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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-12-3 15:16:37 | 只看该作者 Only view this author
paramecium86 发表于 2019-12-3 12:38
提示 Atomic number out of range in ccpVTZ 你的某个原子是不是不在这个基组使用范围内?这个基组范围是H- ...

  我的是Pd原子

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10187#
发表于 Post on 2019-12-3 15:50:23 | 只看该作者 Only view this author

能垒的解读与绘制。

  最近在做过渡态,发现自己的反应经历了两个步骤TS01和TS02,用单点能计算得到了正逆反应能垒,如下图。在绘图时,用此数据也绘了图,各位老师看看我画的图和数据的对应关系正确莫?总感觉不对。

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10188#
发表于 Post on 2019-12-3 16:32:09 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算超极化率

请问有关于高斯计算(CPKS)超极化率βijk公式的相关文献嘛?

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发表于 Post on 2019-12-3 16:34:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-3 07:27
Multiwfn产生的文件空白必然是你给Multiwfn用的输入文件不合理,仔细看此文了解什么文件才能给Multiwfn提 ...

谢谢老师,我再仔细看一下

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10190#
发表于 Post on 2019-12-3 16:35:38 | 只看该作者 Only view this author
想弄清楚高斯是怎么计算超极化率的各个分量的

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发表于 Post on 2019-12-3 21:15:45 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 有三个问题想请教一下
1. 如果想分析一个二聚体的相互作用 只根据玻尔兹曼分布得到的主要构型去进行分析就可以是吗?
2. 有什么指标可以说明构象搜索是充分的吗 比如对于二聚体的构象搜索 我在文章里说genmer产生初始构象并使用molclus进行构象搜索并根据玻尔兹曼分布计算出主要出现构象 这样说可以吗?
3. xtb结合molclus 如果没有特殊情况 只需要修改settings.ini中把iprog设为4直接运行就可以
谢谢社长

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发表于 Post on 2019-12-3 23:47:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2019-12-4 09:27 编辑

抱歉之前没看清你做的是结构优化和频率分析,还以为是单点,那后面的基组再改小很多。
用赝势基组和赝势,第五周期也该用赝势了。带PP结尾的版本。不过这个普通杂化泛函其实就不该用Dunning基组,如果不是什么特殊情况换成2-zeta的Def2-SVP就足够了,最多Def-TZVP了。另外有什么理由非要加Aug-那么多的弥散么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 04:44:26 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-12-3 13:54
请问有计算垂直激发能、激发态结构优化用PBE0这个泛函比较好的支持文献么?之前是看社长的帖子用了这个泛函 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-470-1-1.html

没有前提下,说用这个比较好是错误的,明显要看激发类型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 04:44:48 | 只看该作者 Only view this author
z1065480896 发表于 2019-12-3 15:50
最近在做过渡态,发现自己的反应经历了两个步骤TS01和TS02,用单点能计算得到了正逆反应能垒,如下图。在 ...

显然是错的,势垒是过渡态减相邻极小点,哪可能是负的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 04:46:19 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-12-3 21:15
社长您好 有三个问题想请教一下
1. 如果想分析一个二聚体的相互作用 只根据玻尔兹曼分布得到的主要构型去 ...

1 是。只要计算级别足够靠谱即可
2 可以。genmer产生的初始构型越多,最终有一个结构是实际能量最低结构的可能性越高,所以在计算量可承受条件下初始结构多一些为宜(鉴于xtb计算非常快,只要不是特别小的体系,个人建议初始结构不低于100个)
3 是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 05:06:49 | 只看该作者 Only view this author
哆啦A梦 发表于 2019-12-3 11:43
对于过渡金属和硼二元体系,对其过渡态结构进行优化,结果一提交就出错,不知道是不是基组不合适,我用的基 ...

发帖子看清楚板块,量化计算问题不要发到“分子模拟”版

写scf=tight毫无意义,看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

仔细看此文了解opt freq用aug-cc-pVTZ是多么白浪费时间
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

仔细看此文了解什么时候该用赝势基组
谈谈赝势基组的选用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 05:14:40 | 只看该作者 Only view this author
shine 发表于 2019-12-3 16:35
想弄清楚高斯是怎么计算超极化率的各个分量的

本质就是求能量的导数
相关知识看Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017)里属性计算部分
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发表于 Post on 2019-12-4 09:16:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。想请教下文献中经常出现的三线态自旋密度分布SDD图怎么绘制?是先需要三线态激发(0,3)计算吗?谢谢!!

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发表于 Post on 2019-12-4 10:24:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 05:06
发帖子看清楚板块,量化计算问题不要发到“分子模拟”版

写scf=tight毫无意义,看

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-12-4 16:26:02 | 只看该作者 Only view this author
《基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法》(http://sobereva.com/402)中绘制晕苯(coronene)的福井函数f-在电子密度等值面上的填色图时,先是优化中性的晕苯,然后再计算(+1,自旋为2)的晕苯单点获得两个fchk文件后通过Multiwfn使函数值相减。
想问一下,在计算本身带一个正电的粒子时,是应该算中性单点能还是+2时的单点能,谁减谁?

本版积分规则 Credits rule

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