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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-7-13 11:44:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 10:11
和实验对比有很多因素都可能导致显著差异
诸如溶剂效应、复合物的形成等等。你用S2就相当于假定违背Kash ...

感谢老师的指导,我再研究一下方法,优化一下这个结果。

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发表于 Post on 2020-7-13 12:31:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2020-7-13 15:31 编辑
sobereva 发表于 2020-7-13 10:15
描述的时候一定要说清楚“闭壳层单重态”还是“自旋极化单重态”。自旋极化单重态本来就是单重态

闭壳 ...

多谢老师,还有一点疑问,就是如果stable测试闭壳层单重态不稳定,用stable=opt可自动找自旋极化单重态,如果找到的与闭壳层单重态能量完全相同,就说明不存在自旋极化单重态。如果找到的能量比闭壳层单重态的能量低,则说明此体系基态不可能是闭壳层的,这时自旋极化单重态是否为基态还未可知,还需要与三重态、五重态能量再比较后才能得出。
(1)请问老师对未知体系这样尝试的流程对吗?
(2)做三重态和五重态时也需要做stable测试波函数稳定性吗?
(3)是不是波函数稳定与几何结构是否为基态无关,优化好的无虚频的任意几何结构每个自旋态下都有稳定的波函数?(4)闭壳层单重态波函数不稳定可用stable=opt自动找自旋极化单重态,而stable=opt不对几何结构改变,是否说明任意体系自旋极化单重态与闭壳层单重态的几何结构相同?
(5)用guess=mix nosymm找自旋极化单重态适用于几何优化还是单点计算?
这几个问题困扰了好久,谢谢老师!!!

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发表于 Post on 2020-7-13 13:15:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 请问高斯SCF完了势能和动能之比有参考意义吗?如果显著偏离2(比如到3.2)是否暗示该计算级别不合理呢? M062X/def2SVP I取代有机体系

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11329#
发表于 Post on 2020-7-13 14:48:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 10:20
PWmat不属于量子化学程序,和Gaussian完全没有可比性。若非要讲第一性原理程序的话,中科大的ABACUS倒算 ...

谢谢您~我去试试!

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11330#
发表于 Post on 2020-7-13 19:28:09 | 只看该作者 Only view this author

几何优化时link died

在做多孔煤体吸附甲烷时,想寻找甲烷与煤体(用简单苯环结构代替)的吸附平衡位置,查看文献时处理是将煤体与甲烷进行几何优化,得到的即为吸附平衡位置,但我在进行几何优化时总是link died。输入文件如下 ch4.gjf (1.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 6) 结构如下
出错后用view查看chk文献,

出错后的out最后一页是下面这样的

接触不深想请教一些是什么原因

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发表于 Post on 2020-7-13 19:47:00 | 只看该作者 Only view this author
还没入门。急需恶补sob老师博文
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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11332#
发表于 Post on 2020-7-13 19:57:47 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-7-13 19:47
还没入门。急需恶补sob老师博文
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈量 ...

是,需要恶补,自己不知道补哪方面,我这个问题是基组选择的问题有问题吗,我看看你发的文章先,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 20:20:02 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2020-7-13 13:15
sob老师 请问高斯SCF完了势能和动能之比有参考意义吗?如果显著偏离2(比如到3.2)是否暗示该计算级别不合 ...

不能说明什么,实际意义不大。不用管
尤其是用了赝势的时候,维里系数肯定严重偏离2.0。当前def2-SVP对I是赝势基组,所以出现这种情况。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 20:22:11 | 只看该作者 Only view this author
JXYLZLX 发表于 2020-7-13 19:28
在做多孔煤体吸附甲烷时,想寻找甲烷与煤体(用简单苯环结构代替)的吸附平衡位置,查看文献时处理是将煤体 ...

你当前用的计算级别完全是搞笑的。

仔细看了这些再做和弱相互作用有关的计算
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

你对基组和理论方法的选用也完全没入门,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

用个像样级别重新优化。诸如B3LYP-D3(BJ)/6-311G**。当然你别试图直接写B3LYP-D3(BJ)关键词,根本没这个关键词。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 20:26:08 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-13 12:31
多谢老师,还有一点疑问,就是如果stable测试闭壳层单重态不稳定,用stable=opt可自动找自旋极化单重态, ...

1 对。但如果就一个过渡金属,根本不需要考虑自旋极化单重态的可能
2 应当注意的是,对n重态做stable=opt,并非总是给你优化出n重态基态。所以并不一定要做。也不是stable=opt最后提示是稳定的波函数就一定说明当前波函数就是当前结构下真正基态的波函数,stable=opt没那么智能和绝对可靠。只有尝试各种计算方式,都算不出来能量更低的结果,才说明之前的能量一定是当前结构下当前级别的基态能量。
3 是
4 显然不是。闭壳层单重态和自旋极化单重态相当于不同的势能面,各有各的极小点
5 皆可

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发表于 Post on 2020-7-13 23:10:03 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,最近需要算一个巨大体系的自由能数据(大概400个原子,包含有机配体和过渡金属离子,同时带电荷),请问有什么合适的半经验方法或者可用的纯泛函可以用于计算吗?

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发表于 Post on 2020-7-14 00:24:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 20:26
1 对。但如果就一个过渡金属,根本不需要考虑自旋极化单重态的可能
2 应当注意的是,对n重态做stable=op ...

多谢老师指点,还有个问题请教,就是做stable出现“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”和“The wavefunction has an internal instability”的区别?我的理解是“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”表明当前体系基态不是闭壳层的,应改变自旋态为自旋极化单态、3态、5态.....方式处理问题;而出现“The wavefunction has an internal instability”则不要改变自旋态,必须在此结构和自旋态不变下,加stable=opt进行处理?老师,这么理解对吗?

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发表于 Post on 2020-7-14 01:14:15 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2020-7-13 23:10
请教各位老师,最近需要算一个巨大体系的自由能数据(大概400个原子,包含有机配体和过渡金属离子,同时带 ...

看你要做什么,就算单点能还是要优化结构啥的。对于这种体系,半经验级别可以选GFN1/2-xTB,进一步可以选用b97-3c,orca里速度还不错,对于有机金属体系精度也还不错,但如果要做几何优化的话这个级别估计算不动。

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发表于 Post on 2020-7-14 07:13:52 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-7-14 01:14
看你要做什么,就算单点能还是要优化结构啥的。对于这种体系,半经验级别可以选GFN1/2-xTB,进一步可以选 ...

计算自由能很明显需要几何优化+振动分析,所以现在一直没想到特别合理的计算级别可以用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 07:45:41 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2020-7-13 23:10
请教各位老师,最近需要算一个巨大体系的自由能数据(大概400个原子,包含有机配体和过渡金属离子,同时带 ...

只有GFN-xTB或者半经验方法可以用
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