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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:47:40 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-3 19:42
我想问一下老师在做高斯计算的时候怎么设定反应温度,因为要考虑温度对自由能的影响
是直接加关键词 tempe ...

仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:48:05 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-9-3 14:38
卢老师 请问如果在找过渡态的时候TS的 .chk 文件被覆盖掉了 但我想对TS的结构结合Multiwfn进行波函数分析  ...

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:49:14 | 只看该作者 Only view this author
15866722125 发表于 2019-9-3 17:09
老师您好,我是天然药化专业的,想通过高斯计算ECD,UV等谱图。我计算您在第九届量子化学培训班上的例子茜 ...

如果你是指课上的例子重复不出来,仔细对照培训里提供的文件以及输出,一点点对比总能找出原因。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:50:23 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-3 07:53
老师您好,关于HOMO and LUMO 是否有相关博文推荐?对于相关知识不是很了解,谢谢老师!

属于太基本的常识,没有什么博文专门说这个,我的一堆博文里也都提到HOMO/LUMO。基础性知识恰当用论坛首页google框搜索
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:52:16 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-3 09:55
谢谢老师,那么文献中电催化过程不找过渡态也是这个原因吗?另外请问老师,一个中性结构与其离子的结构应 ...



你可以认为比如垂直电离后,所在的阳离子势能面的初始结构位置和实际极小点位置之间没有势垒
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发表于 Post on 2019-9-4 10:04:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-4 01:49
如果你是指课上的例子重复不出来,仔细对照培训里提供的文件以及输出,一点点对比总能找出原因。

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-9-4 10:39:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-4 01:47
没具体结构不好评论
反正你先把聚合完了的结构优化出来看看

好的,谢谢老师,正在优化中。

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发表于 Post on 2019-9-4 12:14:48 | 只看该作者 Only view this author
老师您好, 我想尝试计算pdb中小分子构象的单点能. 如果直接使用pdb中的构象, 我担心基于分子力场摆放的键长键角不够好导致计算误差.  直接做opt构象可能大幅变化, 我想请教一下有没有办法可以限制优化过程中构象的变化程度呢? (比如RMSD<0.3埃) 或者有什么更好的解决方法吗? 谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-9-4 14:53:20 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我又来求助了。我计算乙醇单点能的时候,关键词也对照了培训班的文件,应该没有问题。但是最后的结果差了0.03。我的输入文件坐标和您的文件对照起来就不一样。讲义52页说:无论输入文件里结构如何,采用何种坐标,大多数情况下,Gaussian会根据一定规则将输入坐标进行旋转平移,使体系处于标准朝向下。我看我的输出文件,和您的输出文件坐标也不一样。
您的:
C                     1.17227  -0.41072   0.
H                     1.13772  -1.05164   0.88599
H                     1.13772  -1.05164  -0.88599
H                     2.12205   0.13376   0.
C                     0.        0.55538   0.
H                     0.05251   1.2082    0.88675
H                     0.05251   1.2082   -0.88675
O                    -1.19886  -0.21416   0.
H                    -1.94521   0.39844   0.
我的:
C                     0.22163   1.24992   0.
H                     0.83654   1.30925  -0.87365
H                     0.83654   1.30925   0.87365
H                    -0.47718   2.06021   0.
C                    -0.54263  -0.08706   0.
H                    -1.15754  -0.14638   0.87365
H                    -1.15754  -0.14638  -0.87365
O                     0.39129  -1.16997   0.
H                    -0.08513  -2.00341   0.
然后我发现。我画的乙醇和您的乙醇,CC键长就不一样。请问是我画的结构不合适吗?(感觉问题是出在我画的结构上了,但没找出具体原因),请问如何画出一个标准的合格的分子?先谢谢老师啦

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发表于 Post on 2019-9-4 16:18:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。我最近有个工作用到了ma-def2-TZVP基组,我是按照您最近发的几篇帖子做的,比如http://sobereva.com/509。 但是我没在这个帖子里找到文献出处。 我看这个基组的原文应该是Phys. Chem. Chem. Phys. 7, 3297–3305 (2005)..您在http://sobereva.com/340帖子里提的ma的工作应该是Theor. Chem. Acc. 128, 295–305 (2011)和 J. Chem. Theory Comput. 7, 3027–3034 (2011). 但是我在ttps://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi
里看到的是F. Weigend, R. Ahlrichs Phys. Chem. Chem. Phys. 7 3297, (2005).和J. Zheng, X. Xu, and D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 128, 295-305 (2010)。但是这里面好像没有I。所以,我想问一下,如果要用这个基组的话(包括了I)应该怎么引用呢?

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发表于 Post on 2019-9-4 20:30:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-4 01:52


你可以认为比如垂直电离后,所在的阳离子势能面的初始结构位置和实际极小点位置之间没有势垒

谢谢老师,请问老师:相同的输入文件,相同的服务器,我计算好几遍,有时是999错误,有时是正常结束。我发现服务器cpu频率总随温度波动,温度高了会降频,是不是和这个因素有关系?如何cpu频率固定会不会解决这个问题?

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发表于 Post on 2019-9-4 20:32:51 | 只看该作者 Only view this author
请问老师 我在重复量子化学初级班课程课件的一个计算(hf与乙烯加成的irc搜索)时,已经通过irc算到了产物的大致结构,但是在做优化的时候却跟您课件里面的一个典型错误案例文件发生了同样的问题,请问么原因造成的呢?即正确的优化结果应该是hf垂直于乙烯,而我算出来却是有一定角度

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9658#
发表于 Post on 2019-9-4 21:21:27 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我最近在做有关点群对称性的工作,但是初入量子化学,以下问题不知道怎么处理:我的目标是将点群对称性变为C3,但提交作业后,算出来的都是C1,关键词为PBE1PBE/genecp opt(nolinear,gdiis) scf=(noVarAcc,noincfock) int=acc2e=12 freq nosymm(体系不容易收敛)请问有什么解决方法吗?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-5 01:34:50 | 只看该作者 Only view this author
发量浓密 发表于 2019-9-4 21:21
老师们好,我最近在做有关点群对称性的工作,但是初入量子化学,以下问题不知道怎么处理:我的目标是将点群 ...

先在gview里做对称化成实际的点群,把nolinear这种无意义的关键词删掉。确保基组没用弥散函数。甭写nosymm。然后再试。
有对称性的体系写了nosymm才不容易收敛
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-5 01:36:14 | 只看该作者 Only view this author
343333333 发表于 2019-9-4 20:32
请问老师 我在重复量子化学初级班课程课件的一个计算(hf与乙烯加成的irc搜索)时,已经通过irc算到了产物 ...

根据报错提示和课上在几何优化部分讲的内容可知,是因为三个原子排成了直线才报错。拿最后的结构继续优化,或者一开始优化的时候就加上cartesian关键词就能优化到实际的T型结构。
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