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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-12-7 00:25:57 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 想和您请教两个问题
1. 如果经过计算之后一个分子二聚体的弱相互作用能很大 可不可以说这个分子在水溶液中形成的团簇体积可能较大?水溶液中团簇的体积一般很什么指标有关系?
2. 如果分子含有氮氢氧 但是在氧与氮上没有氢 在隐式溶剂模型下不满足形成氢键的条件 实际上在水溶液中 分子间应该是有氢键的 这时候我在进行团簇搜索的时候是不是应该将二聚体与一部分显示水一起进行构象搜索?一般一对二聚体配多少个显示水进行搜索比较合适?
谢谢社长

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发表于 Post on 2019-12-7 14:06:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-12-7 20:20 编辑
slope 发表于 2019-12-5 22:36
sob老师您好,请问在Gaussian中建立一个掺氮石墨烯模型,它的形成能公式中,碳原子的化学势是怎么求解的呢 ...

Geometric structures, electronic characteristics, stabilities, catalytic activities, and descriptors of graphene-based single-atom catalysts

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发表于 Post on 2019-12-7 14:13:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-12-7 14:18 编辑

sob老师,有关催化反应时反应速率常数KTST使用公式的理解,我认为两个反应物分子在催化剂上的共同吸附时若吸附能较大,这时就可以认为    催化剂+2个反应气体   是一个稳定的整体,这时使用单分子形式的计算公式计算Ktst,不知道我的这个理解是否正确。     [举个例子,如图某单原子催化剂上同时吸附NO+O2,吸附能达到了-1.82 eV,这个值远远大于单个NO吸附(-1.32 eV)or 单个O2吸附(-0.78),故使用单分子公式]

QQ图片20191207141331.png (96.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

QQ图片20191207141331.png

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发表于 Post on 2019-12-7 20:07:04 | 只看该作者 Only view this author
社长 我想根据您JCC文章的方法计算酶体系内的氢键键能 我是否可以只对酶的一部分进行AIM分析?比如手动把研究区域外的原子都删掉

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10220#
发表于 Post on 2019-12-7 20:19:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我刚刚开始学习计算异相催化体系。对比原先均相体系,异相体系中经常添加真空区域。因此请问拿到载体的晶体后,我的优化顺序是否应该是:
1.优化载体晶体的单胞结构(包含离子和晶格参数)
2.使用第一步优化后结构复制成supercell,负载活性cluster,在最上方拉出足够的真空区域,固定最底层原子,只对原子位置进行优化

在观察输出文件时,我发现比较难满足力收敛的基本都是被固定原子。在QE上进行优化后开始BOMD,首轮scf收敛之后进行离子步会报错,报错信息提示原始对称性不满足。根据其他地方troubleshooting的提示,检查BOMD使用的原子坐标,并再次进行第二步优化,发现已经是最优构象。请问我是哪里出了错误呢?

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发表于 Post on 2019-12-7 20:19:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-12-7 20:31 编辑

老师,使用了您的化学反应速率KTST表格感觉非常给力,Q1使用您给出的表格拟合出K和1000/T的线性关系后,-Ea/(1000R)表示直线的斜率,这个R=8.31*10^-3吗?Q2单双分子的活化能求解我整理在了图片上,还请老师百忙中帮我审查一下,辛苦老师。PS各种单位转换有点晕

QQ截图20191207203052.png (70.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

QQ截图20191207203052.png

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10222#
发表于 Post on 2019-12-8 00:39:10 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!如果想用Gaussian计算H聚集体的发光(主要关注跃迁方式),一般来说是不是只需要从单晶中抠出两个面对面靠得最近的分子,然后仿照算单分子的方法计算就可以了?在此先谢过老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:43:55 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-12-7 20:07
社长 我想根据您JCC文章的方法计算酶体系内的氢键键能 我是否可以只对酶的一部分进行AIM分析?比如手动把研 ...

可以。删完了记得加氢饱和
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:44:42 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2019-12-8 00:39
老师您好!如果想用Gaussian计算H聚集体的发光(主要关注跃迁方式),一般来说是不是只需要从单晶中抠出两 ...


严格来说把周围分子用背景电荷表示会更好,看
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:45:03 | 只看该作者 Only view this author
ScEiNricS 发表于 2019-12-7 20:19
sob老师您好,我刚刚开始学习计算异相催化体系。对比原先均相体系,异相体系中经常添加真空区域。因此请问 ...

这属于第一性原理问题,请在第一性原理版块发帖询问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:46:27 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-12-7 20:19
老师,使用了您的化学反应速率KTST表格感觉非常给力,Q1使用您给出的表格拟合出K和1000/T的线性关系后,-Ea ...

不熟悉的话用kisthelp,直接就给你拟合好Ea
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:49:20 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-12-7 14:13
sob老师,有关催化反应时反应速率常数KTST使用公式的理解,我认为两个反应物分子在催化剂上的共同吸附时若 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:52:11 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-12-7 00:25
社长您好 想和您请教两个问题
1. 如果经过计算之后一个分子二聚体的弱相互作用能很大 可不可以说这个分子 ...

1 没法简单这么说,还得考虑分子与水的相互作用。最好跑个MD,这样有说服力
2 没有氢的氧和氮也可能作为氢键受体。即便与水能形成氢键,也不是必须得考虑水,除非研究目的就是寻找实际在水当中的微观形态。多少水得看体系大小,原理上越大需要考虑的水就越多,否则包不住体系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 10:55:29 | 只看该作者 Only view this author
Tanmin 发表于 2019-12-5 21:20
sob老师:
最近我在计算Raman谱图时发现,某一特征峰位随着分子数目的增加而产生定向偏移.
目前模型内分 ...

1 如果本来这分子就是稳定的分子,关键词也没用错,可能性一般也就是初始结构不合理,有不合理接触

2 def2-SV(P)耗时和6-31G*几乎完全没区别。
有个像样的双路服务器,6-31G*下做200原子振动分析并非做不动。要更便宜,可以只把碳改成6-31G

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 11:01:22 | 只看该作者 Only view this author
slope 发表于 2019-12-5 22:36
sob老师您好,请问在Gaussian中建立一个掺氮石墨烯模型,它的形成能公式中,碳原子的化学势是怎么求解的呢 ...

我不知道那篇文章怎么算的,如果是第一性原理程序当周期性算的,没有氢的事,直接拿石墨烯模型能量除以模型里碳的数目便可。
如果你必须用Gaussian以孤立模型来算,则情况类似于计算生成焓,碳的数值需要查表得到。
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