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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 19:29:47 | 只看该作者 Only view this author
pipixia 发表于 2020-4-6 18:24
本人是一名大四的学生,第一次接触高斯软件,带我们的学长让用它对酞菁的结构进行优化。用学长按文献给的算 ...

sp是单点,opt是优化,你两个都写,明显相互冲突
不懂的关键词绝对不要写,绝对不要随便效仿他人的关键词(因为你的师兄师姐实验室祖传的关键词往往都是错的!)

300多原子体系还TDDFT优化,即便很好的机子也算不动,更何况你用32bit windows版Gaussian,更是绝对不可能实现。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 19:30:33 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-5 16:45
sob老师,想请教您一个问题,就是我用PM7方法优化了结构之后再用DFT方法做NBO分析这样得到的结果有意义吗? ...

PM7的结构精度不怎么样
没有具体情况没法说这种做法能有什么意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 19:31:04 | 只看该作者 Only view this author
18641189099 发表于 2020-4-4 22:23
请教老师,双变量扫描,协同断键,怎么得到二维势能面扫描图。我用普通的扫描,设置了两个扫描量,没能得到 ...

里面有例子
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

gview太老的版本没法直接绘制出二维图
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发表于 Post on 2020-4-6 22:56:05 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在做过渡态优化的时候报错,报错redcar error,这怎么改进啊。初猜过渡态我是先用柔性扫描去了能量最高点的结构作为我的优化的初猜结构。

截屏2020-04-06下午10.40.10.png (55.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2020-4-6 23:00:13 | 只看该作者 Only view this author
请教三个问题。
Q1:gaussian自带的核磁reference(TMS HF/6-31G(d)  GIAO)是如何得到的?标准的核磁计算中,作为参考的TMS的几何优化以及磁屏蔽值的计算是和要研究的物质一样吗?
这个问题的来源:我用HF/6-31G(d)在气相下优化TMS,然后用GIAO HF/6-31G(d)计算磁屏蔽值,用gaussian自带的refrence(TMS HF/6-31G(d)  GIAO)对比,都和ref相隔较远,氢在-0.31ppm,碳在-1.74ppm.

Q2:计算有多种构象的分子的化学位移,标准算法是用各种构象在溶剂环境的比例对各构象相应的化学位移求加权平均吗?
Q3:同位素对化学位移的影响在gaussian 09 D.01中能实现吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-7 06:53:17 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-4-6 22:56
sob老师,我在做过渡态优化的时候报错,报错redcar error,这怎么改进啊。初猜过渡态我是先用柔性扫描去了 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-7 06:55:45 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-4-6 23:00
请教三个问题。
Q1:gaussian自带的核磁reference(TMS HF/6-31G(d)  GIAO)是如何得到的?标准的核磁计算 ...

1 自带的值没有意义,谁也不会用HF做实际的NMR计算
TMS参考值应当自己计算
2 看具体情况。如果构象之间互变较快,是这样加权平均。如果互变很慢,NMR实验上会观测到各个构象各自的峰
3 不能。Gaussian算的是原子核位置的磁屏蔽张量,这只依赖于核坐标和电子结构,从原理上就不受同位素的影响
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发表于 Post on 2020-4-7 08:44:24 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-4-6 23:00
请教三个问题。
Q1:gaussian自带的核磁reference(TMS HF/6-31G(d)  GIAO)是如何得到的?标准的核磁计算 ...

建议再看一下卢老师这篇博文,包括里面的标度法。
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://bbs.keinsci.com/thread-4434-1-1.html

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发表于 Post on 2020-4-7 10:05:36 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,想请教下Sob老师,一个金属-碳键,如何来衡量这个键是更倾向于是共价键还是配位键呢?如果有几个相似的结构,想解释他们的相对稳定性,是否可以解释为金属-碳键越倾向于共价键的结构就越稳定,越倾向于配位键的结构就越不稳定呢?谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-4-7 11:25:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-7 06:55
1 自带的值没有意义,谁也不会用HF做实际的NMR计算
TMS参考值应当自己计算
2 看具体情况。如果构象之间 ...

十分感谢sob老师简明扼要的解释

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发表于 Post on 2020-4-7 11:42:28 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-7 08:44
建议再看一下卢老师这篇博文,包括里面的标度法。
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://bbs.kein ...

感谢,这些问题的来源是我理解不到位+gaussian自带的干扰信息。

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发表于 Post on 2020-4-7 12:02:14 | 只看该作者 Only view this author

求助!液相反应

老师,请问一下,液相反应过程中是否应该考虑去除平动能以及转动能?还有就是分子的平动能和分子的扩散怎么区别理解呢?多谢!

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发表于 Post on 2020-4-7 13:19:44 | 只看该作者 Only view this author

因为刚开始学,所以用笔记本先尝试了低基组的模拟。初猜结构是先用柔性扫描做的,然后保存了能量最高点的结构进行优化,谢谢sob老师!

1.gjf

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发表于 Post on 2020-4-7 17:37:51 | 只看该作者 Only view this author
请教各位大神一个很小白的问题,对于中性和带正电荷的分子,对于电荷转移激发态,在做TD的时候时候是否需要加弥散函数?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-8 07:08:23 | 只看该作者 Only view this author
一起挖煤 发表于 2020-4-7 17:37
请教各位大神一个很小白的问题,对于中性和带正电荷的分子,对于电荷转移激发态,在做TD的时候时候是否需要 ...

显然不需要
仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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