简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

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请问一下大家，Shermo软件可以在win7平台上使用吗？发现会闪退

sxh3231796

wzkchem5 发表于 2021-6-16 22:43
我发现问题了。。。你看看报错信息的倒数第3行，就知道问题出在哪里了

老师，一般这种药怎么改呢？我改成g16可以运行，但会变成无法在超算中心运行，我把命令改成下图还是不行，而且多了新的报错。

wzkchem5

sxh3231796 发表于 2021-6-17 09:57
老师，一般这种药怎么改呢？我改成g16可以运行，但会变成无法在超算中心运行，我把命令改成下图还是不行 ...

molclus调用高斯的命令是"ta7" < gau.gjf > gau.out
你看看这和你平时调用高斯的命令有什么区别？ta7你是在哪里输入的？

sxh3231796

wzkchem5 发表于 2021-6-17 17:10
molclus调用高斯的命令是"ta7" < gau.gjf > gau.out
你看看这和你平时调用高斯的命令有什么区别？ta7你 ...

我一般调用的高斯命令是ta7 ch4 对于.com格式的输入文件.之前就直接在slurm界面里输入就行

498746012

sobereva 发表于 2021-6-17 11:35
补充一句，现代Fortran（2003及之后版本）在面向对象编程方面做了极大的扩展，诸如CP2K等如今都是用现代F ...

谢谢老师

wzkchem5

sxh3231796 发表于 2021-6-17 10:14
我一般调用的高斯命令是ta7 ch4 对于.com格式的输入文件.之前就直接在slurm界面里输入就行

这个ta7是一个脚本？这个脚本调用g16？还是说你把g16可执行文件重命名成了ta7？

sxh3231796

wzkchem5 发表于 2021-6-17 17:51
这个ta7是一个脚本？这个脚本调用g16？还是说你把g16可执行文件重命名成了ta7？

是的，就是我发在上面的一个脚本。

wzkchem5

sxh3231796 发表于 2021-6-17 11:41
是的，就是我发在上面的一个脚本。

这个脚本缺了一行调用gau.cmd吧，不然你只是写了一个提交脚本，但是没有把它跑起来

sxh3231796

之前写的是这样的，也不行

sxh3231796

sxh3231796 发表于 2021-6-17 19:41
之前写的是这样的，也不行

还有一个调用脚本我忘了放上来，是用ta7命名的，之前的脚本是用mk7命名的

snljty

sxh3231796 发表于 2021-6-17 19:52
还有一个调用脚本我忘了放上来，是用ta7命名的，之前的脚本是用mk7命名的

建议不要把简单的问题复杂化。就写个slurm作业脚本，里面（第一行#! /bin/bash指定解释器路径）指定用哪个队列的节点，申请多少核心，这些最基本的就足够了。然后加载g16的环境（export g16root=g16文件夹所在目录，然后source ${g16root}/g16/bsd/g16.profile}，接着在计算节点下面新建目录，把输入文件拷贝过去，cd过去，执行类似g16 < myfile.com > myfile.log这样的命令，最后把计算完的结果拷贝回来，删除临时目录就完了。看一看slurm手册，上网查一下最基本的Linux shell语法，这些都是很简单的。你现在多加了一个步骤，自己还搞不定，那就是给自己添麻烦了。

sxh3231796

snljty 发表于 2021-6-17 20:03
建议不要把简单的问题复杂化。就写个slurm作业脚本，里面（第一行#! /bin/bash指定解释器路径）指定用哪 ...

不好意思，没有看的特别明白，这个g16的指定目录是什么呢？是要专门给高斯软件建立一个文件夹？我的主要问题是，我的脚本跑正常的高斯计算没有问题，但是在运行molclus的时候无法调用高斯软件

snljty

sxh3231796 发表于 2021-6-17 20:08
不好意思，没有看的特别明白，这个g16的指定目录是什么呢？是要专门给高斯软件建立一个文件夹？我的主要 ...

你把你的Gaussian设置的太麻烦了。molclus只要把settings.ini里面的gaussian_path直接写g16就行，只要你正确source了上面提到的那个g16.profile。具体可以参考卢老师博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》 http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

sxh3231796

snljty 发表于 2021-6-17 20:20
你把你的Gaussian设置的太麻烦了。molclus只要把settings.ini里面的gaussian_path直接写g16就行，只要你 ...

抱歉，之前确实没有在linux下工作的经验，我用g16命令试过，但是程序没在超算中心上运行，而是在本机上运行的，我就搞不清楚了。我们一般都是直接用g16直接调用超算上的高斯，也没说明这个高斯软件的运行路径什么的，要改哪个部分呢？

snljty

498746012 发表于 2021-6-15 19:56
sob老师您好，对于计算化学专业的学生，如果要学习一门比较实用的编程语言，您最推荐哪一种呢？

我（目前）觉得，短期急着用的话，Python上手会比较快，一天就可以开始写代码了。Fortran/C/C++虽然是个人喜好问题，不过只要你把一门啃好了，比如C学好了，那么Fortran上手最多就是一个星期的事。
而且其实比如以C和Fortran为例，两者各有优势。Fortran极方便的数组运算、函数的可选参数和按变量名传参数、方便的乘幂运算、支持重名函数的重载和运算符重载甚至自定义运算符（这点C++都做不到），一定程度上的允许OOP编程等，支持复数类型，更好的随机数算法等，都是很好的优势。但是很多语法细节不同编译器实现差别太大，缺乏统一标准，不太好用的字符串处理和让人崩溃的文件处理（连跳转到某个记录好的位置都不能简单做到），居然不支持短路求值，有些该编译时候报的错非要执行时候才报，系统控制函数明显更少等（C可以完成大量一般性的任务，比如操作系统底层的操作，这点Fortran会很纠结），是相对的劣势。这些优势很多都是C的劣势，而这些劣势很多又是C的优势。所以我个人建议，有些功能完全可以两者混合编译来解决。两者主要差别那些点（Fortran传址，C传值，Fortran数组列优先且默认从1开始，C行优先且默认0开始，以及一些常见数据类型的对应关系和实现的不同（比如C和Fortran的字符串就有明显差别）），掌握这些后两者之间切换是很容易的。
核心还是编程思想，比如对内存的控制，算法的设计等等。把这些掌握了，用哪门语言就变成相对很次要的问题了。我现在随手写的一些小程序，有些是C写的，有些是Fortran写的，有些是Python或者Shell写的，纯粹就是想一下这个任务用哪门语言更方便，就用哪门。如果时间够的话，个人建议这几门都了解一下的。