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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-6-23 09:19:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-22 23:55
不要自己删减
上传前先压缩

麻烦老师帮忙看下,不甚感激

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发表于 Post on 2021-6-23 09:26:24 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-6-22 17:57
发一下输入文件可以不?
你这个应该是SCF不收敛的问题,可以看:解决SCF不收敛问题的方法 - http://sobe ...

这两篇我都拜读过的,对非金属采用的是6-31G(d,p),金属使用的是lanl2dz,虽然后者sob老师不太推荐,但我这小破电脑也只能先这样了。希望老师予以批评指正

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发表于 Post on 2021-6-23 09:46:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-22 23:53
这是ODD不是OED

Multiwfn绘制,仔细看手册4.A.6节

谢谢sob老师。是的,这个图是y0的odd electron density,昨天已经学习了Multiwfn手册4.A.6节,并重复出来了文献中的这个图。看到文献中的图和Multiwfn绘制的图表现形式不同,所以想了解一下文献用的什么软件

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发表于 Post on 2021-6-23 15:59:49 | 只看该作者 Only view this author
计算新手 发表于 2021-6-23 02:26
这两篇我都拜读过的,对非金属采用的是6-31G(d,p),金属使用的是lanl2dz,虽然后者sob老师不太推荐,但 ...

结构不合理,如果这是簇模型的话,簇选得太小了。而且要冻结簇边缘的原子。
此外,Fe、Co组成的簇,大概率是铁磁性的,自旋多重度会很大,建议确认一下你现在设置的自旋多重度是不是正确的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-23 17:09:05 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2021-6-23 09:46
谢谢sob老师。是的,这个图是y0的odd electron density,昨天已经学习了Multiwfn手册4.A.6节,并重复出来 ...

能基于cub文件画等值面图的程序一大堆,Multiwfn、Chimera、VMD、Chemcraft、Molekel、gview等等等等,基于Multiwfn导出的cube文件你想用什么程序画都行

通常我都推荐用VMD画
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-6-24 09:11:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-23 15:59
结构不合理,如果这是簇模型的话,簇选得太小了。而且要冻结簇边缘的原子。
此外,Fe、Co组成的簇,大概 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-26 18:07:51 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请问一下,我从Mercury中拉出了一个晶体中的二聚体的结构,现在想计算它的荧光发射能和磷光发射能来计算ΔEst,此时如果优化二聚体的S1和T1结构,得到的结构与原来相比形变比较厉害,这种情况应该如何处理呢?还是直接不管结构的变化直接优化就好了?

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发表于 Post on 2021-6-26 19:39:01 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-6-26 11:07
老师好,我想请问一下,我从Mercury中拉出了一个晶体中的二聚体的结构,现在想计算它的荧光发射能和磷光发 ...

你是要和晶体里的实验结果比较,还是要和溶剂里的实验结果比较?
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-26 22:44:08 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-6-26 18:07
老师好,我想请问一下,我从Mercury中拉出了一个晶体中的二聚体的结构,现在想计算它的荧光发射能和磷光发 ...

变形厉害是很正常的事,如果都没变形,就不会有stoke位移
如果你想计算晶体环境中的发射的情况,通常适合在优化激发态时用ONIOM表现晶体环境,此文也提到了
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
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发表于 Post on 2021-6-27 20:16:08 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,Truhlar在算相对还原电势时用的SHE值是4.28V,那么我在算相对氧化势时也能用4.28吗,还是一般采用的4.44V

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-27 20:19:52 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-6-27 20:16
各位老师,Truhlar在算相对还原电势时用的SHE值是4.28V,那么我在算相对氧化势时也能用4.28吗,还是一般采 ...


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发表于 Post on 2021-6-28 09:53:50 | 只看该作者 Only view this author
请问一下大家,我想计算一个物质(带有氟原子)与水之间的氢键作用,应该选择B3LYP-D3还是M06-2X呢?然后在前期结构优化的时候,是应该优化(物质与水)这个整体还是(物质)单独的呢?

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发表于 Post on 2021-6-28 14:17:26 | 只看该作者 Only view this author
茉莉呀 发表于 2021-6-28 02:53
请问一下大家,我想计算一个物质(带有氟原子)与水之间的氢键作用,应该选择B3LYP-D3还是M06-2X呢?然后在 ...

用B3LYP-D3优化。单点可以考虑用M06-2X,但是用B3LYP-D3算单点问题也不大。
应该优化整体
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-28 17:27:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-26 19:39
你是要和晶体里的实验结果比较,还是要和溶剂里的实验结果比较?

和晶体中的

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