斯计算ECD,UV等谱图。我计算您在第九届量子化学培训班上的例子茜素的UV和苯丙酸的ECD,第一步几何优化的时候,能量就不对,差了0.3左右,第二步的图谱就差的更远了。我画结构的时候也对称了。请问我可能是是化结构的时候,或者其他的的步骤哪里出了什么问题吗?(化学计算0基础,目标就是学会计算图谱)。求助各位老师,先谢谢啦。

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发表于 Post on 2019-9-3 19:42:17 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下老师在做高斯计算的时候怎么设定反应温度,因为要考虑温度对自由能的影响
是直接加关键词 temperature=xK 就可以吗,大气压强还需要加吗

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9644#
发表于 Post on 2019-9-4 01:23:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问对于金属与非金属组成的小团簇,如何知道它是否容易聚合呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:47:25 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-9-4 01:23
sob老师,请问对于金属与非金属组成的小团簇,如何知道它是否容易聚合呢?

没具体结构不好评论
反正你先把聚合完了的结构优化出来看看
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