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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 01:54:33 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2019-9-6 21:18
高斯中输入文件如下:
%chk=calix-li-HF-stable.chk
%nprocshared=24

不知道能不能一起用的关键词别随便写到一起
opt stable联用完全莫名其妙,程序都不知道你到底想做什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 01:55:44 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-6 16:44
Sob老师,在计算能量相关的问题时,泛函精度是CCSD(T)>双杂化泛函>普通泛函>MP2>HF>半经验方法。那么,在 ...

如这里所示,M06-2X几乎是普通泛函里最好的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

“普适性的规律”指代不确切,泛函有好几百种,得说明是什么形式的规律
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 02:01:26 | 只看该作者 Only view this author
15866722125 发表于 2019-9-6 08:44
老师上午好,能麻烦您帮我看一下我的输入文件有什么问题吗?就一个乙醇醇,我这一直算的结果不对。
您的: ...

我不知道你用的什么版本跑的。g09和g16默认情况下的能量没有可比性,g16默认用int=ultrafine,g09默认用int=fine,其它零碎参数也有所不同,这是为什么课上强调横向对比能量的时候程序版本应尽量统一
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 02:03:02 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2019-9-5 19:50
在编译Dalton时最后出现了这个错误,请问老师这是怎么了?

没遇见过,google搜索libintlc.so.5能找到相关线索
对于编译较新版本的Dalton的情况,编译器尽量用同年代的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 02:05:32 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-6 14:42
Sob老师好
但是最近在看文献的时候看到了这样的描述,作者好像就是把算出来的隧道效应加到能垒上了,所 ...

那不是真正对电子势能面产生影响,而是把透射系数折算成对能垒的“等效”影响,类似于带着透射系数再做阿仑尼乌斯公式拟合去检验是如何等效影响活化能的
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发表于 Post on 2019-9-7 09:02:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-7 02:03
没遇见过,google搜索libintlc.so.5能找到相关线索
对于编译较新版本的Dalton的情况,编译器尽量用同年 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2019-9-7 14:17:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-7 02:01
我不知道你用的什么版本跑的。g09和g16默认情况下的能量没有可比性,g16默认用int=ultrafine,g09默认用i ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-9-7 16:25:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-7 02:05
那不是真正对电子势能面产生影响,而是把透射系数折算成对能垒的“等效”影响,类似于带着透射系数再做阿 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-9-7 19:25:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-7 01:55
如这里所示,M06-2X几乎是普通泛函里最好的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272 ...

那请问,对于结构优化,其准确性也是  CCSD(T)>双杂化泛函>普通泛函>MP2>HF>半经验方法  这样的一个顺序吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-8 02:24:47 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-7 19:25
那请问,对于结构优化,其准确性也是  CCSD(T)>双杂化泛函>普通泛函>MP2>HF>半经验方法  这样的一个顺序 ...


但一般情况下,CCSD(T)和普通泛函的结果差异甚微,用对当前体系合适的普通泛函就足够了
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发表于 Post on 2019-9-8 09:52:20 | 只看该作者 Only view this author
请问基组尺寸越大计算精度越高吗?比如def2-系列和pople系列大概在尺寸上有个对应关系,尺寸相同的情况下,前者的表现会更好吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-9 06:38:05 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2019-9-8 09:52
请问基组尺寸越大计算精度越高吗?比如def2-系列和pople系列大概在尺寸上有个对应关系,尺寸相同的情况下, ...

对于同一系列基组可以这么说,不同系列基组间没法这么说
不代表如此,看具体用于什么理论方法。如果是普通泛函,用def2明显更好
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发表于 Post on 2019-9-9 17:01:33 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好
我想问一下我的体系里有一个 Cl 原子是负价的,我想拿这个体系去做优化,那我的输入文件里这个负价原子需要额外标明吗,还是和其他原子一样只要有原子坐标就可以

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发表于 Post on 2019-9-9 19:51:40 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好。读了您的《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》一文,有个疑问:
二者联用时,高斯的external功能应当确保串行方式计算,%nprocs=1,这样一来,相比在纯高斯自己计算时设置%nprocs=30,其效率还会高吗?

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发表于 Post on 2019-9-9 21:24:06 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,从硬度,柔度,亲电和亲核指数的大小,能否解释溶质在不同溶剂中溶解度的大小

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